Job Description P0A8J8 Confidence 99.72% Date Thu Jan 5 11:08:00 GMT 2012 Rank 112 Aligned Residues 329 % Identity 16% Template c2ipcB_ PDB info PDB header:transport protein Chain: B: PDB Molecule:preprotein translocase seca subunit; PDBTitle: crystal structure of the translocation atpase seca from thermus2 thermophilus reveals a parallel, head-to-head dimer Resolution 2.80 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		20	.	.	.	.	.	.		.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.
Query SS confidence									.
Query Sequence		V	V	E	A	L	E	K	.	K	G	F	H	N	C	T	P	I	Q	A	L	A	L	P	L	T	L	A	G	R	D	V	A	G	Q	A	Q	T	G	T	G	K	T	M	A	F	L	T	S	T	F	H	Y	L	L	S	H	P	A	I	A	D	R	K	V	N	Q	P	R	A	L	I	M	A	P	T	R	E	L	A	V
Query Conservation									.
Alig confidence									.				.																		.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.																		.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	R	E	S	A	K	R	Y	L	G	M	.	R	H	F	D	V	Q	L	I	G	G	A	V	L	H	E	G	K	.	.	I	A	E	M	K	T	G	E	G	K	T	L	V	A	T	L	A	V	A	L	N	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	T	G	K	G	V	H	V	V	T	V	N	D	Y	L	A	R
Template Known Secondary structure										T			.															T	T	S	.	.						S	T																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T		S							S	S
Template Predicted Secondary structure													.																		.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		68	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.		.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.			.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.											.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.
		99	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.									160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170
Predicted Secondary structure																																																															.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																															.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	I	H	A	D	A	E	P	L	A	E	A	T	G	L	K	L	G	L	A	Y	G	G	D	G	Y	D	K	Q	L	K	V	L	E	S	G	V	D	I	L	I	G	T	T	G	R	L	I	D	Y	A	K	Q	N	H	I	N	L	G	A	I	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	V	V	V	L	D	E	A	D	R	M
Query Conservation																																																															.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																															.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	D	A	E	W	M	G	P	V	Y	R	G	L	G	L	S	V	G	V	I	Q	H	A	S	T	P	A	E	R	R	K	A	Y	L	A	D	V	T	Y	V	T	N	S	E	L	G	F	D	Y	L	R	D	N	M	A	I	S	P	D	Q	L	V	L	R	H	D	H	P	L	H	Y	A	I	I	D	E	V	D	S	I
Template Known Secondary structure													T	T	T								T	T											T	S	S																	T	T		S	S	T	T	T			S		S	S	S	S	S						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		135	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.
		171																	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	L	G	F	I	K	D	I	R	W	L	F	R	R	M	P	P	A	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	I	D	E	A	R	T	P	L	I	I	S	G	P	A	E	K	A	T	D	L	Y	Y	K	M	A	E	I	A	K	K	L	E	R	G	L	P	A	E	P	G	V	R	K	E	P	T	G	D	Y	T	V	E	E	K	N	R	S	V	H	L	T	L	Q	G	I	A	K	A	E	K	L	L	G	I	E	G	L	F	S
Template Known Secondary structure		T	T	S	S	T	T	S							S		S	S															S								S	S	S				S	S						T	T	S																			S						T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		215	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	E	N	M	E	L	A	H	M	L	I	Q	A	I	R	A	K	E	L	Y	H	R	D	R	D	Y	I	V	Q	D	G	Q	V	I	I	V	D	E	F	T	G	R	L	M	P	G	R	R	Y	G	E	G	L	H	Q	A	I	E	A	K	E	G	V	R	I	E	R	E	N	Q	T	L	A	T	I	T	Y	Q	N	F
Template Known Secondary structure		T	T																		S										S	S							T	T	T	T				T	T				G	G	G									T	T						S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		295	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.
					191	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.
Query SS confidence		.	.	.
Query Sequence		.	.	.	Q	R	L	N	M	L	F	S	A	T	L	S	Y	R	V	R	E	L	A	F	E	Q	M	N	N	A	E	Y	I	E	V	E	P	E	Q	K	T	G	H	R	I	K	E	E	L	F	Y	P	S	N	E	E	K	M	R	L	L	Q	T	L	I	E	E	E	W	P	D	R	A	I	I	F	A	N	T	K	H
Query Conservation		.	.	.
Alig confidence		.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	R	L	Y	E	K	R	A	G	M	T	G	T	A	K	T	E	E	K	E	F	Q	E	I	Y	G	M	D	V	V	V	V	P	T	N	R	P	V	I	R	K	D	F	P	D	V	V	Y	R	T	E	K	G	K	F	Y	A	V	V	E	E	I	A	E	K	Y	E	R	G	Q	P	V	L	V	G	T	I	S	I	E
Template Known Secondary structure			T	T	S	S							S	S		G	G	G																		S	S													S	S																			T								S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		375	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.
		268	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	C	E	E	I	W	G	H	L	A	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	S	E	R	L	S	Q	M	L	K	E	P	R	L	Y	L	P	R	L	E	M	R	L	E	L	F	K	K	A	S	Q	K	Q	Q	G	P	E	W	E	R	L	R	K	L	L	E	R	P	A	Q	L	K	D	E	D	L	A	P	F	E	G	L	I	P	P	K	G	N	L	R	T	A	W	E	G	L	K	R	A	V
Template Known Secondary structure												S	S	T	T	S																T	T			S										T	S	S	S	T	T		S					S	G	G	G	G	G			S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		455	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.
									279	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	D	G	H	R	V	G	L	L	T	G	D	V	A	Q	K	K	R	L	R	I	L	D	E	F	T	R	G	D	L	D	I	L	V	A	T	D	V	A	A	R	G	L	H	I	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																													.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																					.	.
Template Sequence		H	T	L	A	V	L	R	Q	G	I	P	H	Q	V	L	N	A	K	H	H	A	R	E	A	E	I	V	A	Q	A	G	R	S	K	T	.	.	V	T	I	A	T	N	M	A	G	R	G	T	D	I	K	L	G	G	N	P	E	Y	L	A	A	A	L	L	E	K	E	G	F	D	R	Y	E	W	K	V	E	L	F
Template Known Secondary structure									T									S	S	S										T	T	T	S	T	T		.	.						S	S	T	T	T	T					S	S								T	T	T	T	S	S	S		S	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																					.	.
Template SS confidence
		535	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.			570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.
																																																	324	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	V	T	H	V	F	N	Y	D	L	P	D	D	C	E	D	Y	V	H	R	I	G	R	T	G	R	A	G	A	S	G	H	S
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			.
Template Conservation																																																			.
Template Sequence		I	K	K	M	V	A	G	K	E	E	E	A	R	A	L	A	Q	E	L	G	I	R	E	E	L	L	E	R	I	R	E	I	R	E	E	C	K	Q	D	E	E	R	V	R	A	L	G	G	L	.	F	I	I	G	T	E	R	H	E	S	R	R	I	D	N	Q	L	R	G	R	A	G	R	Q	G	D	P	G	G	S
Template Known Secondary structure								T												T	T																								T	T	T				.					S	S			S	S										T	S	S		S	S
Template Predicted Secondary structure																																																			.
Template SS confidence
		613	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.		.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.
		357	.	.	360	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	S	L	A	C	E	E	Y
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		R	F	Y	V	S	F	D	D
Template Known Secondary structure							S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		692	.	.	.	.	.	.	.