Job Description P0A8F8 Confidence 99.29% Date Thu Jan 5 11:07:44 GMT 2012 Rank 131 Aligned Residues 574 % Identity 18% Template c3dinB_ PDB info PDB header:membrane protein, protein transport Chain: B: PDB Molecule:protein translocase subunit seca; PDBTitle: crystal structure of the protein-translocation complex formed by the2 secy channel and the seca atpase Resolution 4.50 Å

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		12	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.				.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70				.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																															.	.	.															.	.	.
Query SS confidence																																															.	.	.															.	.	.
Query Sequence		K	P	S	G	D	Q	P	E	A	I	R	R	L	E	E	G	L	E	D	G	L	A	H	Q	T	L	L	G	V	T	G	S	G	K	T	F	T	I	A	N	V	I	A	D	L	.	.	.	Q	R	P	T	M	V	L	A	P	N	K	T	L	A	.	.	.	A	Q	L	Y	G	E	M	K	E	F	F	P	E	N	A
Query Conservation																																															.	.	.															.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.		.	.																						.	.	.															.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.		.	.
Template Sequence		R	P	F	D	V	Q	V	M	G	G	I	A	L	H	E	G	.	.	.	.	.	K	.	.	V	A	E	M	K	T	G	E	G	K	T	L	A	A	T	M	P	I	Y	L	N	A	L	I	G	K	G	V	H	L	V	T	V	N	D	Y	L	A	R	R	D	A	L	W	M	G	P	V	Y	L	F	L	G	L	R	V
Template Known Secondary structure					S	T	T										S	.	.	.	.	.	S	.	.					S	S	S	S															T	T	S	S							S												T							T	T
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.		.	.
Template SS confidence
		75	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90						.			.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.
		86	.	.	.	90	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	E	Y	F	V	S	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	D	Y	Y	Q	P	E	A	Y	V	P	S	S	D	T	F	I	E	K	D	A	S	V	N	E	H	I	E	Q	M	R	L	S	A	T	K	A	M	L	E	R	R	D	V	V	V	V	A	S
Query Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																					.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	V	I	N	S	L	G	K	S	Y	E	V	V	W	K	N	P	D	L	A	R	K	A	I	E	E	N	W	S	V	W	P	D	G	F	N	G	E	V	L	K	E	E	S	M	N	K	E	A	V	E	A	F	Q	V	E	L	K	E	I	T	R	K	E	A	Y	L	.	.	.	.	.	.	C	D	V	T	Y	G	T
Template Known Secondary structure						S	S							S		T	T	T	T															S	S		S	S	S				S										G	G	G														.	.	.	.	.	.	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																																					.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		148	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.							.	.	.	.	.	220	.
		142	.	.	.	.	.	.	.								150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	S	A	I	Y	G	L	G	.	.	.	.	.	.	.	D	P	D	L	Y	L	K	M	M	L	H	L	T	V	G	M	I	I	D	Q	R	A	I	L	R	R	L	A	E	L	Q	Y	A	R	N	D	Q	A	F	Q	R	G	T	F	R	V	R	G	E	V	I	D	I	F	P	A	E	S	D	D	I	A	L	R	V
Query Conservation										.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																				.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	N	E	F	G	F	D	Y	L	R	D	N	L	V	L	D	Y	N	D	K	V	Q	R	G	H	F	Y	A	I	V	D	E	A	D	.	.	.	.	.	S	V	L	I	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	A	R	T	P	L	I	I	S	G	P	S	K	E	S	P	S	V	Y	R	R	F
Template Known Secondary structure												S	S	S		S		T	T				S	S									T			.	.	.	.	.			T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S											T	T
Template Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		222	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.						.	.	.	.	260															.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.
		215	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	L	F	D	E	E	V	E	R	L	S	L	F	D	P	L	T	G	Q	I	V	S	T	I	P	R	F	T	I	Y	P	K	T	H	Y	V	T	P	R	E	R	I	V	Q	A	M	E	E	I	K	E	E	L	A	A	R	R	K	V	L	L	E	N	N	K	L	L	E	E	Q	R	L	T	Q	R	T	Q	F	D	L
Query Conservation
Alig confidence																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	Q	I	A	K	K	F	V	K	D	K	D	F	T	V	D	E	K	A	R	T	I	I	L	T	E	E	G	V	A	K	A	E	K	I	I	G	V	E	N	L	Y	D	P	G	N	V	S	L	L	Y	H	L	I	N	A	L	K	A	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure										T	S		S		S				S	S	S					S										S	S				S				T	T	T															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		283	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.
		295	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	M	M	N	E	L	G	Y	C	S	G	I	E	N	Y	S	R	F	L	S	G	R	G	P	G	E	P	P	P	T	L	F	D	Y	L	P	A	D	G	L	L	V	V	D	E	S	H	V	T	I	P	Q	I	G	G	M	Y	R	G	D	R	A	R	K	E	T	L	V	E	Y	G	F	R	L	P	S	A	L	D	N
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	L	F	K	K	D	V	D	Y	V	V	M	N	G	E	V	I	I	V	D	E	F	T	G	R	L	L	P	G	R	R	Y	S	G	G	L	H	Q	A	I	E	A	K	E	G	V	P	I	K	E	E	S	I	T	Y
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S		T	T	T	S		B		T	T	T			B		B			T	T		S		B		S			S	S	S	S									S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																											343	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.
		375	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.						.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.	.
Query SS confidence																																														.	.	.	.	.
Query Sequence		R	P	L	K	F	E	E	F	E	A	L	A	P	Q	T	I	Y	V	S	A	T	P	G	N	Y	E	L	E	K	S	G	G	D	V	V	D	Q	V	V	R	P	T	G	L	.	.	.	.	.	L	D	P	I	I	E	V	R	P	V	A	T	Q	V	D	D	L	L	S	E	I	R	Q	R	A	A	I	N	E	R	V
Query Conservation																																														.	.	.	.	.
Alig confidence																																														.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	T	I	T	F	Q	N	Y	F	R	M	Y	E	K	L	A	G	M	T	G	T	A	K	T	E	E	S	E	F	V	Q	V	Y	G	M	E	V	V	V	I	P	T	H	K	P	M	I	R	K	D	H	D	D	L	V	F	R	T	Q	K	E	K	Y	E	K	I	V	E	E	I	E	K	R	Y	K	K	G	Q	P	V
Template Known Secondary structure					T	T	T	T	T	G	G	G	S	S						S			S										T	S										S	S	T	T		S										S	S	T																T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		398	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.
		450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.									.	.	.	.	.	.	520	.
Predicted Secondary structure																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	V	T	T	L	T	K	R	M	A	E	D	L	T	E	Y	L	E	E	H	G	E	R	V	R	Y	L	H	S	D	I	D	T	V	E	R	M	E	I	I	R	D	L	R	L	G	E	F	D	V	L	V	G	I	N	L	L	R	E	G	L	D	M	P	.	.	.	.	.	.	.	.	E	V	S	L	V	A	I	L
Query Conservation																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																		.	.															.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																		.	.
Template Sequence		L	V	G	T	T	S	I	E	K	S	E	L	L	S	S	M	L	K	K	K	G	I	P	H	Q	V	L	N	A	K	Y	H	E	K	E	A	E	I	V	A	K	A	G	Q	K	G	M	V	.	.	T	I	A	T	N	M	A	G	R	G	T	D	I	K	L	G	P	G	V	A	E	L	G	G	L	C	I	I	G	T
Template Known Secondary structure						S	S														T								S	S	S												S	S	S	S	S			.	.					G	G	G	S	S	S							S	S	G	G	G	S	S	S						S
Template Predicted Secondary structure																																																		.	.
Template SS confidence
		478	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.			.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.
		522	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.		.	.	.	550	.	.	.	.								.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.									.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																											.									.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	A	D	K	E	G	F	L	R	S	E	R	S	L	I	Q	T	I	G	R	A	A	R	N	V	.	N	G	K	A	I	L	Y	G	.	.	.	.	.	.	.	D	K	I	T	P	S	M	A	K	A	I	G	E	T	E	R	R	R	E	K	Q	Q	K	Y	N	E	E	H	G	I	T	P	Q	G	L	N	K	K	V
Query Conservation																											.									.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.																	.									.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation						.	.	.	.	.
Template Sequence		E	R	H	E	.	.	.	.	.	S	R	R	I	D	N	Q	L	R	G	R	A	G	R	Q	G	D	P	G	E	S	I	F	F	L	S	L	E	D	D	L	L	R	I	F	G	S	E	Q	I	G	K	V	M	N	I	L	K	I	E	E	G	Q	P	I	Q	H	P	M	L	S	K	L	I	E	N	I	Q	K	K	V
Template Known Secondary structure		S			S	.	.	.	.	.	S										T	S			T	T											T	T	S	S	T	T	T	T	S	S										T	T				S		S		B		S	S	S
Template Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.
Template SS confidence
		556	.	.	.						560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630
		594	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	D	I	L	A	L	G	Q	N	I	A	K	T	K	A	K	G	R	G	K	S	R	P	I	V	E	P	D	N	V	P	M	D	M	S	P	K	A	L	Q	Q	K	I	H	E	L	E	G	L	M	M	Q	H	A	Q	N	L	E	F	E	E	A	A	Q	I	R	D	Q	L	H	Q	L	R	E	L	F
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		E	G	I	N	F	S	I	R	K	T	L	M	E	M	D	D	V	L	D	K	Q	R	R	A	V	Y	S	L	R	D	Q	I	L	L	E	K	D	Y	D	E	Y	L	K	D	I	F	E	D	V	V	S	T	R	V	E	E	F	C	S	G	K	N	W	D	I	E	S	L	K	N	S	L	S	F	F	P
Template Known Secondary structure																																																							T	T	T	S	S		S	S	S											T			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		631	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.