Job Description P07762 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:00:31 GMT 2012 Rank 21 Aligned Residues 538 % Identity 15% Template c2d0gA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:alpha-amylase i; PDBTitle: crystal structure of thermoactinomyces vulgaris r-47 alpha-2 amylase 1 (tvai) mutant d356n/e396q complexed with p5, a3 pullulan model oligosaccharide Resolution 2.60 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		112	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.		.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.						.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																													.																			.	.	.	.	.
Query SS confidence																																													.																			.	.	.	.	.
Query Sequence		L	L	S	E	G	T	H	L	R	P	Y	E	T	L	G	A	H	A	D	T	M	D	G	V	T	G	T	R	F	S	V	W	A	P	N	A	R	R	V	S	V	V	G	.	Q	F	N	Y	W	D	G	R	R	H	P	M	R	L	R	K	E	S	.	.	.	.	.	G	I	W	E	L	F	I	P	G	A	H	N	G
Query Conservation																																													.																			.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.																				.																			.	.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.
Template Sequence		L	F	H	D	Q	G	P	L	F	D	N	A	P	E	P	T	S	T	Q	S	.	.	.	.	V	T	L	K	L	R	T	F	K	G	D	I	T	S	A	N	I	K	Y	W	D	T	A	D	N	A	F	H	W	V	P	M	V	W	D	S	N	D	P	T	G	T	F	D	Y	W	K	G	T	I	P	A	S	P	S	I
Template Known Secondary structure			B			S	S	T	T	T	B	S		S	S			T	T			.	.	.	.									T	T			S									T	T	T	T														T	T	S	S												S	S
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.
Template SS confidence
		12	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.					.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.
		186	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.
Predicted Secondary structure																																																																														.	.	.	.
Query SS confidence																																																																														.	.	.	.
Query Sequence		Q	L	Y	K	Y	E	M	I	D	A	N	G	N	L	R	L	K	S	D	P	Y	A	F	E	A	Q	M	R	P	E	T	A	S	L	I	C	G	L	P	E	K	V	V	Q	T	E	E	R	K	K	A	N	Q	F	D	A	P	I	S	I	Y	E	V	H	L	G	S	W	R	R	H	T	D	N	N	F	.	.	.	.
Query Conservation																																																																														.	.	.	.
Alig confidence												.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.
Template Conservation												.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	Y	Y	R	F	Q	I	N	D	G	.	T	S	T	A	W	Y	N	G	N	G	P	S	S	T	E	P	N	A	D	D	F	Y	I	I	P	N	F	K	T	P	D	W	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	N	G	V	M	Y	Q	I	F	P	D	R	F	Y	N	G	D	S	S	N	D	V	Q	T	G
Template Known Secondary structure											T	.	T							T	T				S	S			S	S							T	T								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										G	G	G	T			S		G	G	G				T	T
Template Predicted Secondary structure												.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		88	.	90	.	.	.	.	.	.	.		.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130												.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.
																																	262	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.		.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	L	S	Y	R	E	L	A	D	Q	L	V	P	Y	A	K	W	.	M	G	F	T	H	L	E	L	L	P	I	N	E	H	P	F	D	G	S	W	G	Y	Q	P	T	G	L	Y	A	P	T
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.						.																	.	.
Template Conservation																																												.																							.	.
Template Sequence		S	Y	T	Y	N	G	T	P	T	E	K	K	A	W	G	S	S	V	Y	A	D	P	G	Y	D	N	S	L	V	F	F	G	G	D	L	A	G	I	D	Q	K	L	.	G	Y	I	K	K	T	L	G	A	N	I	L	Y	L	N	P	I	F	K	A	P	T	.	.	N	H	K	Y	D	T	Q	D	Y	M	A	V	D
Template Known Secondary structure		S		B	S	S	S		B						T	T	S			S			T	T	S		G	G	G													T		.					T	T	T								S						S	S	.	.	S	S			S		S
Template Predicted Secondary structure																																												.																							.	.
Template SS confidence
		156	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.		.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.			220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.
		310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.					330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.															.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	R	F	G	T	R	D	D	F	R	Y	F	I	D	A	A	H	A	A	G	.	.	.	.	L	N	V	I	L	D	W	V	P	G	H	F	P	T	D	D	F	A	L	A	E	F	D	G	T	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	Y	E	H	S	D	P	R	E	G	Y	H	Q	D	W	N
Query Conservation																						.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	A	F	G	D	N	S	T	L	Q	T	L	I	N	D	I	H	S	T	A	N	G	P	K	G	Y	L	I	L	D	G	V	F	N	H	T	G	D	S	H	P	W	F	D	K	Y	N	N	F	S	S	Q	G	A	Y	E	S	Q	S	S	P	W	Y	N	Y	Y	T	F	Y	T	W	P	D	S	Y	A	S	F	L	G
Template Known Secondary structure		T	T	T																S	S	S	S	S											S	B			T	T	S	T	T	T		T	T			S	S	S			T	T	T		T	T		T	T	G	G	G	B					T	T	T						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		233	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.
					372	.	.	.	.	.	.	.			380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.						.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.
Predicted Secondary structure		.	.	.									.	.													.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.									.	.													.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	T	L	I	Y	N	Y	G	R	.	.	R	E	V	S	N	F	L	V	G	N	A	L	.	.	.	.	.	Y	W	I	E	R	F	G	I	D	A	L	R	V	D	A	V	A	S	M	I	Y	R	D	Y	S	R	K	E	G	E	W	I	P	N	E	F	G	G	R	E	N	L	E	A	I	E	F	L	R	N
Query Conservation		.	.	.									.	.													.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.									.	.													.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	N	S	L	P	K	L	N	Y	G	N	S	G	S	A	V	R	G	V	I	Y	N	N	S	N	S	V	A	K	T	Y	L	N	P	P	Y	S	V	D	G	W	R	L	N	A	A	Q	Y	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	A	N	G	N	N	G	S	D	V	T	N	H	Q	I	W	S	E
Template Known Secondary structure							B	B				S	T	T								T	T	S	T	T	S							S	T	T	T								T	T	G	G	G		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	T	T				S	S
Template Predicted Secondary structure																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		313	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.														.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		442	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.													.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	N	R	I	L	G	E	Q	V	S	G	A	V	T	M	A	E	E	S	T	D	F	P	G	V	S	R	P	Q	D	M	G	G	L	G	F	W	Y	K	W	N	L	G	W	M	H	D	T	L	D	Y	M	K	L	D	P	V	Y	R	Q	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	H	D	K	L	T	F
Query Conservation																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																												.	.	.	.
Template Sequence		F	R	N	A	V	K	G	V	N	S	N	A	A	I	I	G	Q	Y	W	G	N	A	N	P	W	T	.	.	.	.	A	Q	G	N	Q	W	D	A	A	T	N	F	D	G	F	T	Q	P	V	S	E	W	I	T	G	K	D	Y	Q	N	N	S	A	S	I	S	T	T	Q	F	D	S	W	L	R	G	T	R	A	N
Template Known Secondary structure											T	T								S	S			G	G	G	T	.	.	.	.	T	T	S	S	S		S			B		T	T	T	T										S	B		T	T	S		B																	T	T
Template Predicted Secondary structure																												.	.	.	.
Template SS confidence
		380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.					.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.
		510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580			.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																									.	.
Query SS confidence																																																																									.	.
Query Sequence		G	I	L	Y	N	Y	T	E	N	F	V	L	P	L	S	H	D	E	V	V	H	G	K	K	S	I	L	D	R	M	P	G	D	A	W	Q	K	F	A	N	L	R	A	Y	Y	G	W	M	W	A	F	P	G	K	K	L	L	F	M	G	N	E	F	A	Q	G	R	E	W	N	H	.	.	D	A	S	L	D	W	H
Query Conservation																																																																									.	.
Alig confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.
Template Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	P	T	N	V	Q	Q	S	M	M	N	F	L	S	N	H	D	I	T	R	F	A	T	R	S	G	G	D	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	K	T	Y	L	A	L	I	F	Q	M	T	Y	V	G	T	P	T	I	Y	Y	G	D	E	Y	G	M	Q	G	G	A	D	P	D	N	R	R	S	F	D	W	S
Template Known Secondary structure		S						T	T					S			T	T	S							T	T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.											T	T	S	S	S						T	T	T	T	T	T					S	T	T	T	T	S					T	T
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		456	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.										.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.
		588	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																																	.
Query SS confidence																																																																																	.
Query Sequence		L	L	E	G	G	D	N	W	H	H	G	V	Q	R	L	V	R	D	L	N	L	T	Y	R	H	H	K	A	M	H	E	L	D	F	D	P	Y	G	F	E	W	L	V	V	D	D	K	E	R	S	V	L	I	F	V	R	R	D	K	E	G	N	E	I	I	V	A	S	N	F	T	P	V	P	R	H	D	Y	R	.
Query Conservation																																																																																	.
Alig confidence		.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.																				.																			.
Template Conservation		.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.																				.
Template Sequence		.	.	.	.	Q	A	T	P	S	N	S	A	V	A	L	T	Q	K	L	I	T	I	R	N	Q	Y	P	A	L	R	T	G	S	F	M	.	.	.	.	.	.	T	L	I	T	D	D	T	N	K	I	Y	S	Y	G	R	F	D	N	V	.	N	R	I	A	V	V	L	N	N	D	S	V	S	H	T	V	N	V	P
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	T	S	S	T	T	S																						S				.	.	.	.	.	.						T	T	T	T									S	S	.										S	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.																				.
Template SS confidence
						527	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.							.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.		.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.
					667	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.
Query SS confidence		.	.	.
Query Sequence		.	.	.	F	G	I	N	Q	P	G	K	W	R	E	I	L	N	T	D	S	M	H	Y	H	G	S	N	A	G	N	G	G	T	V	H	S	D	E	I	A	S	H	G	R	Q	H	S	L	S	L	T	L	P	P	L	A	T	I	W	L	V	R
Query Conservation		.	.	.
Alig confidence		.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	W	Q	L	S	M	P	N	G	S	T	V	T	D	K	I	T	G	H	S	Y	T	V	Q	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	M	V	T	V	A	V	D	G	H	Y	G	A	V	L	A	Q
Template Known Secondary structure		G	G	G	G	T			T	T						T	T	T							B	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	B							T	T
Template Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		596	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.