Job Description P0A8F8 Confidence 99.95% Date Thu Jan 5 11:07:44 GMT 2012 Rank 33 Aligned Residues 312 % Identity 22% Template c3h1tA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:type i site-specific restriction-modification PDBTitle: the fragment structure of a putative hsdr subunit of a type2 i restriction enzyme from vibrio vulnificus yj016 Resolution 2.30 Å

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		11	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.													.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	K	P	S	G	D	Q	P	E	A	I	R	R	L	E	E	G	L	E	D	G	L	A	H	Q	T	L	L	G	V	T	G	S	G	K	T	F	T	I	A	N	V	I	A	D	L	Q	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	T	M	V	L	A	P	N	K	T	L	A	A	Q	L	Y	G	E	M	K
Query Conservation																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		H	V	P	R	Y	Y	Q	Q	I	A	I	N	R	A	V	Q	S	V	L	Q	G	K	K	R	S	L	I	T	X	A	T	G	T	G	K	T	V	V	A	F	Q	I	S	W	K	L	W	S	A	R	W	N	R	T	G	D	Y	R	K	P	R	I	L	F	L	A	D	T	F	T	P	F	G	D	A	R	H	K	I	E
Template Known Secondary structure																					T	T		S								T	T	S																T	T			S	S		S	S	S												T	T	T		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		173	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.
		79	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	F	F	P	E	N	A	V	E	Y	F	V	S	Y	Y	D	Y	Y	Q	P	E	A	Y	V	P	S	S	D	T	F	I	E	K	D	A	S	V	N	E	H	I	E	Q	M	R	L	S	A	T	K	A	M	L	E	R	R	D	V	V	V	V	A	S	V	S	A	I	Y	G	L	G	D	P	D	L	Y	L	K	M	M
Query Conservation
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.
Template Sequence		G	V	V	K	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	E	I	Y	F	A	I	Y	Q	S	I	P	G	L	Y	.	.	K	E	F	P	Q	D	F
Template Known Secondary structure					S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S						G	G	G				G	G	.	.	G	G	S		T	T	S
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.
Template SS confidence
		268	.	270	.	.																																																				.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.			.	.	290	.	.	.	.
		159	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	H	L	T	V	G	M	I	I	D	Q	R	A	I	L	R	R	L	A	E	L	Q	Y	A	R	N	D	Q	A	F	Q	R	G	T	F	R	V	R	G	E	V	I	D	I	F	P	A	E	S	D	D	I	A	L	R	V	E	L	F	D	E	E	V	E	R	L	S	L	F	D	P	L	T	G	Q	I	V	S	T	I
Query Conservation
Alig confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	D	L	I	I	I	D	E	C	H	W	R	E	I	L	E	Y	F	E	P	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	Q	I	G	X	T	A	T	P	L	R	E	D	N	R	D	T	Y	R	Y	F	G	N	P	I	Y	T	Y	S	L	R	Q	G	I	D	D	G	F	L	A	P
Template Known Secondary structure			S					S											S	T	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							S	S		S		T	T	T							S		S		S												T	S	S
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		303	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.
		239	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	R	F	T	I	Y	P	K	T	H	Y	V	T	P	R	E	R	I	V	Q	A	M	E	E	I	K	E	E	L	A	A	R	R	K	V	L	L	E	N	N	K	L	L	E	E	Q	R	L	T	Q	R	T	Q	F	D	L	E	M	M	N	E	L	G	Y	C	S	G	I	E	N	Y	S	R	F	L	S	G	R	G	P
Query Conservation
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	R	V	H	R	V	I	S	E	V	D	A	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure										T	T				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		374	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.
		319	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	E	P	P	P	T	L	F	D	Y	L	P	A	D	G	L	L	V	V	D	E	S	H	V	T	I	P	Q	I	G	G	M	Y	R	G	D	R	A	R	K	E	T	L	V	E	Y	G	F	R	L	P	S	A	L	D	N	R	P	L	K	F	E	E	F	E	A	L	A	P	Q	T	I	Y	V	S	A	T	P	G	N
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		399	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	E	L	E	K	S	G	G	D	V	V	D	Q	V	V	R	P	T	G	L	L	D	P	I	I	E	V	R	P	V	A	T	Q	V	D	D	L	L	S	E	I	R	Q	R	A	A	I	N	E	R	V	L	V	T	T	L	T	K	R	M	A	E	D	L	T	E	Y	L	E	E	H	G	E	R	V	R	Y	L	H	S
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	D	F	E	R	V	I	A	L	K	A	R	T	D	A	F	A	K	H	L	T	D	F	X	K	R	T	D	R	F	A	K	T	I	V	F	C	V	D	Q	E	H	A	D	E	X	R	R	A	L	N	N	L	N	S	D	L	S	R	K	H	P
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S										T																	T	T	S							S	S															T					T	T		T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																				410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.
		479	480											.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																																				.
Query SS confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																																				.
Query Sequence		D	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	T	V	E	R	M	E	I	I	R	D	L	R	L	G	E	F	D	V	L	V	G	I	N	L	L	R	E	G	L	D	M	P	E	V	S	L	V	A	I	L	D	A	D	K	E	G	F	L	R	S	E	R	S	L	I	Q	T	I	G	R	A	A	R	N	V	N	.
Query Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																																				.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																														.	.	.	.	.																		.
Template Conservation																																																											.	.	.	.	.
Template Sequence		D	Y	V	A	R	V	T	S	E	E	G	K	I	G	K	G	H	L	S	R	F	Q	E	L	E	T	S	T	P	V	I	L	T	T	S	Q	L	L	T	T	G	V	D	A	P	T	C	K	N	V	V	L	A	R	V	V	N	.	.	.	.	.	S	X	S	E	F	K	Q	I	V	G	R	G	T	R	L	R	E	D
Template Known Secondary structure		T	S					S	S	T	T														T	T										S	S	T	T	T	T	T				T	T								S				.	.	.	.	.										T	T	S				B	G	G
Template Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.
Template SS confidence
		472	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.						.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.
			548	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.
Predicted Secondary structure		.
Query SS confidence		.
Query Sequence		.	G	K	A	I	L	Y	G	D	K	I	T	P	S	M	A	K
Query Conservation		.
Alig confidence		.
Template Conservation
Template Sequence		Y	G	K	L	W	F	N	I	I	D	Y	T	G	S	A	T	Q
Template Known Secondary structure		G	T	B	S								S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		547	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.