Job Description P07762 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:00:31 GMT 2012 Rank 61 Aligned Residues 414 % Identity 19% Template c3blpX_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: X: PDB Molecule:alpha-amylase 1; PDBTitle: role of aromatic residues in human salivary alpha-amylase Resolution 1.60 Å

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		248	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.							300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.
Predicted Secondary structure																																																						.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																						.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	H	L	G	S	W	R	R	H	T	D	N	N	F	W	L	S	Y	R	E	L	A	D	Q	L	V	P	Y	A	K	W	M	G	F	T	H	L	E	L	L	P	I	N	E	H	P	F	D	G	S	W	G	.	.	.	.	.	.	Y	Q	P	T	G	L	Y	A	P	T	R	R	F	G	T	R	D	D	F	R	Y	F
Query Conservation																																																						.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.							.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.
Template Sequence		V	H	L	F	E	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	W	V	D	I	A	L	E	C	E	R	Y	L	A	P	K	G	F	G	G	V	Q	V	S	P	P	N	E	N	V	A	I	H	N	P	F	R	P	W	W	E	R	Y	Q	P	V	S	Y	.	K	L	C	T	R	S	G	N	E	D	E	F	R	N	M
Template Known Secondary structure					T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												T	T	T	T	T	T										S		B	B			T	T	T	T	S		G	G	G	G	G	S	B	S		S	.		S		B	T	T	B
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.
Template SS confidence
		14	.	.	.	.	.											20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.		.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.
		322	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370
Predicted Secondary structure																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	D	A	A	H	A	A	G	L	N	V	I	L	D	W	V	P	G	H	F	P	T	D	D	F	A	L	A	E	F	D	G	T	N	L	Y	E	H	S	D	P	R	E	G	Y	H	Q	D	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	T	R	C	N	N	V	G	V	R	I	Y	V	D	A	V	I	N	H	M	C	G	N	A	V	S	A	G	T	S	S	T	C	G	S	Y	F	N	P	G	S	R	D	F	P	A	V	P	Y	S	G	W	D	F	N	D	G	K	C	K	T	G	S	G	D	I	E	N	Y	N	D	A	T	Q	V	R	D	C	R	L
Template Known Secondary structure								T	T										S					T	T	S		S	B	S		B	T	T				B	B	G	G	G	T	B	B	T	T	T	T	B		G	G	G	B	S	T	T	T			S	S	S	S	B				T	T								S	B	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.
			371	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.
Query SS confidence		.
Query Sequence		.	N	T	L	I	Y	N	Y	G	R	R	E	V	S	N	F	L	V	G	N	A	L	Y	W	I	E	R	F	G	I	D	A	L	R	V	D	A	V	A	S	M	I	Y	R	D	Y	S	R	K	E	G	E	W	I	P	N	E	F	G	G	R	E	N	L	E	A	I	E	F	L	R	N	T	N	R	I	L	G	E	Q
Query Conservation		.
Alig confidence		.																									.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																											.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	G	L	L	D	L	A	L	G	K	D	Y	V	R	S	K	I	A	E	Y	M	N	H	L	I	.	D	I	G	V	A	G	F	R	I	D	A	S	K	H	M	W	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	D	I	K	A	I	L	D	K	L	H	N	L
Template Known Secondary structure		T	T				B		T	T	S																.			T							T	T	G	G	G	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								T	T
Template Predicted Secondary structure																											.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		163	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.		.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.
		450	.								.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.		.	.	.	.	520	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.																																																																	.
Query SS confidence				.	.	.	.	.	.	.																																																																	.
Query Sequence		V	S	.	.	.	.	.	.	.	G	A	V	T	M	A	E	E	S	T	D	F	P	G	V	S	R	P	Q	D	M	G	G	L	G	F	W	Y	K	W	N	L	G	W	M	H	D	T	L	D	Y	M	K	L	D	P	V	Y	R	Q	Y	H	H	D	K	L	T	F	G	I	L	Y	N	Y	.	T	E	N	F	V	L
Query Conservation				.	.	.	.	.	.	.																																																																	.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.																									.	.																																							.
Template Conservation																																			.	.
Template Sequence		N	S	N	W	F	P	E	G	S	K	P	F	I	Y	Q	E	V	I	D	L	G	G	E	P	I	K	S	S	D	Y	F	G	N	.	.	G	R	V	T	E	F	K	Y	G	A	K	L	G	T	V	I	R	K	W	N	G	E	K	M	S	Y	L	K	N	W	G	E	G	W	G	F	M	P	S	D	R	A	L	V	F
Template Known Secondary structure			T	T	T	S		T	T													S	S	S	S			G	G	G	G	T	T	T	.	.	S																	T		T	T			G	G	G	G	G	G	T	T	G	G	G	T				T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																			.	.
Template SS confidence
		218	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250			.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.
		522	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.		.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.																	.	.	.
Predicted Secondary structure																																										.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																										.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	L	S	H	D	E	V	V	H	G	K	K	S	I	L	D	R	M	P	G	D	A	W	Q	K	F	A	N	L	R	A	Y	Y	G	W	M	W	A	F	P	.	G	K	K	L	L	F	M	G	N	E	F	A	Q	G	R	E	W	N	H	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	S	L
Query Conservation																																										.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																									.	.	.															.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																									.	.	.
Template Sequence		V	D	N	H	D	N	Q	R	G	H	G	A	G	G	A	S	I	L	T	F	W	D	A	.	.	.	R	L	Y	K	M	A	V	G	F	M	L	A	H	P	Y	G	F	T	R	V	M	S	S	Y	R	W	P	R	Y	F	E	N	G	K	D	V	N	D	W	V	G	P	P	N	D	N	G	V	T	K	E	V	T	I
Template Known Secondary structure		S			T	T	G	G	G	T		T	T			T	T				G	G	G		.	.	.													S		S	S								B								T	T			T	T	T	T			S	S			T	T							B
Template Predicted Secondary structure																									.	.	.
Template SS confidence
		296	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.				.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.
		585	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																																	.
Query SS confidence																																																																																	.
Query Sequence		D	W	H	L	L	E	G	G	D	N	W	H	H	G	V	Q	R	L	V	R	D	L	N	L	T	Y	R	H	H	K	A	M	H	E	L	D	F	D	P	Y	G	F	E	W	L	V	V	D	D	K	E	R	S	V	L	I	F	V	R	R	D	K	E	G	N	E	I	I	V	A	S	N	F	T	P	V	P	R	H	.
Query Conservation																																																																																	.
Alig confidence																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.																	.
Template Conservation																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.
Template Sequence		N	P	D	T	T	C	G	N	D	W	V	C	E	H	R	A	R	Q	I	R	N	M	V	N	F	R	N	V	V	D	G	Q	P	F	T	N	W	Y	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	G	S	N	Q	V	A	F	G	R	.	.	.	.	G	N	R	G	F	I	V	F	N	N	D	D	W	T	F	S	L
Template Known Secondary structure			T	T	S		B		T	T	B			G	G	G	S													T	T	T									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S	S							.	.	.	.	T	T	T								S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.
Template SS confidence
		373	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.											.	.	.	.	.	.	.	.	420	.					.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.
		664	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720				.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																											.	.	.
Query SS confidence																																																											.	.	.
Query Sequence		D	Y	R	F	G	I	N	Q	P	G	K	W	R	E	I	L	N	T	D	S	M	H	Y	H	G	S	N	A	G	N	G	G	T	V	H	S	D	E	I	A	S	H	G	R	Q	H	S	L	S	L	T	L	P	P	L	A	T	.	.	.	I	W	L	V	R	E	A
Query Conservation																																																											.	.	.
Alig confidence									.																				.	.	.	.	.	.	.											.	.	.											.	.	.
Template Conservation									.																				.	.	.	.	.	.	.											.	.	.
Template Sequence		T	L	Q	T	G	L	P	.	A	G	T	Y	C	D	V	I	S	G	D	K	I	N	G	N	C	T	G	.	.	.	.	.	.	.	I	K	I	Y	V	S	D	D	G	K	.	.	.	A	H	F	S	I	S	N	S	A	E	D	P	F	I	A	I	H	A	E	S
Template Known Secondary structure									.	S						T	T	T					T	T			S	S	.	.	.	.	.	.	.							T	T	S		.	.	.							T	T		S	S							G	G	G
Template Predicted Secondary structure									.																				.	.	.	.	.	.	.											.	.	.
Template SS confidence
		439	440	.	.	.	.	.		.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.								.	.	.	.	.	470	.	.	.	.				.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.