Job Description P07762 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:00:31 GMT 2012 Rank 9 Aligned Residues 557 % Identity 19% Template c2ya1A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:putative alkaline amylopullulanase; PDBTitle: product complex of a multi-modular glycogen-degrading2 pneumococcal virulence factor spua Resolution 2.25 Å

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Show / Hide Conservation and Alignment quality

		125	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.			.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.		.	.	.	.	.	160			.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.								.	.	.	.	.	190	.	.
Predicted Secondary structure															.	.																		.							.	.																									.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.																		.							.	.																									.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	G	A	H	A	D	T	M	D	G	V	T	G	.	.	T	R	F	S	V	W	A	P	N	A	R	R	V	S	V	V	G	.	Q	F	N	Y	W	D	.	.	G	R	R	H	P	M	R	L	R	K	E	S	G	I	W	E	L	F	I	P	G	A	H	N	.	.	.	.	.	.	.	G	Q	L	Y	K	Y	E	M
Query Conservation															.	.																		.							.	.																									.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.			.	.																		.							.	.									.																.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation									.	.	.	.																																							.
Template Sequence		L	G	A	D	L	K	E	.	.	.	.	E	G	K	Q	V	D	L	T	L	W	S	P	S	A	D	K	V	S	V	V	V	Y	D	K	N	D	P	D	K	V	V	G	T	V	A	L	E	K	.	G	E	R	G	T	W	K	Q	T	L	D	S	T	N	K	L	G	I	T	D	F	T	G	Y	Y	Y	Q	Y	Q	I
Template Known Secondary structure								G	.	.	.	.	G	G	T									T	T		S									S	S		T	T	S										.		G	G	G								T	T		S	S			S			T	T
Template Predicted Secondary structure									.	.	.	.																																							.
Template SS confidence
		451	.	.	.	.	.	.					.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.		.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.
		193	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.												.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.			.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.
Query SS confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.
Query Sequence		I	D	A	N	G	N	L	R	L	K	S	D	P	Y	A	F	E	A	Q	M	R	P	E	T	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	L	I	C	G	L	P	E	K	V	V	.	.	Q	T	E	E	R	K	K	A	N	Q	F	D	A	P	I	S	I	Y	E	V	H	L	G	S	W	R	R	H	T	D	N
Query Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.
Alig confidence		.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.
Template Conservation		.
Template Sequence		.	E	R	Q	G	K	T	V	L	A	L	D	P	Y	A	K	S	L	A	A	W	N	S	D	D	S	K	I	D	D	A	H	K	V	A	K	A	A	F	V	D	P	A	K	L	G	P	Q	D	L	T	Y	G	K	I	H	N	F	K	T	R	E	D	A	V	I	Y	E	A	H	V	R	D	F	T	S	D	P	A	I
Template Known Secondary structure		.			T	T								T	T		S	S	B				B	G	G	G	T	T	S		G	G	G	S	S								G	G	G	S	S		T	T							T	T		S	S	G	G	G															G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.
Template SS confidence
			526	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.
		260	.	.						.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.
Query SS confidence					.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.
Query Sequence		N	F	W	.	.	.	.	.	L	S	Y	R	E	L	A	D	Q	L	V	P	Y	A	K	W	M	G	F	T	H	L	E	L	L	P	I	N	E	H	P	F	D	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	W	G	Y	Q	P	T	G	L	Y	A	P	T	R	R	F	G	T	.	.
Query Conservation					.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.											.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.
Template Conservation																				.
Template Sequence		A	K	D	L	T	K	P	F	G	T	F	E	A	F	I	E	K	L	.	D	Y	L	K	D	L	G	V	T	H	I	Q	L	L	P	V	L	S	Y	Y	F	V	N	E	L	K	N	H	E	R	L	S	D	Y	A	S	S	N	S	N	Y	N	W	G	Y	D	P	Q	N	Y	F	S	L	T	G	M	Y	S	S	D	P
Template Known Secondary structure		T	T	T		S	S		T	T	S						T	T		.							T		S					S			B		B	S	S		B	G	G	G	T	T	S				S			S	S	S		S				S		S	B	S		S	S	S	B		S	T	T		S		T
Template Predicted Secondary structure																				.
Template SS confidence
		605	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.		.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.
								315	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	R	D	D	F	R	Y	F	I	D	A	A	H	A	A	G	L	N	V	I	L	D	W	V	P	G	H	F	P	T	D	D	F	A	L	A	E	F	D	G	T	N	L	Y	E	H	S	D	P	R	E	G	Y	H	Q	D	W	N	T	L	I	Y	N	Y	G	R	R	E	V	S	N	F	L	V	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																																								.	.
Template Conservation																																															.	.
Template Sequence		K	N	P	E	K	R	I	A	E	F	K	N	L	I	N	E	I	H	K	R	G	M	G	A	I	L	D	V	V	Y	N	H	T	A	K	V	D	L	F	E	D	L	E	P	N	.	.	Y	Y	H	F	M	D	A	D	G	T	P	R	T	S	F	G	G	G	R	L	G	T	T	H	H	M	T	K	R	L	L	I	D
Template Known Secondary structure		T		T	T															T	T	T									T	T			S							T	T	S	T	T	.	.	T	S	B		B		T	T			B				T	T				B		T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																															.	.
Template SS confidence
		684	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.			.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.
		389	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	A	L	Y	W	I	E	R	F	G	I	D	A	L	R	V	D	A	V	A	S	M	I	Y	R	D	Y	S	R	K	E	G	E	W	I	P	N	E	F	G	G	R	E	N	L	E	A	I	E	F	L	R	N	T	N	R	I	L	G	E	Q	V	S	G	A	V	T	M	A	E	E	S	T	D	F	P	G	V	S	R
Query Conservation
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	I	K	Y	L	V	D	T	Y	K	V	D	G	F	R	F	D	M	M	G	D	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	A	A	S	I	E	E	A	Y	K	A	A	R	A	L	N	P	N	L	I	M	L	G	E	G	W	R	T	Y	A	G	D	E	N
Template Known Secondary structure																		T	T	G	G	G	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B																T	T									S					S	T	T
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		762	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.
		469	470	.	.	.								.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.														.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence							.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	Q	D	M	G	.	.	.	.	.	.	.	G	L	G	F	W	Y	K	W	N	L	G	W	M	H	D	T	L	D	Y	M	K	L	D	P	V	Y	R	Q	Y	H	H	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	L	T	F	G	I	L	Y	N	Y	T	E	N	F	V	L	P	L	S	H	D	E	V
Query Conservation							.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		M	P	T	K	A	A	D	Q	D	W	M	K	H	T	D	T	V	A	V	F	S	D	D	I	R	N	N	L	K	S	G	Y	P	N	E	G	Q	P	A	F	I	T	G	G	K	R	D	V	N	T	I	F	K	N	L	I	A	Q	P	T	N	F	E	A	D	S	P	G	D	V	I	Q	Y	I	A	A	H	D	N	L
Template Known Secondary structure						B	S	S	G	G	G	G	G	G		S	S	S												S			T	T	S	T	T				T	T	T	T													T	T			S	S	S			S	S	G	G	G					S			S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		818	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.
		529	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.						.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	H	G	K	K	S	I	L	D	R	M	P	G	.	.	.	.	.	D	A	W	Q	K	F	A	N	L	R	A	Y	Y	G	W	M	W	A	F	P	G	K	K	L	L	F	M	G	N	E	F	A	Q	G	R	E	W	N	H	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation															.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	L	F	D	I	I	A	Q	S	I	K	K	D	P	S	K	A	E	N	Y	A	E	I	H	R	R	L	R	L	G	N	L	M	V	L	T	A	Q	G	T	P	F	I	H	S	G	Q	E	Y	G	R	T	K	Q	F	R	N	P	A	Y	R	T	P	V	A	E	D	K	V	P	N	K	S	H	L	L	R	D	K	D
Template Known Secondary structure												T			T	T	S																				T	S	S	S						T	T	T	T	T	T				B				G	G	G	S	S				T	T	T			T	T							T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		898	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.
																						582	.	.	.	.	.	.	.			590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.								.	.	.	.	.	.	.	630	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.																																		.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.																																		.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	S	L	D	W	H	L	L	.	.	E	G	G	D	N	W	H	H	G	V	Q	R	L	V	R	D	L	N	L	T	Y	R	H	H	K	A	M	H	E	L	D	F	D	.	.	.	.	.	.	.	P	Y	G	F	E	W	L	V	V	D
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.																																		.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.																																		.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	N	P	F	D	Y	P	Y	F	I	H	D	S	Y	D	S	S	D	A	V	N	K	F	D	W	T	K	A	T	D	G	K	A	Y	P	E	N	V	K	S	R	D	Y	M	K	G	L	I	A	L	R	Q	S	T	D	A	F	R	L	K	S	L	Q	D	I	K	D	R	V	H	L	I	T	V	P	G	Q	N	G	V
Template Known Secondary structure		S										S			T	T																T	T	T																						G	G	G	S		S												S	S		T	T	S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		978	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.
		633	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.					.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.
Query SS confidence																																										.	.	.	.
Query Sequence		D	K	E	R	S	V	L	I	F	V	R	R	D	K	E	G	N	E	I	I	V	A	S	N	F	T	P	V	P	R	H	D	Y	R	F	G	I	N	Q	P	.	.	.	.	G	K	W	R	E	I	L	N	T	D	S	M	H	Y	H	G	S	N	A	G	N	G	G	T	V	H	S	D	E	I	A	S	H	G	R	Q
Query Conservation																																										.	.	.	.
Alig confidence																																	.	.	.							.	.	.	.											.	.																			.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																	.	.	.																					.	.																			.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	K	E	D	V	V	I	G	Y	Q	I	T	A	P	N	G	D	I	Y	A	V	F	V	N	A	D	E	K	A	R	E	.	.	.	F	N	L	G	T	A	F	A	H	L	R	N	A	E	V	L	A	D	E	N	.	.	Q	A	G	P	V	G	I	A	N	P	K	G	L	E	W	T	E	K	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			S			S									T	T	S										S	S	S				.	.	.				T	T	T	T	G	G	G	G	G							S	S	.	.		B		S	S			S	S		S	S					S	S	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																	.	.	.																					.	.																			.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1058	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.				.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.			.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.
		709	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	S	L	S	L	T	L	P	P	L	A	T	I	W	L	V	R	E	A	E
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.
Template Conservation		.	.	.
Template Sequence		.	.	.	G	L	K	L	N	A	L	T	A	T	V	L	R	V	S	Q	N
Template Known Secondary structure		.	.	.						T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.
Template SS confidence
					1127	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.