Job Description P07762 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:00:31 GMT 2012 Rank 34 Aligned Residues 430 % Identity 21% Template c1wzaA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:alpha-amylase a; PDBTitle: crystal structure of alpha-amylase from h.orenii Resolution 1.60 Å

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		239	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.									.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310
Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																									.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	D	A	P	I	S	I	Y	E	V	H	L	G	S	W	R	R	H	T	D	N	N	F	W	L	S	Y	R	E	L	A	D	Q	L	V	P	Y	A	K	.	.	.	.	.	.	.	.	W	M	G	F	T	H	L	E	L	L	P	I	N	E	H	P	F	D	G	S	W	G	Y	Q	P	T	G	L	Y	A	P	T	R
Query Conservation																																									.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.																		.					.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.
Template Conservation																		.																		.																															.	.
Template Sequence		F	E	K	H	G	T	Y	Y	E	I	F	V	R	S	F	Y	.	D	S	D	G	D	G	I	G	D	L	K	G	I	I	E	K	L	.	D	Y	L	N	D	G	D	P	E	T	I	A	D	L	G	V	N	G	I	W	L	M	P	I	F	K	S	P	S	Y	.	.	H	G	Y	D	V	T	D	Y	Y	K	I	N	P
Template Known Secondary structure													G	G	G	S		.		S	S	S	S	S										T		.						S		T	T			S	S				S											S	S	S	.	.	S			S		S							G
Template Predicted Secondary structure																		.																		.																															.	.
Template SS confidence
		28	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.		.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60		.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90			.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.
		311	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.
Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	F	G	T	R	D	D	F	R	Y	F	I	D	A	A	H	A	A	G	L	N	V	I	L	D	W	V	P	G	H	F	P	T	D	D	F	A	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	E	F	D	G	T	N	L	Y	E	H	S	D	P	R
Query Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	Y	G	T	L	E	D	F	H	K	L	V	E	A	A	H	Q	R	G	I	K	V	I	I	D	L	P	I	N	H	T	S	E	R	H	P	W	F	L	K	A	S	R	D	K	N	S	E	Y	R	D	Y	Y	V	W	A	G	P	D	T	D	T	K	E	T	K	L	D	G	G	R	V	W	H	Y	S	P	T	G	M
Template Known Secondary structure		G	G																T	T										S	B			T	T	S								T		T	T		T	T	G	G	G	B		B			S						B		S	S	S		B		S					T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		104	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.
		364	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	G	Y	H	Q	D	W	N	T	L	I	Y	N	Y	G	R	R	E	V	S	N	F	L	V	G	N	A	L	Y	W	I	E	R	F	G	I	D	A	L	R	V	D	A	V	A	S	M	I	Y	R	D	Y	S	R	K	E	G	E	W	I	P	N	E	F	G	G	R	E	N	L	E	A	I	E	F	L	R	N	T	N
Query Conservation
Alig confidence																																	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	Y	G	Y	F	W	S	G	M	P	D	L	N	Y	N	N	P	E	V	Q	E	K	V	I	G	I	A	K	Y	W	L	.	K	Q	G	V	D	G	F	R	L	D	G	A	M	H	I	F	P	P	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	Y	D	K	N	F	T	W	W	E	K	F	R
Template Known Secondary structure					S	S		T	T	S		B	B		T	T	S																.		T	T											T	T	S		G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	T	T
Template Predicted Secondary structure																																	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		184	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.		.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.
		444	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	I	L	G	E	Q	V	S	G	A	V	T	M	A	E	E	S	T	D	F	P	G	V	S	R	P	Q	D	M	G	G	L	G	F	W	Y	K	W	N	L	G	W	M	H	D	T	L	D	Y	M	K	L	D	P	V	Y	R	Q	Y	H	H	D	K	L	T	F	G	I	L	Y	N	Y	T	E	N	F	V	L	P	L
Query Conservation
Alig confidence						.																									.	.	.
Template Conservation						.																									.	.	.
Template Sequence		Q	E	I	E	.	E	V	K	P	V	Y	L	V	G	E	V	W	D	I	S	E	T	V	A	P	Y	F	K	Y	.	.	.	G	F	D	S	T	F	N	F	K	L	A	E	A	V	I	A	T	A	K	A	G	F	P	F	G	F	N	K	K	A	K	H	I	Y	G	V	Y	D	R	E	V	G	F	G	N	Y	I	D
Template Known Secondary structure					T	.	T	T	S										S						G	G	G	G	T	T	.	.	.	T		S			B															T		S																		T		T	T	S
Template Predicted Secondary structure						.																									.	.	.
Template SS confidence
		247	.	.	250		.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.				.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.
		524	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.				.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.
Predicted Secondary structure																																																												.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																												.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	H	D	E	V	V	H	G	K	K	S	I	L	D	R	M	P	G	D	A	W	Q	K	F	A	N	L	R	A	Y	Y	G	W	M	W	A	F	P	G	K	K	L	L	F	M	G	N	E	F	A	Q	G	R	E	W	N	H	D	.	.	.	A	S	L	D	W	H	L	L	E	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																												.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.																																			.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.
Template Sequence		A	P	F	L	T	N	H	D	Q	N	R	I	L	D	Q	L	G	Q	D	R	.	.	.	.	N	K	A	R	V	A	A	S	I	Y	L	T	L	P	G	N	P	F	I	Y	Y	G	E	E	I	G	M	R	G	Q	G	P	H	E	V	I	R	E	P	F	Q	W	Y	N	G	S	G	E	G	E	T	Y	W	E	P	A
Template Known Secondary structure		B		B	S			T	T	S							T	T	T			.	.	.	.											T	T	S	S	S						T	T	G	G	G	T					S	S					T						S	S	S			T	T				S	S
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.
Template SS confidence
		323	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.					.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.
														593	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	N	W	H	H	G	V	Q	R	L	V	R	D	L	N	L	T	Y	R	H	H	K	A	M	H	E	L	D	F	D	P	Y	G	F	E	W	L	V	V	D	D	K	E	R	S	V	L	I	F	V	R	R	D	K	E	G	N	E	I	I	V	A	S	N	F	T	P	V
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.																				.
Template Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.	.																				.
Template Sequence		M	Y	N	D	G	F	T	S	V	E	Q	E	E	K	N	L	D	S	L	L	N	H	Y	R	R	L	I	H	F	R	N	E	N	P	V	F	Y	T	G	K	.	.	.	.	.	.	.	.	I	E	I	I	N	G	G	L	N	V	V	A	F	R	R	Y	N	D	K	.	R	D	L	Y	V	Y	H	N	L	V	N	R
Template Known Secondary structure		T	T	T	T	T	T							T	T		T	T	S																T					S		.	.	.	.	.	.	.	.								T	T									S	S	.										S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.	.																				.
Template SS confidence
		399	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.									.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.		.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		661	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	R	H	D	Y	R	F	G	I	N	Q	P	G	K	W	R	E	I	L	N	T	D	S	M	H	Y	H	G	S	N	A	G	N	G	G	T	V	H	S	D	E	I	A	S	H	G	R	Q	H	S	L	S	L	T	L	P	P	L	A	T	I	W	L	V	R	E
Query Conservation
Alig confidence					.	.	.					.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.	.					.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	V	K	.	.	.	I	K	V	A	.	S	G	N	W	T	L	L	F	N	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	D	K	E	I	T	P	V	E	D	N	N	K	L	M	Y	T	I	P	A	Y	T	T	I	V	L	E	K	E
Template Known Secondary structure					.	.	.					.	S	S								S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S								S	S								T	T
Template Predicted Secondary structure					.	.	.					.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		470	.	.				.	.	.	.		.	.	.	480	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.