Job Description P07762 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:00:31 GMT 2012 Rank 50 Aligned Residues 399 % Identity 20% Template c3dhuC_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: C: PDB Molecule:alpha-amylase; PDBTitle: crystal structure of an alpha-amylase from lactobacillus2 plantarum Resolution 2.00 Å

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		241	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.						.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																										.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																										.	.	.	.	.
Query Sequence		A	P	I	S	I	Y	E	V	H	L	G	S	W	R	R	H	T	D	N	N	F	W	L	S	Y	R	E	L	A	D	Q	L	V	P	Y	A	K	W	M	G	F	T	H	L	E	L	L	P	I	N	E	H	P	F	D	G	.	.	.	.	.	S	W	G	Y	Q	P	T	G	L	Y	A	P	T	R	R	F	G	T	R
Query Conservation																																																										.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.											.																								.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.											.
Template Sequence		R	N	E	M	I	Y	S	V	F	V	R	N	Y	S	E	A	.	.	.	.	.	.	G	N	F	A	G	V	T	A	D	L	.	Q	R	I	K	D	L	G	T	D	I	L	W	L	L	P	I	N	P	I	G	E	V	N	R	K	G	T	L	G	S	P	Y	A	I	K	D	Y	R	G	I	N	P	E	Y	G	T	L
Template Known Secondary structure		G	G												S	S	S	.	.	.	.	.	.		S						T	T		.							T		S								S		B			T	T			T	T	T			T	T	S	B	S		T	T	S			G	G	G
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.											.
Template SS confidence
		10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.							.	.	.	.	30	.	.	.	.	.		.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.
		316	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370		.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																									.
Query SS confidence																																																									.
Query Sequence		D	D	F	R	Y	F	I	D	A	A	H	A	A	G	L	N	V	I	L	D	W	V	P	G	H	F	P	T	D	D	F	A	L	A	E	F	D	G	T	N	L	Y	E	H	S	D	P	R	E	G	Y	H	Q	D	W	.	N	T	L	I	Y	N	Y	G	R	R	E	V	S	N	F	L	V	G	N	A	L	Y	W	I
Query Conservation																																																									.
Alig confidence																																																									.
Template Conservation
Template Sequence		A	D	F	K	A	L	T	D	R	A	H	E	L	G	M	K	V	M	L	D	I	V	Y	N	H	T	S	P	D	S	V	L	A	T	E	H	P	E	W	F	Y	H	D	A	D	G	Q	L	T	N	K	V	G	D	W	S	D	V	K	D	L	D	Y	G	H	H	E	L	W	Q	Y	Q	I	D	T	L	L	Y	W	S
Template Known Secondary structure														T	T										S				T	T	S							G	G	G	B		B		T	T	S		B			S		T	T		T	T				B		T	T		T														T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.
		395	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	R	F	G	I	D	A	L	R	V	D	A	V	A	S	M	I	Y	R	D	Y	S	R	K	E	G	E	W	I	P	N	E	F	G	G	R	E	N	L	E	A	I	E	F	L	R	N	T	N	R	I	L	G	E	Q	V	S	G	A	V	T	M	A	E	E	S	T	D	F	P	G	V	S	R	P	Q	D	M	G	G
Query Conservation
Alig confidence			.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation			.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	.	.	F	V	D	G	Y	R	C	D	V	A	P	L	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	L	D	F	W	L	E	A	R	K	Q	V	N	A	K	Y	P	E	T	L	W	L	A	E	S	A	G	S	G	F	I	E	E	L	R	S	Q	G	Y	T
Template Known Secondary structure		T	.	.	T		S					T	T	G	G	G	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	T	T																			T	T
Template Predicted Secondary structure			.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		163			.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.
		475									.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.		.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.																																									.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.	.	.																																									.
Query Sequence		L	.	.	.	.	.	.	.	.	G	F	W	Y	K	W	N	L	G	W	M	H	D	T	L	D	Y	M	K	L	D	P	V	Y	R	Q	Y	H	H	D	K	L	T	F	G	I	L	Y	N	Y	.	T	E	N	F	V	L	P	L	S	H	D	E	V	V	H	G	K	K	S	I	L	D	R	M	P	G	D	A	W	Q
Query Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.																																									.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.																																									.													.	.	.	.	.											.	.	.
Template Conservation																																																																.	.	.	.	.											.	.	.
Template Sequence		G	L	S	D	S	E	L	Y	Q	A	F	D	M	T	Y	D	Y	D	V	F	G	D	F	K	D	Y	W	Q	G	R	S	T	V	E	R	Y	V	D	L	L	Q	R	Q	D	A	T	F	P	G	N	Y	V	K	M	R	F	L	E	N	H	D	N	.	.	.	.	.	A	R	M	M	S	L	M	H	S	K	.	.	.
Template Known Secondary structure									T	T	T		S				G	G	G	T									T	T	S	S																S		T	T							S			T	T	S	.	.	.	.	.									S		.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																.	.	.	.	.											.	.	.
Template SS confidence
		217	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.						.	280	.	.	.	.	.	.	.	.
		546	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.			.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.
Predicted Secondary structure																																							.	.
Query SS confidence																																							.	.
Query Sequence		K	F	A	N	L	R	A	Y	Y	G	W	M	W	A	F	P	G	K	K	L	L	F	M	G	N	E	F	A	Q	G	R	E	W	N	H	D	A	.	.	S	L	D	W	H	L	L	E	G	G	D	N	W	H	H	G	V	Q	R	L	V	R	D	L	N	L	T	Y	R	H	H	K	A	M	H	E	L	D	F	D	P
Query Conservation																																							.	.
Alig confidence		.	.																																				.	.						.	.	.	.	.	.	.																		.									.	.	.
Template Conservation		.	.																																											.	.	.	.	.	.	.																		.									.	.	.
Template Sequence		.	.	A	E	A	V	N	N	L	T	W	I	F	M	Q	R	G	I	P	L	I	Y	N	G	Q	E	F	L	A	E	H	Q	P	S	L	F	D	R	D	T	M	V	A	D	.	.	.	.	.	.	.	R	H	G	D	V	T	P	L	I	Q	K	L	V	T	I	K	Q	.	L	P	L	L	R	A	A	D	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.													S	S	S						T	T	G	G	G	T			S				S	S	S					T	T		.	.	.	.	.	.	.																	T	.	S	G	G	G	G		S		.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.																																											.	.	.	.	.	.	.																		.									.	.	.
Template SS confidence
				289	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330								.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.		.	.	350	.	.	.	.	.
		624	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	G	F	E	W	L	V	V	D	D	K	E	R	S	V	L	I	F	V	R	R	D	K	E	G	N	E	I	I	V	A	S	N	F	T	P	V	P	R	H	D	Y	R	F	G	I	N	Q	P	G	K	W	R	E	I	L	N	T	D	S	M	H	Y	H	G	S	N	A	G	N	G	G	T	V	H	S	D	E	I	A
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.																				.																.							.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.																				.																.							.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	Y	Q	L	A	V	V	E	E	G	I	V	K	I	T	Y	R	A	A	G	.	E	A	L	T	A	W	I	P	L	K	G	Q	V	T	A	.	V	A	T	K	L	A	.	A	G	S	Y	Q	N	L	L	T	D	G	P	T	E	V	V	D	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.							G	G	G									T	T	.									T	T						.							.	S						T	T	T	T							T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																				.																.							.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
							356	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.		.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.		390	.	.	.	.	.		.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.
		704	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	H	G	R	Q	H	S	L	S	L	T	L	P	P	L	A	T	I	W	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	K	L	T	V	D	G	Q	P	V	L	I	K
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.						S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
										414	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.