Job Description P07762 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:00:31 GMT 2012 Rank 13 Aligned Residues 547 % Identity 21% Template c2vncB_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: B: PDB Molecule:glycogen operon protein glgx; PDBTitle: crystal structure of glycogen debranching enzyme trex from2 sulfolobus solfataricus Resolution 3.0 Å

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		125	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.				.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																															.	.	.																																													.	.	.	.
Query SS confidence																															.	.	.																																													.	.	.	.
Query Sequence		L	G	A	H	A	D	T	M	D	G	V	T	G	T	R	F	S	V	W	A	P	N	A	R	R	V	S	V	V	.	.	.	G	Q	F	N	Y	W	D	G	R	R	H	P	M	R	L	R	K	E	S	G	I	W	E	L	F	I	P	G	A	H	N	G	Q	L	Y	K	Y	E	M	I	D	A	N	G	.	.	.	.
Query Conservation																															.	.	.																																													.	.	.	.
Alig confidence											.	.																			.	.	.																			.																										.	.	.	.
Template Conservation											.	.																																								.
Template Sequence		L	G	S	N	W	I	E	D	D	.	.	D	G	V	N	F	S	L	F	S	E	N	A	E	K	V	E	L	L	L	Y	S	L	T	N	Q	K	Y	P	K	E	I	I	E	V	K	N	K	T	G	.	D	I	W	H	V	F	V	P	G	L	R	P	G	Q	L	Y	A	Y	R	V	Y	G	P	Y	K	P	E	L	G
Template Known Secondary structure		S						T	T	T	.	.	T									T	T		S									S	S			S	S		S										T	.	T								T			T	T													G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure											.	.																																								.
Template SS confidence
		20	.	.	.	.	.	.	.	.			.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.		.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.
						198	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.			.	240	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.
Query SS confidence		.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.
Query Sequence		.	.	.	.	N	L	R	L	K	S	D	P	Y	A	F	E	A	Q	M	R	P	E	T	A	S	L	I	C	G	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	E	K	V	V	Q	T	E	E	R	K	K	A	N	Q	.	.	F	D	A	P	I	S	I
Query Conservation		.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.
Alig confidence		.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	R	F	N	P	N	K	V	L	I	D	P	Y	A	K	A	I	N	G	S	V	I	W	N	D	A	V	F	G	Y	K	I	G	D	Q	N	Q	D	L	T	Y	D	E	R	D	S	G	E	Y	V	P	K	S	V	V	I	N	P	Y	F	E	W	D	D	E	D	F	I	K	G	K	K	V	P	L	K	D	T	V	I
Template Known Secondary structure						T	T	S		B			T	T		S		B		S						T	T	S	B	S	S		S	S	S	T	T	T	T	T	S							T	T	T	S														T					S	S					T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		97	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.
		246	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.				.	.	.	.	.	.	.	.			270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.										.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.									.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.									.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	E	V	H	L	G	S	W	R	R	H	T	D	N	N	F	.	.	.	W	L	S	Y	R	E	L	A	.	.	D	Q	L	V	P	Y	A	K	W	M	G	F	T	H	L	E	L	L	P	I	N	E	H	P	F	D	G	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	G	Y	Q	P	T	G	L	Y	A	P	T	R	R
Query Conservation																		.	.	.									.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.									.	.				.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																		.
Template Sequence		Y	E	V	H	V	K	G	F	T	K	L	R	L	D	L	P	E	N	I	R	G	T	Y	E	G	L	A	S	E	Q	M	I	.	S	Y	L	K	D	L	G	I	T	T	V	E	L	M	P	V	F	H	F	I	D	Q	R	F	L	T	D	K	G	L	T	N	Y	W	G	Y	D	P	I	N	F	F	S	P	E	C	R
Template Known Secondary structure											S	S			S	S		T	T	T	T	T	S					T	S	S				.							T										B		B								T	T	S					S				B	S		S	S	S	B		G	G
Template Predicted Secondary structure																																		.
Template SS confidence
		177	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.		.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.
		312	.	.								.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.						.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370			.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.																								.	.
Query SS confidence					.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.																								.	.
Query Sequence		F	G	T	.	.	.	.	.	.	.	R	D	D	F	R	Y	F	I	D	A	A	H	A	A	G	L	N	V	I	L	D	W	V	P	G	H	F	P	T	D	D	F	A	.	.	.	.	.	L	A	E	F	D	G	T	N	L	Y	E	H	S	D	P	R	E	G	Y	H	Q	D	W	.	.	N	T	L	I	Y	N	Y
Query Conservation					.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.																								.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.																								.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	S	S	T	G	C	L	G	G	Q	V	L	S	F	K	K	M	V	N	E	L	H	N	A	G	I	E	V	I	I	D	V	V	Y	N	H	T	A	E	G	N	H	L	G	P	T	L	S	F	R	G	I	D	N	T	A	Y	Y	M	L	Q	P	D	N	K	R	Y	Y	L	D	F	T	G	T	G	N	T	L	N	L
Template Known Secondary structure		G		T	T		S	S	S																	T										S			T	T		S	S	S		B		S	S						S	T	T	T	B				T	T								S	S	S	S	S			B		T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		256	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.
		378	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.			.	450	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																									.	.
Query SS confidence																																																																									.	.
Query Sequence		G	R	R	E	V	S	N	F	L	V	G	N	A	L	Y	W	I	E	R	F	G	I	D	A	L	R	V	D	A	V	A	S	M	I	Y	R	D	Y	S	R	K	E	G	E	W	I	P	N	E	F	G	G	R	E	N	L	E	A	I	E	F	L	R	N	T	N	R	I	L	G	E	.	.	Q	V	S	G	A	V	T
Query Conservation																																																																									.	.
Alig confidence																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.
Template Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	H	P	R	V	I	Q	M	V	L	D	S	L	R	Y	W	V	T	E	M	H	V	D	G	F	R	F	D	L	A	A	A	L	A	R	E	L	Y	S	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	M	L	N	T	F	F	I	A	L	Q	Q	D	P	I	L	S	Q	V	K	L
Template Known Secondary structure		T	S																	T	T								T	T										T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T												S	T	T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		336	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.
		456	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.				.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.
Predicted Secondary structure																																																														.	.	.
Query SS confidence																																																														.	.	.
Query Sequence		M	A	E	E	S	T	D	F	P	G	V	S	R	P	Q	D	M	G	G	L	G	F	W	Y	K	W	N	L	G	W	M	H	D	T	L	D	Y	M	K	L	D	P	V	Y	R	Q	Y	H	H	D	K	L	T	F	G	I	L	Y	N	Y	.	.	.	T	E	N	F	V	L	P	L	S	H	D	E	V	V	H	G	K
Query Conservation																																																														.	.	.
Alig confidence																						.	.																																							.	.	.
Template Conservation																						.	.
Template Sequence		I	A	E	P	W	D	V	G	Q	G	G	Y	Q	V	G	N	F	P	Y	Q	.	.	W	A	E	W	N	G	K	Y	R	D	S	I	R	R	F	W	R	G	E	A	L	P	Y	S	E	I	A	N	R	L	L	G	S	P	D	I	N	N	K	T	P	F	A	S	I	N	Y	V	T	S	H	D	G	F	T	L	E	D
Template Known Secondary structure									S	S	S	S				S				T	T	.	.						T	T									T	T		S				T	T								T		T	T					S	G	G	G					S			T	T	S		S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																						.	.
Template SS confidence
		397	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.			.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.
		533	.	.	.	.																						.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.									.	580	.	.	.
Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	S	I	L	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	M	P	G	D	A	W	Q	K	F	A	N	L	R	A	Y	Y	G	W	M	W	A	F	P	G	K	K	L	L	F	M	G	N	E	F	A	Q	G	R	E	W	.	.	.	.	.	.	.	.	N	H	D	A	S
Query Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	V	S	Y	N	H	N	E	A	N	G	F	N	N	Q	D	G	M	N	E	N	Y	S	W	N	C	G	D	Q	N	V	V	I	C	R	E	K	Q	K	R	N	F	M	I	T	L	L	V	S	Q	G	T	P	M	I	L	G	G	D	E	L	S	R	T	Q	R	G	N	N	N	A	F	C	Q	D	N	E	I	T	W
Template Known Secondary structure		S	S	S					S	S	S	T	T	T	T			S		S											T	T	S	T	T					S	S							T	T	S	S	S						T	T	T	T	T	T				T	T		S			T	T			S	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		478	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.
		584	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620						.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.
Query SS confidence																																							.	.	.	.	.
Query Sequence		L	D	W	H	L	L	E	G	G	D	N	W	H	H	G	V	Q	R	L	V	R	D	L	N	L	T	Y	R	H	H	K	A	M	H	E	L	D	.	.	.	.	.	F	D	P	Y	G	F	E	W	L	V	V	D	D	K	E	R	S	V	L	I	F	V	R	R	D	K	E	G	N	E	I	I	V	A	S	N	F	T
Query Conservation																																							.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.																														.	.	.	.	.																								.	.	.
Template Conservation						.	.	.	.																																																										.	.	.
Template Sequence		F	D	W	N	.	.	.	.	L	D	E	R	K	S	K	F	L	E	F	V	K	K	M	I	Q	F	Y	R	A	H	P	A	F	R	R	E	R	D	V	T	F	Y	T	L	E	G	R	E	V	D	E	K	T	W	S	S	P	T	Q	L	V	I	F	V	L	.	.	.	E	G	D	S	F	L	I	I	L	N	A	N
Template Known Secondary structure					S	.	.	.	.			S	T	T	T	T	T												T	T		G	G	G	S	S									T	T	T					S	S	T	T	S			S								.	.	.
Template Predicted Secondary structure						.	.	.	.																																																										.	.	.
Template SS confidence
		566	.	.	.					570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.				.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.
		659	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	V	P	R	H	D	Y	R	F	G	I	N	Q	P	G	K	W	R	E	I	L	N	T	D	S	M	H	Y	H	G	S	N	A	G	N	G	G	T	V	H	S	D	E	I	A	S	H	G	R	Q	H	S	L	S	L	T	L	P	P	L	A	T	I	W	L	V	R
Query Conservation
Alig confidence							.	.	.					.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.	.	.					.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	N	N	V	K	.	.	.	V	K	F	P	.	K	G	K	W	E	L	V	I	S	S	Y	L	R	E	I	K	P	E	E	G	E	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	L	E	I	E	G	R	T	A	L	V	Y	R	R
Template Known Secondary structure		S	S				.	.	.		B			.	S	S			B							S	S				S						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B					S	S
Template Predicted Secondary structure							.	.	.					.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		667	.	.	670	.				.	.	.	.		.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.