Job Description Q7DFU6 Confidence 99.87% Date Thu Jan 5 12:37:40 GMT 2012 Rank 92 Aligned Residues 217 % Identity 24% Template c1lnsA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:x-prolyl dipeptidyl aminopetidase; PDBTitle: crystal structure analysis of the x-prolyl dipeptidyl2 aminopeptidase from lactococcus lactis Resolution 2.20 Å

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		42	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.						.	.	.	.		.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.		.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.					.																											.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.					.																											.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	Q	V	E	F	T	D	P	E	I	V	A	E	Y	I	T	Y	P	S	P	.	.	.	.	.	N	G	H	G	.	E	V	R	G	Y	L	V	K	P	A	K	M	S	G	K	T	P	A	V	V	V	V	H	E	N	R	.	G	L	N	P	Y	I	E	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																						.	.	.	.	.					.																											.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.					.												.															.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																											.
Template Sequence		S	L	A	T	F	D	S	S	L	L	E	R	E	V	L	W	V	E	S	P	V	D	S	E	Q	R	G	E	N	D	L	I	K	I	Q	I	I	R	P	K	S	.	T	E	K	L	P	V	V	M	T	A	S	P	Y	H	L	G	I	N	D	K	A	N	D	L	A	L	H	D	M	N	V	E	L	E	E	K	T	S
Template Known Secondary structure				S		S		G	G	G											S			T	T		S	S	S														.	S	S										S	S	T	T																							S
Template Predicted Secondary structure																																											.
Template SS confidence
		157	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.		.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.
																																							100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	A	R	R	V	A	K	A	G	Y	I	A	L	A	P	D	G	L	S	S	V	G	G	Y	P	G	N	D	D	K	G	R	E	L	Q	Q	Q	V	D	P	T	N	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		H	E	I	H	V	E	Q	K	L	P	Q	K	L	S	A	K	A	K	E	L	P	I	V	D	K	A	P	Y	R	F	T	H	G	W	T	Y	S	L	N	D	Y	F	L	T	R	G	F	A	S	I	Y	V	A	G	V	G	T	R	S	S	D	G	F	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S	G	D	Y	Q	Q
Template Known Secondary structure																									S	S		S		B															T	T	T									T	T	S	T	T	S		S			.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		236	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.										300	.	.	.	.	.	.
		143	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.																.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.		.	.	.	.	.	190	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	N	D	F	F	A	A	I	E	F	M	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	Y	P	Q	A	T	G	K	V	G	I	T	G	F	C	Y	G	G	G	V	S	N	A	A	A	V	A	Y	P	E	.	L	A	C	A	V	P	F	Y	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	Y	S	M	T	A	V	I	D	W	L	N	G	R	A	R	A	Y	T	S	R	K	K	T	H	E	I	K	A	S	W	A	N	G	K	V	A	M	T	G	K	S	Y	L	G	T	M	A	Y	G	A	A	T	T	G	V	E	G	L	E	L	I	L	A	E	A	G	I	S	S	W	Y	N	Y	Y	R	E	N	G	L
Template Known Secondary structure													T	T	S	S				S	S	T	T								T	T											T											T	T	T		T	T								S			S	B						B	S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		307	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.
																																																													194	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	Q	A	P	T	A	D	V	A	K	I	E	A	P	L	L	L	H	F	A	E
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	R	S	P	G	G	F	P	G	E	D	L	D	V	L	A	A	L	T	Y	S	R	N	L	D	G	A	D	F	L	K	G	N	A	E	Y	E	K	R	L	A	E	M	T	A	A	L	D	R	K	S	G	D	Y	N	Q	F	W	H	D	R	N	Y	L	I	N	T	D	K	V	K	A	D	V	L	I	V	H	G	L
Template Known Secondary structure		B				T	T		T	T												G	G	G	G	S																								T	T	T									T	T	B	G	G	G	G	G	G	G			S								T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		387	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.
		215	.	.	.	.		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.
Query SS confidence							.
Query Sequence		L	D	T	R	I	.	N	E	G	W	P	A	Y	E	A	A	L	K	A	N	N	K	V	Y	E	A	Y	I	Y	P	G	V	N	H	G	F	H	N	D	S	T	P	R	Y	D	K	S	A	A	D	L	A	W	Q	R	T	L	K	W	F	D	K	Y	L
Query Conservation							.
Alig confidence							.														.												.												.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.												.												.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	D	W	N	V	T	P	E	Q	A	Y	N	F	W	K	A	L	P	E	.	G	H	A	K	H	A	F	L	H	R	G	.	A	H	I	Y	M	N	S	W	Q	S	I	.	.	.	.	.	.	.	D	F	S	E	T	I	N	A	Y	F	V	A	K	L
Template Known Secondary structure		T			S	S		T										S		T	.	T									S		.	S	S				T	T	B	S	S		.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																					.												.												.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		467	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.		.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.		.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.								.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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