Job Description P06996 Confidence 97.41% Date Thu Jan 5 10:59:51 GMT 2012 Rank 30 Aligned Residues 331 % Identity 12% Template d2mpra_ SCOP info Transmembrane beta-barrels Porins Maltoporin-like Resolution 2.40

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		32	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.															.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.					.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.
Query Sequence		L	D	L	Y	G	K	V	D	G	L	H	Y	F	S	D	N	K	D	V	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	D	Q	T	Y	M	R	L	G	F	K	G	E	T	Q	V	.	.	.	.	T	D	Q	L	T	G	Y	G	Q	W	E	Y	Q	I	Q	G	N	S	A	E	N	E	N	N	S	W
Query Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	D	F	H	G	Y	A	R	S	G	I	G	W	T	G	S	G	G	E	Q	Q	C	F	Q	A	T	G	A	Q	S	K	Y	R	L	G	N	E	C	E	T	Y	A	E	L	K	L	G	Q	E	V	W	K	E	G	D	K	S	F	Y	F	D	T	N	V	A	Y	S	V	N	Q	Q	N	D	W	E	S	T	D	P	A
Template Known Secondary structure																T	T	S	S	B							T	T		S					T	T				S															T	T																S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80
		94	.	.	.	.	.	100					.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	R	V	A	F	A	G	.	.	.	.	L	K	F	Q	D	V	G	S	F	D	Y	G	R	N	Y	G	V	V	Y	D	V	T	S	W	T	D	V	L	P	E	F	G	G	D	T	Y	G	S	D	N	F	M	Q	Q	R	G	N	G	F	A	T	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation									.	.	.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	R	E	A	N	V	Q	G	K	N	L	I	E	W	L	P	G	S	T	I	W	A	G	K	R	F	Y	Q	R	H	D	V	H	M	I	D	F	Y	Y	W	D	I	S	G	P	G	A	G	I	E	N	I	D	L	G	F	G	K	L	S	L	A	A	T	R	S	T	E	A	G	G	S	Y	T	F	S	S	Q	N	I
Template Known Secondary structure											S			T	T	S	T	T											S					G	G	G	T																			S	S	S																					T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
						153	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.					.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.																																																									.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.																																																									.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	R	N	T	D	F	F	G	L	V	D	G	L	N	F	A	V	Q	Y	Q	G	K	N	G	N	P	S	G	E	G	F	T	S	G	V	T	N	N	G	R	D	A	L	R	Q	N	G	D	G	V	G	G	S	I	T	Y	D	.	.	.	.	Y	E	G	F	G	I	G	G	A	I	S	S	S	K	R	T
Query Conservation		.	.	.	.																																																									.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.																																																									.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	D	E	V	K	D	T	A	N	D	V	F	D	V	R	L	A	G	L	Q	T	N	P	D	G	V	L	E	L	G	V	D	Y	G	R	A	N	T	T	D	G	Y	K	L	A	D	G	A	S	K	D	G	W	M	F	T	A	E	H	T	Q	S	M	L	K	G	Y	N	K	F	V	V	Q	Y	A	T	D	A	M	T
Template Known Secondary structure																								T	T																T	T		B			T	T																	T	T												G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240
		225	.	.	.	.	230	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	A	Q	N	T	A	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	I	G	N	G	D	R	A	E	T	Y	T	G	G	L	K	Y	D	A	N	N	I	Y	L	A	A	Q	Y	T	Q	T	Y	N	A	T	R	V	G	S	L	G	W	A	N	K	A	Q	N	F	E	A	V	A	Q
Query Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.
Template Conservation																																																																	.	.	.
Template Sequence		T	Q	G	K	G	Q	A	R	G	S	D	G	S	S	S	F	T	E	K	I	N	Y	A	N	K	V	I	N	N	N	G	N	M	W	R	I	L	D	H	G	A	I	S	L	G	D	K	W	D	L	M	Y	V	G	M	Y	Q	N	I	D	W	D	N	.	.	.	N	L	G	T	E	W	W	T	V	G	V	R	P	M
Template Known Secondary structure		T	T		S	S				T	T	T	T																																	T	T	T															T	T	.	.	.	S
Template Predicted Secondary structure																																																																	.	.	.
Template SS confidence
		241	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.				.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.
		286	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.					.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.																	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	Q	F	D	F	G	L	R	P	S	L	A	Y	L	Q	S	K	G	K	N	L	G	R	G	Y	D	.	.	.	.	D	E	D	I	L	K	Y	V	D	V	G	A	T	Y	Y	F	N	K	N	M	S	T	Y	V	D	Y	K	I	N	L	L	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	N
Query Conservation																												.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	K	W	T	P	I	M	S	T	L	L	E	V	G	Y	D	N	V	K	S	Q	Q	T	G	D	R	N	N	Q	Y	K	I	T	L	A	Q	Q	W	Q	A	G	D	S	I	W	S	R	P	A	I	R	I	F	A	T	Y	A	K	W	D	E	K	W	G	Y	I	K	D	G	D	N	I	S	R	Y	A	A	A	T	N
Template Known Secondary structure						T	T															T	T	T																	S	S	S	S	T	T			S														S							T	T									S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		324	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.
		346	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	F	T	R	D	A	G	I	N	T	D	N	I	V	A	L	G	L	V	Y
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		S	G	I	S	T	N	S	R	G	D	S	D	E	W	T	F	G	A	Q	M
Template Known Secondary structure		S	S	S		B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		404	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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