Job Description P07762 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:00:31 GMT 2012 Rank 36 Aligned Residues 441 % Identity 21% Template c3k8kB_ PDB info PDB header:membrane protein Chain: B: PDB Molecule:alpha-amylase, susg; PDBTitle: crystal structure of susg Resolution 2.20 Å

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		229	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240				.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.	.
Query SS confidence														.	.	.
Query Sequence		Q	T	E	E	R	K	K	A	N	Q	F	D	.	.	.	A	P	I	S	I	Y	E	V	H	L	G	S	W	R	R	H	T	D	N	N	F	W	L	S	Y	R	E	L	A	D	Q	L	V	P	Y	A	K	W	M	G	F	T	H	L	E	L	L	P	I	N	E	H	P	F	D	G	S	W	G	Y	Q	P	T	G	L
Query Conservation														.	.	.
Alig confidence														.	.	.															.																		.																	.	.
Template Conservation																															.																		.																	.	.
Template Sequence		W	T	A	L	T	A	S	P	D	T	W	D	E	T	K	R	A	D	I	S	Y	Q	L	L	L	Y	S	F	A	.	D	S	D	G	D	G	Y	G	D	L	N	G	V	T	Q	K	L	.	D	Y	L	N	Q	L	G	V	K	A	L	W	L	S	P	I	.	.	H	P	C	X	S	Y	H	G	Y	D	V	T	D	Y
Template Known Secondary structure														S				S								T	T	T	S		.		S	S	S	S	S	S								T	T		.						T	T		S								.	.	S		B	S	S	T	T			S	B	S		T
Template Predicted Secondary structure																															.																		.																	.	.
Template SS confidence
		44	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.		.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.		90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.			.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		306	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.							.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.
Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																		.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	A	P	T	R	R	F	G	T	R	D	D	F	R	Y	F	I	D	A	A	H	A	A	G	L	N	V	I	L	D	W	V	P	G	H	F	P	T	D	D	F	A	L	A	E	F	D	G	.	.	.	.	.	.	T	N	L	Y	E	H	S	D	P	R	E	G	Y	H	Q	D	W	N	T	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																		.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																		.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	K	V	N	P	Q	L	G	T	E	S	D	F	D	R	L	V	T	E	A	H	N	R	G	I	K	I	Y	L	D	Y	V	X	N	H	T	G	T	A	H	P	W	F	T	E	A	S	S	S	S	E	S	P	Y	R	N	Y	Y	S	F	S	E	D	P	K	T	D	I	A	A	G	K	I	A	X	I	T	Q	E	G
Template Known Secondary structure		T	S			T	T	T																T	T										S				T	T	S							T	T		T	T	S	G	G	G	G	G	B				S								T	T		S	T	T			S	S	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	A	G	Y	N	A	A	E	W	F	Q	V	S	D	E	T	A	A	V	K	G	L	L	K	F	T	L	D	W	S	N	A	P	S	P	I	L	V	V	S	T	G	T	K	A	D	E	D	N	P	D	T	G	T	D	N	A	K	Y	L	Y	Y	G	E	D	I	C	K	K	F	Y	D	K	G	N	N	I	Y	E	L
Template Known Secondary structure		G	G	G			G	G	G				S		S																S	S	T	T	S									S	S				S		S					T	T							T	T	T									S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																																																																									373	.	.	.	.	.	.	380	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	I	Y	N	Y	G	R	R	E
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	V	D	F	E	S	T	W	G	L	L	I	R	T	S	N	A	S	F	W	P	S	G	T	K	Y	G	A	S	S	S	S	E	K	L	A	L	N	K	D	F	K	L	T	N	A	G	N	P	A	N	I	X	F	D	S	Q	Q	I	T	Y	F	H	S	H	F	C	T	D	W	F	A	D	L	N	Y	G	P	V	D
Template Known Secondary structure								S	S						S			S	S	S			T	T				B	B	S	S	T	T			B		T	T	S					B		S	S	S		B		B		B	T	T									T	T	S		T	T				B				S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.
								382	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																																																																					.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.																																																																					.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	V	S	N	F	L	V	G	N	A	L	Y	W	I	E	R	F	G	I	D	A	L	R	V	D	A	V	A	S	M	I	Y	R	D	Y	S	R	K	E	G	E	W	I	P	N	E	F	G	G	R	E	N	L	E	A	I	E	F	L	R	N	T	N	R	I	L	G	E	Q	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.																																																																					.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.														.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	A	G	E	S	P	A	Y	Q	A	I	A	D	A	A	K	G	W	I	.	A	R	G	V	D	G	L	R	L	D	A	V	K	H	I	Y	H	S	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S	E	E	N	P	R	F	L	K	X	F	Y	E	D	X	N	A	Y	Y	K	Q	K	G	H
Template Known Secondary structure		T	G	G	G																.		T	T							T	T	G	G	G	S	S	S		S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S																			T	T	T
Template Predicted Secondary structure																					.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.		.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.
		450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.				.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																			.	.	.
Query SS confidence																																																			.	.	.
Query Sequence		V	S	G	A	V	T	M	A	E	E	S	T	D	F	P	G	V	S	R	P	Q	D	M	G	G	L	G	F	W	Y	K	W	N	L	G	W	M	H	D	T	L	D	Y	M	K	L	D	P	V	.	.	.	Y	R	Q	Y	H	H	D	K	L	T	F	G	I	L	Y	N	Y	T	E	N	F	V	L	P	L	S	H	D
Query Conservation																																																			.	.	.
Alig confidence																							.	.	.	.																									.	.	.
Template Conservation																							.	.	.	.
Template Sequence		T	D	D	F	Y	X	I	G	E	V	L	S	E	Y	D	K	V	A	P	Y	Y	.	.	.	.	K	G	L	P	A	L	F	E	F	S	F	W	Y	R	L	E	W	G	I	N	N	S	T	G	C	Y	F	A	K	D	I	L	S	Y	Q	Q	K	Y	A	N	Y	R	S	D	Y	I	E	A	T	K	L	S	N	H	D
Template Known Secondary structure			S										S						G	G	G	G	.	.	.	.	G	T		S																	T	T			T	T														T	T		T	T							S			T	T
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.
Template SS confidence
		423	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.					.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.
		527	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.						.	580	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																						.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																						.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	V	V	H	G	K	K	S	I	L	D	R	M	P	G	D	A	W	Q	K	F	A	N	L	R	A	Y	Y	G	W	M	W	A	F	P	G	K	K	L	L	F	M	G	N	E	F	A	Q	G	R	E	W	.	.	.	.	.	N	H	D	A	S	L	D	W	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																						.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.										.	.	.	.																																.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.	.	.	.										.	.	.	.
Template Sequence		E	D	R	.	.	.	.	.	T	S	S	K	L	G	K	S	A	.	.	.	.	D	K	C	K	L	A	A	A	V	L	L	T	S	A	G	H	P	Y	I	Y	Y	G	E	E	L	G	L	Y	G	T	K	D	N	G	D	E	Y	V	R	S	P	X	L	W	G	D	S	Y	T	T	N	Y	T	D	K	T	D	A	T
Template Known Secondary structure		S			.	.	.	.	.					T	T	T			.	.	.	.													S	S	S						T	T	T	T	T	T					S	T	T		G	G	G	G	S						S	S	T	T						S
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.										.	.	.	.
Template SS confidence
		499	500	.						.	.	.	.	.	.	.	.	510					.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.
								588	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	L	L	E	G	G	D	N	W	H	H	G	V	Q	R	L	V	R	D	L	N	L	T	Y	R	H	H	K	A	M	H	E	L	D	F	D	P	Y	G	F	E	W	L	V	V	D	D	K	E	R	S	V	L	I	F	V	R	R	D	K	E	G	N	E	I	I	V	A	S	N	F	T	P	V	P
Query Conservation		.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																																																											.
Template Conservation																																																																		.
Template Sequence		V	S	K	N	V	K	T	V	A	D	Q	Q	A	D	T	H	S	L	L	N	I	Y	F	S	L	T	R	L	R	N	T	Y	P	A	L	A	E	G	N	X	T	K	H	S	V	Y	N	E	S	Q	E	K	D	Y	K	P	I	A	A	W	Y	X	T	K	.	D	N	E	K	L	L	V	I	H	N	F	G	G	T	A
Template Known Secondary structure				T	T	S							T	T		T	T	S													T	T						T							S	S	S	S	G	G	G	T	T	T			S									.	T	T										S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																																		.
Template SS confidence
		570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.		.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.
		662	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	H	D	Y	R	F	G	I	N	Q	P	G	K	W	R	E	I	L	N	T	D	S	M	H	Y	H	G	S	N	A	G	N	G	G	T	V	H	S	D	E	I	A	S	H	G	R	Q	H	S	L	S	L	T	L	P	P	L	A	T	I	W	L	V	R	E
Query Conservation
Alig confidence				.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation				.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		X	Q	.	.	.	L	P	L	T	D	K	I	E	K	V	L	F	V	N	G	E	T	Q	Q	N	T	D	S	D	S	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	L	K	L	G	G	Y	A	S	V	V	F	K	L	G
Template Known Secondary structure				.	.	.					S										S	S						T	T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						T	T
Template Predicted Secondary structure				.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		649	650				.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.