Job Description P07762 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:00:31 GMT 2012 Rank 45 Aligned Residues 425 % Identity 18% Template c1qhoA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:alpha-amylase; PDBTitle: five-domain alpha-amylase from bacillus stearothermophilus,2 maltose/acarbose complex Resolution 1.70 Å

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		235	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	A	N	Q	F	D	A	P	I	S	I	Y	E	V	H	L	G	S	W	R	R	H	T	D	N	N	F	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	S	Y	R	E	L	A	D	Q	L	V	P	Y	A	K	W	M	G	F	T	H	L	E	L	L	P	I	N	E	H	P	F
Query Conservation																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Template Conservation																																																												.
Template Sequence		S	S	S	A	S	V	K	G	D	V	I	Y	Q	I	I	I	D	R	F	Y	D	G	D	T	T	N	N	N	P	A	K	S	Y	G	L	Y	D	P	T	K	S	K	W	K	M	Y	W	G	G	D	L	E	G	V	R	Q	K	L	.	P	Y	L	K	Q	L	G	V	T	T	I	W	L	S	P	V	L	D	N	L	D
Template Known Secondary structure			T	T	S			T	T								G	G	G	T			S		G	G	G	S	S		G	G	G	T	T		B		T	T	S		S	T	T	S	B											T		.							T														S
Template Predicted Secondary structure																																																												.
Template SS confidence
		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.		.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		295	.	.								.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.										.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence					.	.	.	.	.	.	.																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	G	S	.	.	.	.	.	.	.	W	G	Y	Q	P	T	G	L	Y	A	P	T	R	R	F	G	T	R	D	D	F	R	Y	F	I	D	A	A	H	A	A	G	L	N	V	I	L	D	W	V	P	G	H	F	P	T	D	D	F	A	L	A	E	F	D	G	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	L	Y	E
Query Conservation					.	.	.	.	.	.	.																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	L	A	G	T	D	N	T	G	Y	H	G	Y	W	T	R	D	F	K	Q	I	E	E	H	F	G	N	W	T	T	F	D	T	L	V	N	D	A	H	Q	N	G	I	K	V	I	V	D	F	V	P	N	H	S	T	P	F	K	A	N	D	S	T	F	A	E	G	G	A	L	Y	N	N	G	T	Y	M	G	N	Y
Template Known Secondary structure		S		S	S	T	T				T	T	S		S									T	T	T																T	T									T	T						B	T	T	B	T	T	S	T	T	T	T					T	T						S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		359	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		H	S	D	P	R	E	G	Y	H	Q	D	W	N	T	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	Y	N	Y	G	R	R	E	V	S	N	F	L	V	G	N	A	L	Y	W	I	E	R	F	G	I	D	A	L	R	V	D	A	V	A	S	M	I	Y	R	D	Y
Query Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.																.	.	.	.	.
Template Conservation																																																													.																.	.	.	.	.
Template Sequence		F	D	D	A	T	K	G	Y	F	H	H	N	G	D	I	S	N	W	D	D	R	Y	E	A	Q	W	K	N	F	T	D	P	A	G	F	S	L	A	D	L	S	Q	E	N	G	T	I	A	Q	Y	L	T	D	A	A	V	Q	L	V	.	A	H	G	A	D	G	L	R	I	D	A	V	K	H	F	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S	S		T	T	T			B			S		B		S		T	T								S	B				T	T	T						B		T	T	S																.		T	T							T	T	G	G	G	S	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																													.																.	.	.	.	.
Template SS confidence
		160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.		.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.
		416	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470				.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.
Predicted Secondary structure																																																									.	.	.
Query SS confidence																																																									.	.	.
Query Sequence		S	R	K	E	G	E	W	I	P	N	E	F	G	G	R	E	N	L	E	A	I	E	F	L	R	N	T	N	R	I	L	G	E	Q	V	S	G	A	V	T	M	A	E	E	S	T	D	F	P	G	V	S	R	P	Q	.	.	.	D	M	G	G	L	G	F	W	Y	K	W	N	L	G	W	M	H	D	T	L	D	Y
Query Conservation																																																									.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.																			.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	S	G	F	S	K	S	L	A	D	K	L	Y	Q	K	K	D	.	I	F	L	V	G	E	W	Y	G	D	D	P	G	T	A	N	H	L	E	K	V	R	Y	A	N	N	S	G	V	N	V	L	D	F	D	L	N	T	V	I	R	N	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.												T	T	S	T	T											S	S				B
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Template SS confidence
																					234	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250		.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.
		493	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.			.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570
Predicted Secondary structure																		.	.
Query SS confidence																		.	.
Query Sequence		M	K	L	D	P	V	Y	R	Q	Y	H	H	D	K	L	T	.	.	F	G	I	L	Y	N	Y	T	E	N	F	V	L	P	L	S	H	D	E	V	V	H	G	K	K	S	I	L	D	R	M	P	G	D	A	W	Q	K	F	A	N	L	R	A	Y	Y	G	W	M	W	A	F	P	G	K	K	L	L	F	M	G	N
Query Conservation																		.	.
Alig confidence																		.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	G	T	F	T	Q	T	M	Y	D	L	N	N	M	V	N	Q	T	G	N	E	Y	K	Y	K	E	N	L	I	T	F	I	D	N	H	D	M	S	R	F	L	S	V	N	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	K	A	N	L	H	Q	A	L	A	F	I	L	T	S	R	G	T	P	S	I	Y	Y	G	T
Template Known Secondary structure			T	S		S	S																	T	T	G	G	G					S			T	T	S									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															S	S	S						T	T	G
Template Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		294	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.											.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.
		571	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	F	A	Q	G	R	E	W	N	H	D	A	S	L	D	W	H	L	L	E	G	G	D	N	W	H	H	G	V	Q	R	L	V	R	D	L	N	L	T	Y	R	H	H	K	A	M	H	E	L	D	F	D	P	Y	G	F	E	W	L	V	V	D	D	K	E	R	S	V	L	I	F	V	R	R	D	K	E	G	N	E
Query Conservation
Alig confidence																			.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.																				.
Template Conservation																			.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.																				.
Template Sequence		E	Q	Y	M	A	G	G	N	D	P	Y	N	R	G	M	M	P	.	.	.	.	A	F	D	T	T	T	T	A	F	K	E	V	S	T	L	A	G	L	R	R	N	N	A	A	I	Q	Y	G	T	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	Q	R	W	I	N	N	D	V	Y	I	Y	E	R	K	F	F	N	.	D	V
Template Known Secondary structure		G	G	T					S	T	T	T	T						.	.	.	.				T	T	S																								.	.	.	.	.	.	.	.								S	S									T	T	.
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.																				.
Template SS confidence
		364	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380					.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.									410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.		.	430
		651	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670			.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.
Query SS confidence																						.	.
Query Sequence		I	I	V	A	S	N	F	T	P	V	P	R	H	D	Y	R	F	G	I	N	.	.	Q	P	G	K	W	R	E	I	L	N	T	D	S	M	H	Y	H	G	S	N	A	G	N	G	G	T	V	H	S	D	E	I	A	S	H	G	R	Q	H	S	L	S	L	T	L	P	P	L	A	T	I	W	L	V
Query Conservation																						.	.
Alig confidence																						.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	L	V	A	I	N	R	N	T	Q	S	S	Y	S	I	S	G	L	Q	T	A	L	P	N	G	S	Y	A	D	Y	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	G	L	L	G	G	N	G	I	S	V	S	N	G	S	V	A	.	.	.	.	.	.	S	F	T	L	A	P	G	A	V	S	V	W	Q
Template Known Secondary structure										T	T							S		B			S		S						T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T	T	S								T	T				.	.	.	.	.	.						T	T
Template Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		431	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.										.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.							.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.