Job Description P07762 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:00:31 GMT 2012 Rank 54 Aligned Residues 383 % Identity 19% Template c2dh3A_ PDB info PDB header:transport protein, signaling protein Chain: A: PDB Molecule:4f2 cell-surface antigen heavy chain; PDBTitle: crystal structure of human ed-4f2hc Resolution 2.80 Å

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		238	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	F	D	A	P	I	S	I	Y	E	V	H	L	G	S	W	R	R	H	T	D	N	N	F	W	L	S	Y	R	E	L	A	D	Q	L	V	P	Y	A	K	W	M	G	F	T	H	L	E	L	L	P	I	N	E	H	P	F	D	G	S	W	G	Y	Q	P	T	G	L	Y	A	P	T	R	R	F	G	T	R	D	D
Query Conservation
Alig confidence																			.	.	.																.																					.	.	.
Template Conservation																			.	.	.																.																					.	.	.
Template Sequence		K	W	W	H	T	G	A	L	Y	R	I	G	D	L	Q	A	F	.	.	.	Q	G	H	G	A	G	N	L	A	G	L	K	G	R	L	.	D	Y	L	S	S	L	K	V	K	G	L	V	L	G	P	I	H	K	N	Q	.	.	.	K	D	D	V	A	Q	T	D	L	L	Q	I	D	P	N	F	G	S	K	E	D
Template Known Secondary structure			G	G	G	S	S												.	.	.			S	S			S					G	G	G		.					T	T	T														.	.	.	T	T		S	T	T								T	T	T
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.																.																					.	.	.
Template SS confidence
		116	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.				.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.		.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.				.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.
		318	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	R	Y	F	I	D	A	A	H	A	A	G	L	N	V	I	L	D	W	V	P	G	H	F	P	T	D	D	F	A	L	A	E	F	D	G	T	N	L	Y	E	H	S	D	P	R	E	G	Y	H	Q	D	W	N	T	L	I	Y	N	Y	G	R	R	E	V	S	N	F	L	V	G	N	A	L	Y	W	I	E	R	F
Query Conservation
Alig confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.
Template Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.
Template Sequence		F	D	S	L	L	Q	S	A	K	K	K	S	I	R	V	I	L	D	L	T	P	N	Y	R	G	E	N	S	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	S	T	Q	V	D	T	V	A	T	K	V	K	D	A	L	E	F	W	L	.	Q	A
Template Known Secondary structure												T	T									T	T	T	T	S	S	S	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S			T															.		T
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.
Template SS confidence
		189	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.		.	.
		398	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	I	D	A	L	R	V	D	A	V	A	S	M	I	Y	R	D	Y	S	R	K	E	G	E	W	I	P	N	E	F	G	G	R	E	N	L	E	A	I	E	F	L	R	N	T	N	R	I	L	G	E	Q	V	S	G	A	V	T	M	A	E	E	S	T	D	F	P	G	V	S	R	P	Q	D	M	G	G	L	G	F
Query Conservation
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	V	D	G	F	Q	V	R	D	I	E	N	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	D	A	S	S	F	L	A	E	W	Q	N	I	T	K	G	F	S	E	D	R	L	L	I	A	G	T	N	S	S	D	L	Q	Q	I	L	S	L	L	E	S	N	K	D	L
Template Known Secondary structure		T									G	G	G	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T																	S	S								S												T	S		T	T
Template Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.
		478	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		W	Y	K	W	N	L	G	W	M	H	D	T	L	D	Y	M	K	L	D	P	V	Y	R	Q	Y	H	H	D	K	L	T	F	G	I	L	Y	N	Y	T	E	N	F	V	L	P	L	S	H	D	E	V	V	H	G	K	K	S	I	L	D	R	M	P	G	D	A	W	Q	K	F	A	N	L	R	A	Y	Y	G	W	M
Query Conservation
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	L	T	S	S	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	S	D	S	G	S	T	G	E	H	T	K	S	L	V	T	Q	Y	L	N	A	T	G	N	R	W	C	S	W	S	L	S	Q	A	R	L	L	T	S	F	L	P	A	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	L	R	L	Y	Q	L	M	L
Template Known Secondary structure						S	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T				S	S		T	T													T	T	S							S		S	S	S		G	G	G	T	S		G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		298	.	300	.	.	.												.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.											.	.	350	.	.	.	.	.	.
		558	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.						.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.																.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		W	A	F	P	G	K	K	L	L	F	M	G	N	E	F	A	Q	G	R	E	W	N	H	D	.	.	.	.	.	A	S	L	D	W	H	L	L	E	G	G	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	W	H	H	G	V	Q	R	L	V	R	D	L	N	L	T	Y	R	H	H	K	A	M	H
Query Conservation																										.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																										.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	T	L	P	G	T	P	V	F	S	Y	G	D	E	I	G	L	D	A	A	A	L	P	G	Q	P	M	E	A	P	V	M	L	W	D	E	S	S	F	P	D	I	P	G	A	V	S	A	N	M	T	V	K	G	Q	S	E	D	P	G	S	L	L	S	L	F	R	R	L	S	D	Q	R	S	K	E	R	S	L	L
Template Known Secondary structure				S	S	S						T	T	T	T	T	T			S	T	T	S	S	S			S	S	S					S	S	G	G	G			S	S	G	G	G			G	G	G	S								T	T	S																S	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		357	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.
		618	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.							.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.
Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	L	D	F	D	P	Y	G	F	E	W	L	V	V	D	D	K	E	R	S	V	L	I	F	V	R	R	D	K	E	G	N	E	I	I	V	A	S	N	F	T	P	V	P	R	H	.	.	.	.	.	.	D	Y	R	F	G	I	N	Q	P	G	K	W	R	E	I	L	N	T	D	S	M	H	Y	H	G	S	N	A
Query Conservation																																																.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		H	G	D	.	.	.	.	.	.	.	.	F	H	A	F	S	A	G	P	G	L	F	S	Y	I	R	H	W	D	Q	N	E	R	F	L	V	V	L	N	F	G	D	V	G	L	S	A	G	L	Q	A	S	D	L	P	A	S	A	S	L	P	A	K	A	D	L	L	L	S	T	Q	P	G	R	E	E	G	S	P	L
Template Known Secondary structure		S			.	.	.	.	.	.	.	.								T	T									T	T	S										S	S	S								S		S			G	G	G				S								S	S	T	T	S		T	T	S
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		437	.	.									440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.
		692	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	N	G	G	T	V	H	S	D	E	I	A	S	H	G	R	Q	H	S	L	S	L	T	L	P	P	L	A	T	I	W	L	V
Query Conservation
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	L	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	L	K	L	E	P	H	E	G	L	L	L	R
Template Known Secondary structure			S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S					T	T
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		509	510	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.