Job Description P0A8J8 Confidence 99.79% Date Thu Jan 5 11:08:00 GMT 2012 Rank 103 Aligned Residues 329 % Identity 16% Template c2vdaA_ PDB info PDB header:protein transport Chain: A: PDB Molecule:translocase subunit seca; PDBTitle: solution structure of the seca-signal peptide complex Resolution UNK

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		20	.	.	.	.	.	.		.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.
Query SS confidence									.
Query Sequence		V	V	E	A	L	E	K	.	K	G	F	H	N	C	T	P	I	Q	A	L	A	L	P	L	T	L	A	G	R	D	V	A	G	Q	A	Q	T	G	T	G	K	T	M	A	F	L	T	S	T	F	H	Y	L	L	S	H	P	A	I	A	D	R	K	V	N	Q	P	R	A	L	I	M	A	P	T	R	E	L	A	V
Query Conservation									.
Alig confidence									.				.																		.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.																		.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	R	E	A	S	K	R	V	F	G	M	.	R	H	F	D	V	Q	L	L	G	G	M	V	L	N	E	R	C	.	.	I	A	E	M	R	T	G	E	G	K	T	L	T	A	T	L	P	A	Y	L	N	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	T	G	K	G	V	H	V	V	T	V	N	D	Y	L	A	Q
Template Known Secondary structure										T			.													T	T	S	S		.	.						T	T	S		S													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	S	S							S	S
Template Predicted Secondary structure													.																		.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		71	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.		.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.			.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120											.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.
		99	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.						160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.
Predicted Secondary structure																																																															.	.	.	.	.													.	.
Query SS confidence																																																															.	.	.	.	.													.	.
Query Sequence		Q	I	H	A	D	A	E	P	L	A	E	A	T	G	L	K	L	G	L	A	Y	G	G	D	G	Y	D	K	Q	L	K	V	L	E	S	G	V	D	I	L	I	G	T	T	G	R	L	I	D	Y	A	K	Q	N	H	I	N	L	G	A	I	.	.	.	.	.	Q	V	V	V	L	D	E	A	D	R	M	Y	.	.
Query Conservation																																																															.	.	.	.	.													.	.
Alig confidence																																																															.	.	.	.	.													.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	D	A	E	N	N	R	P	L	F	E	F	L	G	L	T	V	G	I	N	L	P	G	M	P	A	P	A	K	R	E	A	Y	A	A	D	I	T	Y	G	T	N	N	E	Y	G	F	D	Y	L	R	D	N	M	A	F	S	P	E	E	R	V	Q	R	K	L	H	Y	A	L	V	D	E	V	D	S	I	L	I	D
Template Known Secondary structure							S								T								T	T											T	S	S																		T		S	S	G	G	G							S					S						T	T	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		138	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.
																172	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	L	G	F	I	K	D	I	R	W	L	F	R	R	M	P	P	A	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	A	R	T	P	L	I	I	S	G	P	A	E	D	S	S	E	M	Y	K	R	V	N	K	I	I	P	H	L	I	R	Q	E	K	E	D	S	E	T	F	Q	G	E	G	H	F	S	V	D	E	K	S	R	Q	V	N	L	T	E	R	G	L	V	L	I	E	E	L	L	V	K	E	G	I	M	D	E	G	E	S
Template Known Secondary structure		G	G	G		B			B						S			G	G	G					T	T	G	G	G	S	B	T	T	B	S	S			S	S		T	T			S		S	S					T	T							S	S	S	S	G	G	G	T	S	S	S	S	S	S	S		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		218	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	Y	S	P	A	N	I	M	L	M	H	H	V	T	A	A	L	R	A	H	A	L	F	T	R	D	V	D	Y	I	V	K	D	G	E	V	I	I	V	D	E	H	T	G	R	T	M	Q	G	R	R	W	S	D	G	L	H	Q	A	V	E	A	K	E	G	V	Q	I	Q	N	E	N	Q	T	L	A	S	I	T	F
Template Known Secondary structure		T	T	S	G	G	G												T	T	T	T	S	S		B	T	T	T					T	T							T	T	T					S	S				T	T	T									T	T										S	B			B	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		298	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.
								191	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	Q	R	L	N	M	L	F	S	A	T	L	S	Y	R	V	R	E	L	A	F	E	Q	M	N	N	A	E	Y	I	E	V	E	P	E	Q	K	T	G	H	R	I	K	E	E	L	F	Y	P	S	N	E	E	K	M	R	L	L	Q	T	L	I	E	E	E	W	P	D	R	A	I	I	F	A	N
Query Conservation		.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	N	Y	F	R	L	Y	E	K	L	A	G	M	T	G	T	A	D	T	E	A	F	E	F	S	S	I	Y	K	L	D	T	V	V	V	P	T	N	R	P	M	I	R	K	D	L	P	D	L	V	Y	M	T	E	A	E	K	I	Q	A	I	I	E	D	I	K	E	R	T	A	K	G	Q	P	V	L	V	G	T	I
Template Known Secondary structure						T	T		S								T	T		G	G	G	G	G					T										S	S													S	S																			T								S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		378	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.
		265	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	K	H	R	C	E	E	I	W	G	H	L	A	A	D	G	H	R	V	G	L	L	T	G	D	V	A	Q	K	K	R	L	R	I	L	D	E	F	T	R	G	D	L	D	I	L	V	A	T	D	V	A	A	R	G	L	H	I	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																												.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																												.	.
Template Sequence		S	I	E	K	S	E	L	V	S	N	E	L	T	K	A	G	I	K	H	N	V	L	N	A	K	F	H	A	N	E	A	A	I	V	A	Q	A	G	Y	P	A	A	.	.	V	T	I	A	T	N	M	A	G	R	G	T	D	I	V	L	G	G	S	W	Q	A	E	V	A	A	L	E	N	P	T	A	E	Q	I	E
Template Known Secondary structure																	T								T	T										T	T	T	T	S	T	T		.	.						S			S	S						T	T								T	T	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																												.	.
Template SS confidence
		458	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.			500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.
																			324	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	V	T	H	V	F	N	Y	D	L	P	D	D	C	E	D	Y	V	H	R	I	G	R	T	G	R	A	G	A	S	G	H	S	I	S	L	A	C	E	E	Y
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			.
Template Conservation																					.
Template Sequence		K	I	K	A	D	W	Q	V	R	H	D	A	V	L	E	A	G	G	L	.	H	I	I	G	T	E	R	H	E	S	R	R	I	D	N	Q	L	R	G	R	S	G	R	Q	G	D	A	G	S	S	R	F	Y	L	S	M	E	D
Template Known Secondary structure																		T	S		.					S	S			S	S									T	T	S	S	T	T	S											S	S	S
Template Predicted Secondary structure																					.
Template SS confidence
		536	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.		.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.