Job Description P0A8F8 Confidence 99.49% Date Thu Jan 5 11:07:44 GMT 2012 Rank 118 Aligned Residues 546 % Identity 16% Template c1nl3B_ PDB info PDB header:protein transport Chain: B: PDB Molecule:preprotein translocase seca 1 subunit; PDBTitle: crystal structure of the seca protein translocation atpase2 from mycobacterium tuberculosis in apo form Resolution 2.80 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		13	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.				.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70				.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																														.	.	.															.	.	.
Query SS confidence																																														.	.	.															.	.	.
Query Sequence		P	S	G	D	Q	P	E	A	I	R	R	L	E	E	G	L	E	D	G	L	A	H	Q	T	L	L	G	V	T	G	S	G	K	T	F	T	I	A	N	V	I	A	D	L	.	.	.	Q	R	P	T	M	V	L	A	P	N	K	T	L	A	.	.	.	A	Q	L	Y	G	E	M	K	E	F	F	P	E	N	A	V
Query Conservation																																														.	.	.															.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.	.		.	.																						.	.	.															.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.		.	.
Template Sequence		P	F	D	V	Q	V	M	G	A	A	A	L	H	L	G	.	.	.	.	.	N	.	.	V	A	E	M	K	T	G	E	G	K	T	L	T	C	V	L	P	A	Y	L	N	A	L	A	G	N	G	V	H	I	V	T	V	N	D	Y	L	A	K	R	D	S	E	W	M	G	R	V	H	R	F	L	G	L	Q	V	G
Template Known Secondary structure															T	T	.	.	.	.	.		.	.						T	T	S						T									T	T	S	S							S	S																		T	T
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.		.	.
Template SS confidence
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.						.			.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.
		87	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.								.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																													.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																													.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	Y	F	V	S	Y	Y	D	Y	Y	Q	P	E	A	Y	V	P	S	S	D	T	F	I	E	K	D	A	S	V	N	E	H	I	E	Q	M	R	L	S	A	T	K	A	M	L	E	R	R	D	V	V	V	V	A	S	V	S	A	I	.	.	.	.	.	.	.	Y	G	L	G	D	P	D	L	Y	L	K	M	M	L
Query Conservation																																																													.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	I	L	A	T	M	T	P	D	E	R	R	V	A	Y	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	D	I	T	Y	G	T	N	N	E	F	G	F	D	Y	L	R	D	N	M	A	H	S	L	D	D	L	V	Q	R	G	H
Template Known Secondary structure					T	T												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S																	T	T		S	S	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		155	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.
		160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	L	T	V	G	M	I	I	D	Q	R	A	I	L	R	R	L	A	E	L	Q	Y	A	R	N	D	Q	A	F	Q	R	G	T	F	R	V	R	G	E	V	I	D	I	F	P	A	E	S	D	D	I	A	L	R	V	E	L	F	D	E	E	V	E	R	L	S	L	F	D	P	L	T	G	Q	I	V	S	T	I	P
Query Conservation
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		H	Y	A	I	V	D	E	V	D	S	I	L	I	D	E	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	T	P	L	I	I	S	G	P	A	D	G	A	S	N	W	Y	T	E	F	A	R	L	A	P	L	M	E	K	D	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure							T	T						T	G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	S										S												G	G	G	S		B	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		203	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	F	T	I	Y	P	K	T	H	Y	V	T	P	R	E	R	I	V	Q	A	M	E	E	I	K	E	E	L	A	A	R	R	K	V	L	L	E	N	N	K	L	L	E	E	Q	R	L	T	Q	R	T	Q	F	D	L	E	M	M	N	E	L	G	Y	C	S	G	I	E	N	Y	S	R	F	L	S	G	R	G	P	G
Query Conservation
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		H	Y	E	V	D	L	R	K	R	T	V	G	V	H	E	K	G	V	E	F	V	E	D	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	G	I	D	N	L	Y	E	A	A	N	S	P	L	V	S	Y	L	N	N	A	L	K	A
Template Known Secondary structure		T					T	T	T	T																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T		S		T	T		S	T	T
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.
		320	.	.		.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.
Query SS confidence					.
Query Sequence		E	P	P	.	P	T	L	F	D	Y	L	P	A	D	G	L	L	V	V	D	E	S	H	V	T	I	P	Q	I	G	G	M	Y	R	G	D	R	A	R	K	E	T	L	V	E	Y	G	F	R	L	P	S	A	L	D	N	R	P	L	K	F	E	E	F	E	A	L	A	P	Q	T	I	Y	V	S	A	T	P	G	N
Query Conservation					.
Alig confidence					.
Template Conservation
Template Sequence		K	E	L	F	S	R	D	K	D	Y	I	V	R	D	G	E	V	L	I	V	D	E	F	T	G	R	V	L	I	G	R	R	Y	N	E	G	M	H	Q	A	I	E	A	K	E	H	V	E	I	K	A	E	N	Q	T	L	A	T	I	T	L	Q	N	Y	F	R	L	Y	D	K	L	A	G	M	T	G	T	A	Q	T
Template Known Secondary structure							B	T	T	T				S	S	S					B		S	S	S			B		T	T				S	T	T									T	T																				T	T		S							S			G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		298	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.
		399	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.						.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	E	L	E	K	S	G	G	D	V	V	D	Q	V	V	R	P	T	G	L	L	D	P	I	I	E	V	R	.	.	.	.	.	P	V	A	T	Q	V	D	D	L	L	S	E	I	R	Q	R	A	A	I	N	E	R	V	L	V	T	T	L	T	K	R	M	A	E	D	L	T	E	Y	L	E	E	H	G	E	R	V
Query Conservation																														.	.	.	.	.
Alig confidence																														.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	A	A	E	L	H	E	I	Y	K	L	G	V	V	S	I	P	T	N	M	P	M	I	R	E	D	Q	S	D	L	I	Y	K	T	E	E	A	K	Y	I	A	V	V	D	D	V	A	E	R	Y	A	K	G	Q	P	V	L	I	G	T	T	S	V	E	R	S	E	Y	L	S	R	Q	F	T	K	R	R	I	P	H
Template Known Secondary structure		G																		S	S													S	S																			T								S														T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		378	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.
		474	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.
Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	Y	L	H	S	D	I	D	T	V	E	R	M	E	I	I	R	D	L	R	L	G	E	F	D	V	L	V	G	I	N	L	L	R	E	G	L	D	M	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																										.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.	.
Template Sequence		N	V	L	N	A	K	Y	H	E	Q	E	A	T	I	I	A	V	A	G	R	R	G	G	V	.	.	T	V	A	T	N	M	A	G	R	G	T	D	I	V	L	G	G	N	V	D	F	L	T	D	Q	R	L	R	E	R	G	L	D	P	V	E	T	P	E	E	Y	E	A	A	W	H	S	E	L	P	I	V	K	E
Template Known Secondary structure						S	S	S										T	T	T	S	T	T			.	.					T	T		S	T	T	S				T	T														T	T			T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																										.	.
Template SS confidence
		458	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.			.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.
														514	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	V	S	L	V	A	I	L	D	A	D	K	E	G	F	L	R	S	E	R	S	L	I	Q	T	I	G	R	A	A	R	N	V	N	G	K	A	I	L	Y	G	D	K	I	T	P	S	M	A	K	A	I	G	E	T	E	R	R	R	E	K	Q	Q	K	Y	N	E	E
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.
Template Sequence		E	A	S	K	E	A	K	E	V	I	E	A	G	G	L	Y	V	L	G	T	E	R	H	E	.	.	.	.	.	S	R	R	I	D	N	Q	L	R	G	R	S	G	R	Q	G	D	P	G	E	S	R	F	Y	L	S	L	G	D	E	L	M	R	R	F	N	G	A	A	L	E	T	L	L	T	R	L	N	L	P	D
Template Known Secondary structure													T	T	S						S	S			S	.	.	.	.	.	S									T	T	S	S	G	G	G											T	T	S					T	T	T											T	T			T
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.
Template SS confidence
		536	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.						560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610
		582	.	.	.	.												.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650
Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		H	G	I	T	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	G	L	N	K	K	V	V	D	I	L	A	L	G	Q	N	I	A	K	T	K	A	K	G	R	G	K	S	R	P	I	V	E	P	D	N	V	P	M	D	M	S	P	K	A	L	Q	Q	K	I	H	E	L	E	G	L	M	M	Q	H	A	Q	N	L
Query Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	V	P	I	E	A	K	M	V	T	R	A	I	K	S	A	Q	T	Q	V	E	Q	Q	N	F	E	V	R	K	N	V	L	K	Y	D	E	V	M	N	Q	Q	R	K	V	I	Y	A	E	R	R	R	I	L	E	G	E	N	L	K	D	Q	A	L	D	M	V	R	D	V	I	T	A	Y	V	D	G	A	T	G	E
Template Known Secondary structure		T	S		B																																																			T																								T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		611	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690
		651	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	F	E	E	A	A	Q	I	R	D	Q	L	H	Q	L	R	E	L	F
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		G	Y	A	E	D	W	D	L	D	A	L	W	T	A	L	K	T	L	Y
Template Known Secondary structure				S	T	T	S													S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		691	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.