Job Description P07762 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:00:31 GMT 2012 Rank 89 Aligned Residues 315 % Identity 18% Template d2gjpa2 SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases Amylase, catalytic domain Resolution 1.90

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		248	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.										.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	H	L	G	S	W	R	R	H	T	D	N	N	F	W	L	S	Y	R	E	L	A	D	Q	L	V	P	Y	A	K	W	M	G	F	T	H	L	E	L	L	P	I	N	E	H	P	F	D	G	S	W	G	Y	Q	P	T	G	L	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	P	T	R	R	F	G	T	R	D	D	F
Query Conservation																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.											.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																.											.
Template Sequence		T	M	M	Q	Y	F	E	W	H	L	P	N	D	G	.	Q	H	W	N	R	L	R	D	D	A	.	S	N	L	R	N	R	G	I	T	A	I	W	I	P	P	A	W	K	G	T	S	Q	N	D	V	G	Y	G	A	Y	D	L	Y	D	L	G	E	F	N	Q	K	G	T	V	R	T	K	Y	G	T	R	S	Q	L
Template Known Secondary structure									T	T			S	S	S	.											.							T										S	B		S	S	T	T			S	T	T		S	B	T	T		S	S		S		B	T	T	B	S	S		S	S
Template Predicted Secondary structure																.											.
Template SS confidence
		8	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.		.	.	.	.	.	.	.	.	30	.		.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.
		319	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	Y	F	I	D	A	A	H	A	A	G	L	N	V	I	L	D	W	V	P	G	H	F	P	T	D	D	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	S	A	I	H	A	L	K	N	N	G	V	Q	V	Y	G	D	V	V	M	N	H	K	G	G	A	D	A	T	E	N	V	L	A	V	E	V	N	P	N	N	R	N	Q	E	I	S	G	D	Y	T	I	E	A	W	T	K	F	D	F	P	G	R	G	N	T	Y	S	D	F	K	W	R	W	Y	H	F	D	G	V
Template Known Secondary structure											T	T										S				S		S												T	T							S											B			T	T	T	T	T	S	S					B		G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		86	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.
														347	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	L	A	E	F	D	G	T	N	L	Y	E	H	S	D	P	R	E	G	Y	H	Q	D	W	N	T	L	I	Y	N	Y	G	R	R	E	V	S	N	F	L	V	G	N	A	L	Y	W	I	E	R	F	G	I	D	A	L	R	V	D	A	V	A	S	M	I	Y	R	D
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																																	.	.	.	.
Template Conservation																																																																														.	.	.	.
Template Sequence		D	W	D	Q	S	R	Q	F	Q	N	R	I	Y	K	F	R	G	D	G	K	A	W	D	W	E	V	D	S	E	N	G	N	Y	D	Y	L	M	Y	A	D	V	D	M	D	H	P	E	V	V	N	E	L	R	R	W	G	E	W	Y	T	N	T	L	N	L	D	G	F	R	I	D	A	V	K	H	I	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S			T	T	T			S	S							S	T	T					S	S	S			T	T	S						S	S					T	T																				T									G	G	G	S	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																														.	.	.	.
Template SS confidence
		166	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.
		415	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.		.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.
Predicted Secondary structure																																			.
Query SS confidence																																			.
Query Sequence		Y	S	R	K	E	G	E	W	I	P	N	E	F	G	G	R	E	N	L	E	A	I	E	F	L	R	N	T	N	R	I	L	G	.	E	Q	V	S	G	A	V	T	M	A	E	E	S	T	D	F	P	G	V	S	R	P	Q	D	M	G	G	L	G	F	W	Y	K	W	N	L	G	W	M	H	D	T	L	D	Y	M
Query Conservation																																			.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	Y	S	F	T	R	D	W	L	T	H	V	R	N	A	T	G	K	E	M	F	A	V	A	E	F	W	K	N	D	L	G	A	L	E	N	Y	L	N	K	T	N	W	N	H	S	V	F	D	V	P	L	H	Y	N	L	Y	N	A	S
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													S												T	T	T		S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																						242	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.
		494	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	L	D	P	V	Y	R	Q	Y	H	H	D	K	L	T	F	G	I	L	Y	N	Y	T	E	N	F	V	L	P	L	S	H	D	E	V	V	H	G	K	K	S	I	L	D	R	M	P	G	D	A	W	Q	K	F	A	N	L	R	A	Y	Y	G	W	M	W	A	F	P	G	K	K	L	L	F	M	G	N	E	F	A
Query Conservation
Alig confidence																										.																							.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.																							.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	S	G	G	N	Y	D	M	A	K	L	L	N	G	T	V	V	Q	K	H	P	M	H	A	.	V	T	F	V	D	N	H	D	S	Q	P	G	E	S	L	E	S	F	V	Q	E	W	.	.	.	.	.	.	.	F	K	P	L	A	Y	A	L	I	L	T	R	E	Q	G	Y	P	S	V	F	Y	G	D	Y	Y	G
Template Known Secondary structure		T	T	T	T		S		G	G	G	T	T	T	T							G	G	G		.				S			T	T	T	S	T	T	S	T	T						G	G	.	.	.	.	.	.	.	G											S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																										.																							.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		302	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.		.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.								.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.
		574	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	G	R	E	W	N	H	D	A	S	L	D	W	H	L	L	E	G	G	D	N	W	H	H	G	V	Q	R	L	V	R	D	L	N	L	T	Y	R	H	H
Query Conservation
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	P	T	H	S	V	P	A	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	A	K	I	D	P	I	L	E	A	R	Q	N	F
Template Known Secondary structure		B	T	T	T	T	B				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														T
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		374	.	.	.	.	.	380	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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