Job Description P0A8F8 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:07:44 GMT 2012 Rank 9 Aligned Residues 308 % Identity 23% Template c1gm5A_ PDB info PDB header:helicase Chain: A: PDB Molecule:recg; PDBTitle: structure of recg bound to three-way dna junction Resolution 3.24 Å

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		10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.		.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.				.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.																								.	.	.																												.	.
Query SS confidence																										.																								.	.	.																												.	.
Query Sequence		A	F	K	P	S	G	D	Q	P	E	A	I	R	R	L	E	E	G	L	E	D	G	L	A	.	H	Q	T	L	L	G	V	T	G	S	G	K	T	F	T	I	A	N	V	I	A	D	L	.	.	.	Q	R	P	T	M	V	L	A	P	N	K	T	L	A	A	Q	L	Y	G	E	M	K	E	F	F	P	E	.	.
Query Conservation																										.																								.	.	.																												.	.
Alig confidence																										.																								.	.	.																												.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	F	K	L	T	N	A	Q	K	R	A	H	Q	E	I	R	N	D	M	I	S	E	K	P	M	N	R	L	L	Q	G	D	V	G	S	G	K	T	V	V	A	Q	L	A	I	L	D	N	Y	E	A	G	F	Q	T	A	F	M	V	P	T	S	I	L	A	I	Q	H	Y	R	R	T	V	E	S	F	S	K	F	N
Template Known Secondary structure		S	S																			S	S	S										S	S	S	S																T	S							S																	T		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		366	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.
		84	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	A	V	E	Y	F	V	S	Y	Y	D	Y	Y	Q	P	E	A	Y	V	P	S	S	D	T	F	I	E	K	D	A	S	V	N	E	H	I	E	Q	M	R	L	S	A	T	K	A	M	L	E	R	R	D	V	V	V	V	A	S	V	S	A	I	Y	G	L	G	D	P	D	L	Y	L	K	M	M	L	H	L	T	V
Query Conservation
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.
Template Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.
Template Sequence		I	H	V	A	L	L	I	G	A	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	S	E	K	E	K	I	K	S	G	L	R	N	G	Q	I	D	V	V	I	G	T	H	A	L	I	Q	E	D	V	H	.	.	.	.	.	F	K	N	L	G	L	V	I
Template Known Secondary structure									S	S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													S	S									T	T								.	.	.	.	.		S
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.
Template SS confidence
		446	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.						.	.	490	.	.	.	.	.
		164	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	M	I	I	D	Q	R	A	I	L	R	R	L	A	E	L	Q	Y	A	R	N	D	Q	A	F	Q	R	G	T	F	R	V	R	G	E	V	I	D	I	F	P	A	E	S	D	D	I	A	L	R	V	E	L	F	D	E	E	V	E	R	L	S	L	F	D	P	L	T	G	Q	I	V	S	T	I	P	R	F	T	I
Query Conservation
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	D	E	Q	H	R	F	E	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	M	N	K	G	K	M	V	D	T	L	V	M	S	A	T	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				S							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S	S	S	S									S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		496	.	.	.	500	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.
		244	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	P	K	T	H	Y	V	T	P	R	E	R	I	V	Q	A	M	E	E	I	K	E	E	L	A	A	R	R	K	V	L	L	E	N	N	K	L	L	E	E	Q	R	L	T	Q	R	T	Q	F	D	L	E	M	M	N	E	L	G	Y	C	S	G	I	E	N	Y	S	R	F	L	S	G	R	G	P	G	E	P	P	P
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		324	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	L	F	D	Y	L	P	A	D	G	L	L	V	V	D	E	S	H	V	T	I	P	Q	I	G	G	M	Y	R	G	D	R	A	R	K	E	T	L	V	E	Y	G	F	R	L	P	S	A	L	D	N	R	P	L	K	F	E	E	F	E	A	L	A	P	Q	T	I	Y	V	S	A	T	P	G	N	Y	E	L	E	K
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	P	R	S	M	A	L	A	F
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																																									527	.	.	530	.	.	.	.	.
		404	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	G	G	D	V	V	D	Q	V	V	R	P	T	G	L	L	D	P	I	I	E	V	R	P	V	A	T	Q	V	D	D	L	L	S	E	I	R	Q	R	A	A	I	N	E	R	V	L	V	T	T	L	T	K	R	M	A	E	D	L	T	E	Y	L	E	E	H	G	E	R	V	R	Y	L	H	S	D	I	D	T	V
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		Y	G	D	L	D	V	T	V	I	D	E	M	P	P	G	R	K	E	V	Q	T	M	L	V	P	M	D	R	V	N	E	V	Y	E	F	V	R	Q	E	V	M	R	G	G	Q	A	F	I	V	Y	P	L	I	K	S	A	V	E	M	Y	E	Y	L	S	K	E	V	F	K	L	G	L	M	H	G	R	L	S	Q	E
Template Known Secondary structure		T			S	S									S	S											S	S	T												T	T	T	S			B			B													S	G	G	G	S				B					S	S	S			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		536	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.
		484	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	R	M	E	I	I	R	D	L	R	L	G	E	F	D	V	L	V	G	I	N	L	L	R	E	G	L	D	M	P	E	V	S	L	V	A	I	L	D	A	D	K	E	G	F	L	R	S	E	R	S	L	I	Q	T	I	G	R	A	A	R	N	V	N	G	K	A	I	L	Y	G	D	K
Query Conservation
Alig confidence																																													.	.	.	.
Template Conservation																																													.	.	.	.
Template Sequence		E	K	D	R	V	M	L	E	F	A	E	G	R	Y	D	I	L	V	S	T	T	V	I	E	V	G	I	D	V	P	R	A	N	V	M	V	I	E	N	P	E	R	F	.	.	.	.	G	L	A	Q	L	H	Q	L	R	G	R	V	G	R	G	G	Q	E	A	Y	C	F	L	V	V	G
Template Known Secondary structure			S								T	T	T	S	S	S	B				S	S				S		S			T	T						B		S		S	S	S	.	.	.	.		T	T								T	S			S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.
Template SS confidence
		627	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.					670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.