Job Description P42593 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:01:40 GMT 2012 Rank 21 Aligned Residues 310 % Identity 19% Template c1gthD_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: D: PDB Molecule:dihydropyrimidine dehydrogenase; PDBTitle: dihydropyrimidine dehydrogenase (dpd) from pig, ternary2 complex with nadph and 5-iodouracil Resolution 2.25 Å

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		318	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.																.				.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.																.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	E	L	L	S	K	A	Q	S	G	R	A	D	E	I	N	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	.	.	.	I	G	C	N	Q	A	C	L	D	Q	I	F	V	G	K	V	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	C	L	V	N	P	R	A	C	H	E	T
Query Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	S	F	I	T	S	I	S	N	K	N	Y	Y	G	A	A	K	M	I	F	S	D	N	P	L	G	L	T	C	G	M	V	C	P	T	S	D	L	C	V	G	G	C	N	L	Y	A	T	E	E	G	S	I	N	I	G	G	L	Q	Q	F	A	S	E	V	F	K	A	M	N	I	P	Q	I	R	N	P	C	L	P
Template Known Secondary structure										T	T														T	T										G	G	G	S	G	G	G	G		G	G	G	G	S	T	T																				T				B			T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		98	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.
		365	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.		400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.
Predicted Secondary structure																																					.
Query SS confidence																																					.
Query Sequence		K	M	P	I	L	P	A	V	Q	K	K	N	L	A	V	V	G	A	G	P	A	G	L	A	F	A	I	N	A	A	A	R	G	H	Q	.	V	T	L	F	D	A	H	S	E	I	G	G	Q	F	N	I	A	K	Q	I	P	G	K	E	E	F	Y	E	T	L	R	Y	Y	R	R	M	I	E	V	T	G	V	T	L
Query Conservation																																					.
Alig confidence																																					.																		.	.
Template Conservation																																																							.	.
Template Sequence		S	Q	E	K	M	P	E	A	Y	S	A	K	I	A	L	L	G	A	G	P	A	S	I	S	C	A	S	F	L	A	R	L	G	Y	S	D	I	T	I	F	E	K	Q	E	Y	V	G	G	L	S	T	S	E	.	.	I	P	Q	F	R	L	P	Y	D	V	V	N	F	E	I	E	L	M	K	D	L	G	V	K	I
Template Known Secondary structure			G	G	G	S		G	G	G	G									S														T									S	S	S	S		S	T					T	.	.	S		T	T	T	S														T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																							.	.
Template SS confidence
		178	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230			.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.
		444	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.								.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.		.	.	470	.	.	.	.	.			.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.																.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.														.									.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.	.	.														.									.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	L	N	H	T	V	T	A	D	Q	L	.	.	.	.	.	.	.	Q	A	F	D	E	T	I	L	A	S	G	I	V	.	P	R	T	P	P	I	D	G	.	.	I	D	H	P	K	V	L	S	Y	L	D	V	L	R	D	K	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	V	G	N	K	V
Query Conservation													.	.	.	.	.	.	.														.									.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.														.									.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	C	G	K	S	L	S	E	N	E	I	T	L	N	T	L	K	E	E	G	Y	K	A	A	F	I	G	I	G	L	P	E	P	K	T	D	D	I	F	Q	G	L	T	Q	D	Q	G	F	Y	T	S	K	D	F	L	P	L	V	A	K	S	S	K	A	G	M	C	A	C	H	S	P	L	P	S	I	R	G	A	V
Template Known Secondary structure				S			B	S	T	T	S	B								T	T																	G	G	G	T	T			T	T	T	T																	T	T	T		S	S									S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		256	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.
		499	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.		.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.
Query SS confidence																						.
Query Sequence		A	I	I	G	C	G	G	I	G	F	D	T	A	M	Y	L	S	Q	P	G	.	E	S	T	S	Q	N	I	A	G	F	C	N	E	W	G	I	D	S	S	L	Q	Q	A	G	G	L	S	P	Q	G	M	Q	I	P	R	S	P	R	Q	I	V	M	L	Q	R	K	A	S	K	P	G	Q	G	L	G	K	T	T	G
Query Conservation																						.
Alig confidence																						.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	V	L	G	A	G	D	T	A	F	D	C	A	T	S	A	L	R	C	G	A	R	R	V	F	L	V	F	R	K	G	F	V	N	I	R	A	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure							S													T	T		S							S	S		G	G	G			S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		336	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.
		578	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.
Query Sequence		W	I	H	R	T	T	L	L	S	R	G	V	K	M	I	P	G	V	S	Y	Q	K	I	D	D	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	L	H	V	V	I	N	G	E	T	Q	V	L	A	V	D	N	V	V	I	C	A	G	Q	E	P	N	R	A	L	A	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	E	E	V	E	L	A	K	E	E	K	C	E	F	L	P	F	L	S	P	R	K	V	I	V	K	G	G	R	I	V	A	V	Q	F	V	R	T	E	Q	D	E	T	G	K	W	N	E	D	E	D	Q	I	V	H	L	K	A	D	V	V	I	S	A	F	G	S	V	L	R	D	P	K	V	K	E	A	L	S	P
Template Known Secondary structure											T	T						S										S	S	S													S	S	S															S																		T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		374	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.
															635	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	P	L	I	D	S	G	K	T	V	H	L	I	G	G	C	D	V	A	M	E	L	D	A	R	R	A	I	A	Q	G	T	R	L	A	L	E	I
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.
Template Conservation																																				.
Template Sequence		I	K	F	N	R	W	D	L	P	E	V	D	P	E	T	M	Q	T	S	E	P	W	V	F	A	G	G	D	I	V	G	M	A	N	.	T	T	V	E	S	V	N	D	G	K	Q	A	S	W	Y	I
Template Known Secondary structure		S		B		T	T	S	S	B				T	T	T		B		S	S	T	T					G	G	G	G	T				.	S
Template Predicted Secondary structure																																				.
Template SS confidence
		454	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.		.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.