Job Description P07762 Confidence 98.01% Date Thu Jan 5 11:00:31 GMT 2012 Rank 138 Aligned Residues 204 % Identity 23% Template d1tz7a1 SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases Amylase, catalytic domain Resolution 2.15

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		248	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.			.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																															.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																															.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	H	L	G	S	W	R	R	H	T	D	N	N	F	W	L	S	Y	R	E	L	A	D	Q	L	V	P	Y	A	K	W	M	G	F	T	H	L	E	L	L	P	I	N	E	H	.	.	P	F	D	G	S	W	G	Y	Q	P	T	G	L	Y	A	P	T	R	R	F	G	T	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																															.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.																																			.	.						.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation										.	.	.																																										.
Template Sequence		L	H	V	T	S	L	P	S	.	.	.	P	Y	G	I	G	D	L	G	K	E	A	Y	R	F	L	D	F	L	K	E	C	G	F	S	L	W	Q	V	L	P	L	N	P	T	S	L	E	A	G	N	S	.	P	Y	S	S	N	S	L	F	A	G	N	Y	V	L	I	D	P	E	E	L	L	E	E	D	L	I	K
Template Known Secondary structure				G	G	G	S			.	.	.	S	S	S	S			S	S														T										S				G	G	G	T	T		.	T	T	S		S		S	S	S			G	G	G	S		T						T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure										.	.	.																																										.
Template SS confidence
		8	.	10	.	.	.	.	.				.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.		.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	R	D	L	K	R	F	P	L	G	E	A	L	Y	E	V	V	Y	E	Y	K	K	E	L	L	E	K	A	F	K	N	F	R	R	F	E	L	L	E	D	F	L	K	E	H	S	Y	W	L	R	D	Y	A	L	Y	M	A	I	K	E	E	E	G	K	E	W	Y	E	W	D	E	E	L	K	R	R	E	K	E	A
Template Known Secondary structure		G	G	G						S		S																				T														T																			S		G	G	G	S						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		84	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.
																									316	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.											.	.	.	360	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	D	F	R	Y	F	I	D	A	A	H	A	A	G	L	N	V	I	L	D	W	V	P	G	H	F	P	T	D	D	F	A	L	A	E	F	D	G	T	N	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	E	H	S	D	P
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	K	R	V	L	N	K	L	K	G	R	F	Y	F	H	V	F	V	Q	F	V	F	F	K	Q	W	E	K	L	R	R	Y	A	R	E	R	G	I	S	I	V	G	D	L	P	M	Y	P	S	Y	S	S	A	D	V	W	T	N	P	E	L	F	K	L	D	G	D	L	K	P	L	F	V	A	G	V	P	P	D	F
Template Known Secondary structure									T																												T	T									S	S			S	S	S							G	G	G	B		B		T	T	S		B	S									S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		164	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.
		363	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.			.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.							410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.																																.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.																																.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	E	G	Y	H	Q	D	W	N	T	L	I	Y	N	Y	G	.	.	R	R	E	V	S	N	F	L	V	G	N	A	L	Y	W	I	E	R	F	G	I	D	A	L	R	V	D	A	V	A	S	.	.	.	.	.	.	M	I	Y	R	D	Y	S	R	K	E	G	E	W	I	P	N	E	F	G	G	R	E	N	L	E
Query Conservation																		.	.																																.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.																		.	.													.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																					.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	S	K	T	G	Q	L	W	G	N	P	V	Y	N	W	E	E	H	E	K	E	G	F	R	W	W	I	R	R	V	L	H	N	L	K	.	.	L	F	D	F	L	R	L	D	H	F	R	G	F	E	A	Y	W	E	V	P	Y	G	E	E	T	A	V	N	G	R	W	V	K	A	P	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S	S	S	S									B								T	T	T												T	.	.	T		S					T	T	G	G	G	G	T							T	T		S	S	S	T	T								.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																					.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		244	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.			.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.
		435	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	I	E	F	L	R	N	T	N	R	I	L	G	E	Q	V	S	G	A	V	T	M	A	E	E	S	T	D	F	P	G	V	S	R	P
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	G	K	T	L	F	K	K	L	L	S	Y	F	P	K	N	P	F	I	A	E	D	L	G	F	I	T	D	E	V	R	Y
Template Known Secondary structure		.	.	.	.												S	T	T									S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.
Template SS confidence
						314	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
© Structural Bioinformatics Group, Imperial College, London Lawrence Kelley, Benjamin Jefferys   Disclaimer Terms and Conditions