Job Description P07762 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:00:31 GMT 2012 Rank 4 Aligned Residues 608 % Identity 25% Template c3amkA_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:os06g0726400 protein; PDBTitle: structure of the starch branching enzyme i (bei) from oryza sativa l Resolution 1.90 Å

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		100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	F	G	P	L	I	Q	E	M	D	A	W	L	L	S	E	G	T	H	L	R	P	Y	E	T	L	G	A	H	A	D	T	M	D	G	V	T	G	T	R	F	S	V	W	A	P	N	A	R	R	V	S	V	V	G	Q	F	N	Y	W	D	G	R	R	H	P	M	R	L	R	K	E	S	G	I	W	E	L	F	I
Query Conservation
Alig confidence																																		.	.	.	.																																					.
Template Conservation																																		.	.	.	.																																					.
Template Sequence		R	Y	L	D	Q	K	C	L	I	E	K	H	E	G	G	L	E	E	F	S	K	G	Y	L	K	F	G	I	N	T	V	D	.	.	.	.	G	A	T	I	Y	R	E	W	A	P	A	A	Q	E	A	Q	L	I	G	E	F	N	N	W	N	G	A	K	H	K	M	E	K	D	K	F	.	G	I	W	S	I	K	I
Template Known Secondary structure															S						T	T	G	G	G	T	S						T	.	.	.	.	T									T	T		S							G	G	G	T	T			T	T	S	B					T	T	.	S
Template Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.																																					.
Template SS confidence
		33	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.					.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100		.	.	.	.	.	.	.
		180							.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.					.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.
Query Sequence		P	.	.	.	.	.	.	G	A	H	N	G	Q	L	Y	K	Y	E	M	I	D	A	N	G	N	L	R	L	K	S	D	P	Y	A	F	E	A	Q	M	R	P	E	T	A	S	L	I	C	G	.	.	.	.	L	P	E	K	V	V	Q	T	E	E	R	K	K	A	N	Q	F	D	A	P	I	S	I	Y	E	V	H
Query Conservation			.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	H	V	N	G	K	P	A	I	P	H	N	S	K	V	K	F	R	F	R	H	G	G	G	A	W	V	D	R	I	P	A	W	I	R	Y	A	T	F	D	A	S	K	F	G	A	P	Y	D	G	V	H	W	D	P	P	A	C	E	R	Y	V	F	K	H	P	R	P	P	K	P	D	A	P	R	I	Y	E	A	H
Template Known Secondary structure				B	T	T	B		S	S		T	T										T	T		S							T	T		S						S	S	S	S	S												G	G	G	S					S							S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		108	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.
		250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	G	S	W	R	R	H	T	D	N	N	F	W	L	S	Y	R	E	L	A	D	Q	L	V	P	Y	A	K	W	M	G	F	T	H	L	E	L	L	P	I	N	E	H	P	F	D	G	S	W	G	Y	Q	P	T	G	L	Y	A	P	T	R	R	F	G	T	R	D	D	F	R	Y	F	I	D	A	A	H	A	A	G
Query Conservation
Alig confidence							.	.	.
Template Conservation							.	.	.
Template Sequence		V	G	M	S	G	.	.	.	E	E	P	E	V	S	T	Y	R	E	F	A	D	N	V	L	P	R	I	R	A	N	N	Y	N	T	V	Q	L	M	A	I	M	E	H	S	Y	Y	A	S	F	G	Y	H	V	T	N	F	F	A	V	S	S	R	S	G	T	P	E	D	L	K	Y	L	V	D	K	A	H	S	L	G
Template Known Secondary structure		S	T	T		S	.	.	.	S	S	S	S											T							T	T								S					S		G	G	G	T	T		S		S							G	G	G																T	T
Template Predicted Secondary structure							.	.	.
Template SS confidence
		188	.	190	.	.				.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.
		330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.		.	.	350	.	.				.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.						.	.	.
Query SS confidence																				.						.	.	.
Query Sequence		L	N	V	I	L	D	W	V	P	G	H	F	P	T	D	D	F	A	.	L	A	E	F	D	.	.	.	G	T	N	L	Y	E	H	S	D	P	R	E	G	Y	H	Q	D	W	N	T	L	I	Y	N	Y	G	R	R	E	V	S	N	F	L	V	G	N	A	L	Y	W	I	E	R	F	G	I	D	A	L	R	V	D
Query Conservation																				.						.	.	.
Alig confidence																				.						.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	R	V	L	M	D	V	V	H	S	H	A	S	N	N	V	T	D	G	L	N	G	Y	D	V	G	Q	N	T	H	E	S	Y	F	H	T	G	D	R	G	Y	H	K	L	W	D	S	R	L	F	N	Y	A	N	W	E	V	L	R	F	L	L	S	N	L	R	Y	W	M	D	E	F	M	F	D	G	F	R	F	D
Template Known Secondary structure											S						T	T	T	S	G	G	G	G		S	S			G	G	G	S	S	B			G	G	G	G			T	T	T	T				B		T	T	S																					S					T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		265	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.
		406	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.			.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.
Query SS confidence																			.	.
Query Sequence		A	V	A	S	M	I	Y	R	D	Y	S	R	K	E	G	E	W	.	.	I	P	N	E	F	G	G	R	E	N	L	E	A	I	E	F	L	R	N	T	N	R	I	L	G	E	Q	V	S	G	A	V	T	M	A	E	E	S	T	D	F	P	G	V	S	R	P	Q	D	M	G	G	L	G	F	W	Y	K	W	N	L
Query Conservation																			.	.
Alig confidence																			.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	V	T	S	M	L	Y	H	H	H	G	I	N	K	G	F	T	G	N	Y	K	E	Y	F	S	L	D	T	D	V	D	A	I	V	Y	M	M	L	A	N	H	L	M	H	K	L	L	P	E	A	T	I	V	A	E	D	V	S	G	M	P	V	L	C	R	P	V	D	E	G	G	V	G	F	D	F	R	L	A	M
Template Known Secondary structure		T						B	T	T	T	T	T	T					S						S	S	T	T	B																				T	T								S	S			T	T	T	T	S		G	G	G	T	S				S					T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		345	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.
		484	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520		.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.											.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.
Predicted Secondary structure																																							.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																							.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	W	M	H	D	T	L	D	Y	M	K	L	D	P	V	Y	R	Q	Y	H	H	D	K	L	T	F	G	I	L	Y	N	Y	T	E	N	F	V	.	L	P	L	S	H	D	E	V	V	H	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	K	S	I	L	D	R	M	P	G	D	A	W	Q	K	F	A	N	L	R	A
Query Conservation																																							.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																							.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	I	P	D	R	W	I	D	Y	L	K	N	K	E	D	R	K	W	S	M	S	E	I	V	Q	T	L	T	N	R	R	Y	T	E	K	C	I	A	Y	A	E	S	H	D	D	K	T	I	A	F	L	L	M	D	K	E	M	Y	T	G	M	S	D	L	Q	P	A	S	P	T	I	N	R	G	I	A	L	Q	K	M
Template Known Secondary structure		T														G	G	G													S		T	T	S				B		S														G	G	G					T	B	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		425	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.
		553	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.		.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.											580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.
Predicted Secondary structure														.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	Y	G	W	M	W	A	F	P	G	K	K	.	L	L	F	M	G	N	E	F	A	Q	G	R	E	W	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	D	A	S	L	D	W	H	L	L	E	G	G	D	N	W	H	H	G	V	Q	R	L	V	R	D	L	N	L	T	Y	R	H	H	K	A	M	H	E	L	D	F
Query Conservation														.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.
Template Conservation																																																																																	.
Template Sequence		I	H	F	I	T	M	A	L	G	G	D	G	Y	L	N	F	M	G	N	E	F	G	H	P	E	W	I	D	F	P	R	E	G	N	N	W	S	Y	D	K	C	R	R	Q	W	S	L	V	D	T	D	H	L	R	Y	K	Y	M	N	A	F	D	Q	A	M	N	A	L	E	E	E	F	S	F	L	S	S	S	K	.
Template Known Secondary structure												S	S					T	T	G	G	G	T			S							G	G	G	T	S			T	T	S	S									T	T	B	S																				G	G	G				.
Template Predicted Secondary structure																																																																																	.
Template SS confidence
		510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.
		622	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.		.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700
Predicted Secondary structure																																											.
Query SS confidence																																											.
Query Sequence		D	P	Y	G	F	E	W	L	V	V	D	D	K	E	R	S	V	L	I	F	V	R	R	D	K	E	G	N	E	I	I	V	A	S	N	F	T	P	V	P	R	.	H	D	Y	R	F	G	I	N	Q	P	G	K	W	R	E	I	L	N	T	D	S	M	H	Y	H	G	S	N	A	G	N	G	G	T	V	H	S	D
Query Conservation																																											.
Alig confidence		.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.															.
Template Conservation		.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	Q	I	V	S	D	M	N	E	K	D	K	V	I	V	F	E	R	.	.	.	.	.	G	D	L	V	F	V	F	N	F	H	P	N	K	T	Y	K	G	Y	K	V	G	C	D	L	P	G	K	Y	R	V	A	L	D	S	D	A	L	V	F	G	G	H	G	R	V	G	H	D	V	D	H	F	T
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.								T	T	T	T							.	.	.	.	.	T	T									S	S											S	S		S								T	T	S	G	G	G	T					S		S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.
Template SS confidence
							589	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.						.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.
		701	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	I	A	S	H	G	R	Q	H	S	L	S	L	T	L	P	P	L	A	T	I	W	L	V	R	E
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		S	P	E	G	M	N	R	P	N	S	F	K	V	L	S	P	P	R	T	C	V	A	Y	Y	R	V
Template Known Secondary structure									S									T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		659	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.