Job Description P0A9W3 Confidence 99.94% Date Thu Jan 5 11:11:33 GMT 2012 Rank 60 Aligned Residues 376 % Identity 16% Template c1u9iA_ PDB info PDB header:circadian clock protein Chain: A: PDB Molecule:kaic; PDBTitle: crystal structure of circadian clock protein kaic with phosphorylation2 sites Resolution 2.80 Å

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		14	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.		.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50			.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90
Predicted Secondary structure														.																										.	.
Query SS confidence														.																										.	.
Query Sequence		V	V	P	P	K	R	H	I	L	K	N	I	.	S	L	S	F	F	P	G	A	K	I	G	V	L	G	L	N	G	A	G	K	S	T	L	L	R	.	.	I	M	A	G	I	D	K	D	I	E	G	E	A	R	P	Q	P	D	I	K	I	G	Y	L	P	Q	E	P	Q	L	N	P	E	H	T	V	R	E	S	I
Query Conservation														.																										.	.
Alig confidence														.																										.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	M	R	T	M	I	E	G	F	D	D	I	S	H	G	G	L	P	I	G	R	S	T	L	V	S	G	T	S	G	T	G	K	T	L	F	S	I	Q	F	L	Y	N	G	I	I	E	F	D	E	P	G	V	F	V	T	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	E	T	P	Q	D	I	I
Template Known Secondary structure								T	T					T	T	S	S			T	T	S							S	T	T	S	S																									S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.																.	.	.	80	.	.	.	.
		91	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	E	A	V	S	E	V	V	N	A	L	K	R	L	D	E	V	Y	A	L	Y	A	D	P	D	A	D	F	D	K	L	A	A	E	Q	G	R	L	E	E	I	I	Q	A	H	D	G	H	N	L	N	V	Q	L	E	R	A	A	D	A	L	R	L	P	D	W	D	A	K	I	A	N	L	S	G	G	E	R	R	R
Query Conservation
Alig confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	N	A	R	S	F	G	W	D	L	A	K	L	V	D	E	G	K	L	F	I	L	D	A	S	P	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	E	G	Q	E	V	V	G	G	F	D	L	S	A	L	I	E
Template Known Secondary structure					G	G	G	T									T	T	S										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S			S			S	S
Template Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		85	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.
		171	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200									.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.										.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	A	L	C	R	L	L	L	E	K	P	D	M	L	L	L	D	E	P	T	N	H	L	D	A	E	S	V	A	W	.	.	.	.	.	.	.	.	L	E	R	F	L	H	D	F	E	G	T	V	V	A	I	T	H	D	R	Y	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	D	N	V	A	G	W	I	L	E	L	D
Query Conservation																																.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	I	N	Y	A	I	Q	K	Y	R	A	R	R	V	S	I	D	S	V	T	S	V	F	Q	Q	Y	D	A	S	S	V	V	R	R	E	L	F	R	L	V	A	R	L	K	Q	I	G	A	T	T	V	M	T	T	E	R	I	E	E	Y	G	P	I	A	R	Y	G	V	E	E	F	V	S	D	N	V	V	I	L	R
Template Known Secondary structure											T		S							S	T	T	T	S	T	T	T																					T										S	S	S	S	S		S	S	T	T	S							S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		129	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.
		234	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	G	E	G	I	P	W	E	G	N	Y	S	S	W	L	E	Q	K	D	Q	R	L	A	Q	E	A	S	Q	E	A	A	R	R	K	S	I	E	K	E	L	E	W	V	R	Q	G	T	K	G	R	Q	S	K	G	K	A	R	L	A	R	F	E	E	L	N	S	T	E	Y	Q	K	R	N	E	T	N	E	L	F	I
Query Conservation
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	V	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	G	E	R	R	R	R	T	L	E	I	L	K	L	R	G	T	S	H	M	K	G	E	Y	P	F	T	I	T	D	H	G	I	N	I	F	P
Template Known Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	T	T												T	T	S					S								T	T
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		209	210	.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.
		314	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	P	G	P	R	L	G	D	K	V	L	E	V	S	N	L	R	K	S	Y	G	D	R	L	L	I	D	D	L	S	F	S	I	P	K	G	A	I	V	G	I	I	G	P	N	G	A	G	K	S	T	L	F	R	M	I	S	G	Q	E	Q	P	D	S	G	T	I	T	L	G	E	T	V	K	L	A	S	V	D	Q
Query Conservation
Alig confidence												.	.	.																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	G	A	M	R	L	T	Q	R	S	.	.	.	S	N	V	R	V	S	S	G	V	V	R	L	D	E	M	C	G	G	G	F	F	K	D	S	I	I	L	A	T	G	A	T	G	T	G	K	T	L	L	V	S	R	F	V	E	N	A	C	A	N	K	E	R	A	I	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T	T	T			S					.	.	.								S								T	T	S	S			S	S									T	T	S	S														T	T	T						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure												.	.	.																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		249	250	.	.	.	.	.	.	.	.				.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.
		394	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.										.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	R	D	S	M	D	N	S	K	T	V	W	E	E	V	S	G	G	L	D	I	M	K	I	G	N	T	E	M	P	S	R	A	Y	V	G	R	F	N	F	K	G	V	D	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	K	R	V	G	E	L	S	G	G	E	R	G	R	L	H	L	A	K	L	L	Q	V	G	G	N
Query Conservation																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	A	Y	E	E	S	R	A	Q	L	L	R	N	A	Y	S	W	G	M	D	F	E	E	M	E	R	Q	N	L	L	K	I	V	C	A	Y	P	E	S	A	G	L	E	D	H	L	Q	I	I	K	S	E	I	N	D	F	K	P	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S	S	S											T	T	S									T	T	S								G	G	G	S															T	T			S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																							315	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.
		465	.	.	.	.	470	.	.					.	.	.	.	.	.	.	480	.				.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.									500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.	.	.	.										.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.										.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	L	L	L	D	E	P	T	.	.	.	.	N	D	L	D	I	E	T	L	R	.	.	.	A	L	E	N	A	L	L	E	F	P	G	C	A	M	V	I	S	H	.	.	.	.	.	.	.	.	D	R	W	F	L	D	R	I	A	T	H	I	L	D	Y	Q
Query Conservation										.	.	.	.										.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.										.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	I	A	I	D	S	L	S	A	L	A	R	G	V	S	N	N	A	F	R	Q	F	V	I	G	V	T	G	Y	A	K	Q	E	E	I	T	G	L	F	T	N	T	S	D	Q	F	M	G	A	H	S	I	T	D	S	H	I	I	T	D	T	I	I	L	L	Q
Template Known Secondary structure												T	S	S	S																			T	T										S	S	S	S				S	S		S	S					S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		374	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.