Job Description P0A8J8 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:08:00 GMT 2012 Rank 32 Aligned Residues 328 % Identity 23% Template c1c4oA_ PDB info PDB header:replication Chain: A: PDB Molecule:dna nucleotide excision repair enzyme uvrb; PDBTitle: crystal structure of the dna nucleotide excision repair enzyme uvrb2 from thermus thermophilus Resolution 1.50 Å

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		26	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.						.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100
Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.
Query SS confidence																							.	.	.	.	.
Query Sequence		K	K	G	F	H	N	C	T	P	I	Q	A	L	A	L	P	L	T	L	A	G	.	.	.	.	.	R	D	V	A	G	Q	A	Q	T	G	T	G	K	T	M	A	F	L	T	S	T	F	H	Y	L	L	S	H	P	A	I	A	D	R	K	V	N	Q	P	R	A	L	I	M	A	P	T	R	E	L	A	V	Q	I
Query Conservation																							.	.	.	.	.
Alig confidence																							.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	Y	R	G	P	S	P	K	G	D	Q	P	K	A	I	A	G	L	V	E	A	L	R	D	G	E	R	F	V	T	L	L	G	A	T	G	T	G	K	T	V	T	M	A	K	V	I	E	A	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	R	P	A	L	V	L	A	P	N	K	I	L	A	A	Q	L
Template Known Secondary structure					S					T	T														T	T		S								T	T	S														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T								S	S
Template Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.														.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70
		101	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		H	A	D	A	E	P	L	A	E	A	T	G	L	K	L	G	L	A	Y	G	G	D	G	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	K	Q	L	K	V	L	E	S	G	V	D	I	L	I	G	T	T	G	R	L	I	D	Y	A	K	Q	N
Query Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	A	E	F	R	E	L	F	P	E	N	A	V	E	Y	F	I	S	Y	Y	D	Y	Y	Q	P	E	A	Y	V	P	G	K	D	L	Y	I	E	K	D	A	S	I	N	P	E	I	E	R	L	R	H	S	T	T	R	S	L	L	T	R	R	D	V	I	V	V	A	S	V	S	A	I	Y	G	L	G	D	P	R	E
Template Known Secondary structure										T	T	S								G	G	G	T	S							G	G	G	T								S																				S								G	G	G		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		71	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150
		153	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		H	I	N	L	G	A	I	Q	V	V	V	L	D	E	A	D	R	M	Y	D	L	G	F	I	K	D	I	R	W	L	F	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	R	A	R	N	L	V	G	F	V	L	F	P	A	T	H	Y	L	S	P	E	G	L	E	E	I	L	K	E	I	E	K	E	L	W	E	R	V	R	Y	F	E	E	R	G	E	V	L	Y	A	Q	R	L	K	E	R	T	L	Y	D	L	E	M	L	R	V	M	G	T	C	P	G	V	E	N	Y	A	R	Y	F
Template Known Secondary structure							B					B			S		S					S	S																						T	T																							S			T	T	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		151	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230
																																																																				185	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	M	P	P	A	N	Q	R	L	N	M	L	F	S
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	G	K	A	P	G	E	P	P	Y	T	L	L	D	Y	F	P	E	D	F	L	V	F	L	D	E	S	H	V	T	V	P	Q	L	Q	G	M	Y	R	G	D	Y	A	R	K	K	T	L	V	D	Y	G	F	R	L	P	S	A	L	D	N	R	P	L	R	F	E	E	F	L	E	R	V	S	Q	V	V	F	V	S
Template Known Secondary structure			T			T	T	S					G	G	G	G	S		T	T							T																									T	T	S	S		G	G	G	G	G	S	S										T		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		309	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.
		199	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	T	L	S	Y	R	V	R	E	L	A	F	E	Q	M	N	N	A	E	Y	I	E	V	E	P	E	Q	K	T	G	H	R	I	K	E	E	L	F	Y	P	S	N	E	E	K	M	R	L	L	Q	T	L	I	E	E	E	W	P	D	R	A	I	I	F	A	N	T	K	H	R	C	E	E	I	W	G	H	L	A	A
Query Conservation
Alig confidence												.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	T	P	G	P	F	E	L	A	H	.	.	.	.	.	.	S	G	R	V	V	E	Q	I	I	R	P	T	G	L	L	D	P	L	V	R	V	K	P	T	E	N	Q	I	L	D	L	M	E	G	I	R	E	R	A	A	R	G	E	R	T	L	V	T	V	L	T	V	R	M	A	E	E	L	T	S	F	L	V	E
Template Known Secondary structure		S	S									.	.	.	.	.	.		S							S		T	T												S	T	T															T	T								S	S
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		389	390	.	.	.	.	.	.	.	.							.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.
		279	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.						.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																											.	.	.	.	.
Query Sequence		D	G	H	R	V	G	L	L	T	G	D	V	A	Q	K	K	R	L	R	I	L	D	E	F	T	R	G	D	L	D	I	L	V	A	T	D	V	A	A	R	G	L	H	I	P	A	V	T	H	V	F	N	Y	D	L	P	D	.	.	.	.	.	D	C	E	D	Y	V	H	R	I	G	R	T	G	R	A	G	A	S
Query Conservation																																																											.	.	.	.	.
Alig confidence																																																											.	.	.	.	.																		.
Template Conservation																																																																																	.
Template Sequence		H	G	I	R	A	R	Y	L	H	H	E	L	D	A	F	K	R	Q	A	L	I	R	D	L	R	L	G	H	Y	D	C	L	V	G	I	N	L	L	R	E	G	L	D	I	P	E	V	S	L	V	A	I	L	D	A	D	K	E	G	F	L	R	S	E	R	S	L	I	Q	T	I	G	R	A	A	R	N	A	R	.
Template Known Secondary structure		T	T								T	T															T	T	S		S					S					T	T				T	T							T	T	T	T	S		S	G	G	G	S									G	G	G	T	T	S	T	T	.
Template Predicted Secondary structure																																																																																	.
Template SS confidence
		463	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.
		354	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	H	S	I	S	L	A	C	E	E	Y	A	L	N	L	P	A	I	E	T
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		G	E	V	W	L	Y	A	D	R	V	S	E	A	M	Q	R	A	I	E	E
Template Known Secondary structure									S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		542	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.