Job Description P07762 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:00:31 GMT 2012 Rank 3 Aligned Residues 614 % Identity 25% Template c3amlA_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:os06g0726400 protein; PDBTitle: structure of the starch branching enzyme i (bei) from oryza sativa l Resolution 1.70 Å

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		96	.	.	.														100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.
Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	D	P	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	F	G	P	L	I	Q	E	M	D	A	W	L	L	S	E	G	T	H	L	R	P	Y	E	T	L	G	A	H	A	D	T	M	D	G	V	T	G	T	R	F	S	V	W	A	P	N	A	R	R	V	S	V	V	G	Q	F	N	Y	W	D	G	R
Query Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.
Template Conservation																																																			.	.	.	.
Template Sequence		L	D	P	K	L	E	E	F	K	D	H	F	N	Y	R	I	K	R	Y	L	D	Q	K	C	L	I	E	K	H	E	G	G	L	E	E	F	S	K	G	Y	L	K	F	G	I	N	T	V	D	.	.	.	.	G	A	T	I	Y	R	E	W	A	P	A	A	Q	E	A	Q	L	I	G	E	F	N	N	W	N	G	A
Template Known Secondary structure				G	G	G	G	G	G																							S						T	T	G	G	G	T	S						T	.	.	.	.	T									T	T		S							G	G	G	T	T			T
Template Predicted Secondary structure																																																			.	.	.	.
Template SS confidence
		16	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.					.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.
		163	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180							.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.					.	.	.	.	.	.	.	230	.	.
Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.
Query SS confidence																				.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.
Query Sequence		R	H	P	M	R	L	R	K	E	S	G	I	W	E	L	F	I	P	.	.	.	.	.	.	G	A	H	N	G	Q	L	Y	K	Y	E	M	I	D	A	N	G	N	L	R	L	K	S	D	P	Y	A	F	E	A	Q	M	R	P	E	T	A	S	L	I	C	G	.	.	.	.	L	P	E	K	V	V	Q	T	E	E
Query Conservation																				.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.
Alig confidence								.												.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.
Template Conservation								.
Template Sequence		K	H	K	M	E	K	.	D	K	F	G	I	W	S	I	K	I	S	H	V	N	G	K	P	A	I	P	H	N	S	K	V	K	F	R	F	R	H	G	G	G	A	W	V	D	R	I	P	A	W	I	R	Y	A	T	F	D	A	S	K	F	G	A	P	Y	D	G	V	H	W	D	P	P	A	C	E	R	Y	V	F
Template Known Secondary structure		T		B				.		T	T	S									B	T	T	B		S	S		T	T										T	T									T	T		S							S	S	S	S												G	G	G
Template Predicted Secondary structure								.
Template SS confidence
		92	.	.	.	.	.		.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170
		233	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	K	K	A	N	Q	F	D	A	P	I	S	I	Y	E	V	H	L	G	S	W	R	R	H	T	D	N	N	F	W	L	S	Y	R	E	L	A	D	Q	L	V	P	Y	A	K	W	M	G	F	T	H	L	E	L	L	P	I	N	E	H	P	F	D	G	S	W	G	Y	Q	P	T	G	L	Y	A	P	T	R	R	F
Query Conservation
Alig confidence																								.	.	.
Template Conservation																								.	.	.
Template Sequence		K	H	P	R	P	P	K	P	D	A	P	R	I	Y	E	A	H	V	G	M	S	G	.	.	.	E	E	P	E	V	S	T	Y	R	E	F	A	D	N	V	L	P	R	I	R	A	N	N	Y	N	T	V	Q	L	M	A	I	M	E	H	S	Y	Y	A	S	F	G	Y	H	V	T	N	F	F	A	V	S	S	R	S
Template Known Secondary structure			S							S	S								S	T	T		S	.	.	.	S	S	S	S											T							T	T								S					S		G	G	G	T	T		S		S							G	G	G
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.
Template SS confidence
		171	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.				.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.
		313	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.		.	.	.	.	350	.	.				.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																			.								.	.	.
Query SS confidence																																			.								.	.	.
Query Sequence		G	T	R	D	D	F	R	Y	F	I	D	A	A	H	A	A	G	L	N	V	I	L	D	W	V	P	G	H	F	P	T	D	D	.	F	A	L	A	E	F	D	.	.	.	G	T	N	L	Y	E	H	S	D	P	R	E	G	Y	H	Q	D	W	N	T	L	I	Y	N	Y	G	R	R	E	V	S	N	F	L	V	G
Query Conservation																																			.								.	.	.
Alig confidence																																			.								.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	T	P	E	D	L	K	Y	L	V	D	K	A	H	S	L	G	L	R	V	L	M	D	V	V	H	S	H	A	S	N	N	V	T	D	G	L	N	G	Y	D	V	G	Q	N	T	H	E	S	Y	F	H	T	G	D	R	G	Y	H	K	L	W	D	S	R	L	F	N	Y	A	N	W	E	V	L	R	F	L	L	S
Template Known Secondary structure																	T	T										S		B				T	T	T	S	G	G	G	G		S	S			G	G	G	S	S	B			G	G	G	G			T	T	T	T				B		T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		248	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.
		389	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.			.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																				.	.
Query SS confidence																																				.	.
Query Sequence		N	A	L	Y	W	I	E	R	F	G	I	D	A	L	R	V	D	A	V	A	S	M	I	Y	R	D	Y	S	R	K	E	G	E	W	.	.	I	P	N	E	F	G	G	R	E	N	L	E	A	I	E	F	L	R	N	T	N	R	I	L	G	E	Q	V	S	G	A	V	T	M	A	E	E	S	T	D	F	P	G	V
Query Conservation																																				.	.
Alig confidence																																				.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	L	R	Y	W	M	D	E	F	M	F	D	G	F	R	F	D	G	V	T	S	M	L	Y	H	H	H	G	I	N	K	G	F	T	G	N	Y	K	E	Y	F	S	L	D	T	D	V	D	A	I	V	Y	M	M	L	A	N	H	L	M	H	K	L	L	P	E	A	T	I	V	A	E	D	V	S	G	M	P	V	L
Template Known Secondary structure																		T	T						B	T	T	T	T	T	T					S		G	G	G	T	S	S	T	T	B																				T	T								S	S			T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		328	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.
		467	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520		.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.
Predicted Secondary structure																																																								.																							.	.	.
Query SS confidence																																																								.																							.	.	.
Query Sequence		S	R	P	Q	D	M	G	G	L	G	F	W	Y	K	W	N	L	G	W	M	H	D	T	L	D	Y	M	K	L	D	P	V	Y	R	Q	Y	H	H	D	K	L	T	F	G	I	L	Y	N	Y	T	E	N	F	V	.	L	P	L	S	H	D	E	V	V	H	G	K	K	S	I	L	D	R	M	P	G	D	.	.	.
Query Conservation																																																								.																							.	.	.
Alig confidence																																																								.																							.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		C	R	P	V	D	E	G	G	V	G	F	D	F	R	L	A	M	A	I	P	D	R	W	I	D	Y	L	K	N	K	E	D	R	K	W	S	M	S	E	I	V	Q	T	L	T	N	R	R	Y	T	E	K	C	I	A	Y	A	E	S	H	D	Q	S	I	V	G	D	K	T	I	A	F	L	L	M	D	K	E	M	Y
Template Known Secondary structure		T	S		G	G	G	T	S				S					T	T														G	G	G													S		T	T	S						S					T	T	S				B								T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		408	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.
															543	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.											.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	W	Q	K	F	A	N	L	R	A	Y	Y	G	W	M	W	A	F	P	G	K	K	L	L	F	M	G	N	E	F	A	Q	G	R	E	W	N	H	D	A	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	D	W	H	L	L	E	G	G	D	N	W	H	H	G	V
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	G	M	S	D	L	Q	P	A	S	P	T	I	N	R	G	I	A	L	Q	K	M	I	H	F	I	T	M	A	L	G	G	D	G	Y	L	N	F	M	G	N	E	F	G	H	P	E	W	I	D	F	P	R	E	G	N	N	W	S	Y	D	K	C	R	R	Q	W	S	L	V	D	T	D	H	L	R	Y	K	Y	M
Template Known Secondary structure			S		B	S	S	S																										S						T	T	G	G	G	T			S	B						G	G	G	T	T			T	T	S	S									T	T	B	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		488	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.
		600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.		.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																	.
Query SS confidence																																																																	.
Query Sequence		Q	R	L	V	R	D	L	N	L	T	Y	R	H	H	K	A	M	H	E	L	D	F	D	P	Y	G	F	E	W	L	V	V	D	D	K	E	R	S	V	L	I	F	V	R	R	D	K	E	G	N	E	I	I	V	A	S	N	F	T	P	V	P	R	.	H	D	Y	R	F	G	I	N	Q	P	G	K	W	R	E	I
Query Conservation																																																																	.
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.													.
Template Conservation																				.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.
Template Sequence		N	A	F	D	Q	A	M	N	A	L	E	E	E	F	S	F	L	S	.	.	.	.	.	.	S	S	K	Q	I	V	S	D	M	N	E	K	D	K	V	I	V	F	E	R	G	D	.	.	.	.	.	L	V	F	V	F	N	F	H	P	N	K	T	Y	K	G	Y	K	V	G	C	D	L	P	G	K	Y	R	V	A
Template Known Secondary structure																	G	G	G	.	.	.	.	.	.											T	T	T	T							T	T	.	.	.	.	.									S	S											S	S		S
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.
Template SS confidence
		568	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.							.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.						.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.
		679	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.										.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	N	T	D	S	M	H	Y	H	G	S	N	A	G	N	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	V	H	S	D	E	I	A	S	H	G	R	Q	H	S	L	S	L	T	L	P	P	L	A	T	I	W	L	V	R	E	A	E
Query Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	D	S	D	A	L	V	F	G	G	H	G	R	V	G	H	D	V	D	H	F	T	S	P	E	G	M	P	G	V	P	E	T	N	F	N	N	R	P	N	S	F	K	V	L	S	P	P	R	T	C	V	A	Y	Y	R	V	D	E
Template Known Secondary structure				T	T	S	G	G	G	T	S				S		T	T									S		T	T		G	G	G	S	B	T	T	B	S									T	T										T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		637	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.