Job Description P07762 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:00:31 GMT 2012 Rank 84 Aligned Residues 373 % Identity 19% Template c1mwoA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:alpha amylase; PDBTitle: crystal structure analysis of the hyperthermostable2 pyrocoocus woesei alpha-amylase Resolution 2.20 Å

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		248	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.		.	.	.	300	.	.	.	.	.	.										.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																			.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																			.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	H	L	G	S	W	R	R	H	T	D	N	N	F	W	L	S	Y	R	E	L	A	D	Q	L	V	P	Y	A	K	W	M	G	F	T	H	L	E	L	L	P	I	N	E	H	P	F	D	G	.	S	W	G	Y	Q	P	T	G	L	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	P	T	R	R	F	G	T	R	D	D
Query Conservation																																																			.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.									.																								.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.									.
Template Sequence		V	I	M	Q	A	F	Y	W	D	V	P	G	G	G	I	W	.	W	D	H	I	R	S	K	I	.	P	E	W	Y	E	A	G	I	S	A	I	W	L	P	P	P	S	K	G	M	S	G	G	Y	S	M	G	Y	D	P	Y	D	Y	F	D	L	G	E	Y	Y	Q	K	G	T	V	E	T	R	F	G	S	K	E	E
Template Known Secondary structure									T	T				S	S			.									.							T										S			T	T	G	G	G			S	S	S				T	T		S	S		S		B	T	T	B	S	S		S	S
Template Predicted Secondary structure																		.									.
Template SS confidence
		11	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.		.	.	.	30	.	.	.	.		.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.
		318	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	R	Y	F	I	D	A	A	H	A	A	G	L	N	V	I	L	D	W	V	P	G	H	F	P	T	D	D	F	A	L	A	E	F	D	G	T	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	Y	E	H	S	D	P	R	E	G	Y	H	Q	D	W	N	T	L	I	Y	N	Y	G
Query Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	V	R	L	I	Q	T	A	H	A	Y	G	I	K	V	I	A	D	V	V	I	N	H	R	A	G	G	D	L	E	W	N	P	F	V	G	D	Y	T	W	T	D	F	S	K	V	A	S	G	K	Y	T	A	N	Y	L	D	F	H	P	N	E	L	H	C	C	D	E	G	T	F	G	G	F	P	D	I	C	H	H
Template Known Secondary structure												T	T										S	B										T	T	T	T								T	T		T	T		S	S				G	G	G	B	S	S	S	S	S		S			S				T	T			B	B		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		89	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.
		379	380	.	.	.	.	.	.				.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.	.	.
Query SS confidence										.	.	.
Query Sequence		R	R	E	V	S	N	F	L	.	.	.	V	G	N	A	L	Y	W	I	E	R	F	G	I	D	A	L	R	V	D	A	V	A	S	M	I	Y	R	D	Y	S	R	K	E	G	E	W	I	P	N	E	F	G	G	R	E	N	L	E	A	I	E	F	L	R	N	T	N	R	I	L	G	E	Q	V	S	G	A	V	T
Query Conservation										.	.	.
Alig confidence										.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.
Template Conservation																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.
Template Sequence		K	E	W	D	Q	Y	W	L	W	K	S	N	E	S	Y	A	A	Y	L	R	S	I	G	F	D	G	W	R	F	D	Y	V	K	G	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	A	W	V	V	R	D	W	L	N	W	W	G	.	.	.	.	.	G	W	A
Template Known Secondary structure		S								T	S	S	T	T	S								T	T							T	T	G	G	G	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.
Template SS confidence
		169	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.						.	.	.
		456	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.		.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																														.
Query SS confidence																																																														.
Query Sequence		M	A	E	E	S	T	D	F	P	G	V	S	R	P	Q	D	M	G	G	L	G	F	W	Y	K	W	N	L	G	W	M	H	D	T	L	D	Y	M	K	L	D	P	V	Y	R	Q	Y	H	H	D	K	L	T	F	G	I	L	Y	N	Y	.	T	E	N	F	V	L	P	L	S	H	D	E	V	V	H	G	K	K	S
Query Conservation																																																														.
Alig confidence																						.	.																																							.																			.
Template Conservation																						.	.																																																										.
Template Sequence		V	G	E	Y	W	D	T	N	V	D	A	L	L	S	W	A	Y	E	S	G	.	.	A	K	V	F	D	F	P	L	Y	Y	K	M	D	E	A	F	D	N	N	N	I	P	A	L	V	Y	A	L	Q	N	G	Q	T	V	V	S	R	D	P	F	K	A	V	T	F	V	A	N	H	D	T	D	I	I	W	N	K	.
Template Known Secondary structure								S													T	.	.																	T	T	T											T	T		S						T	T	S					S			S	S					S			.
Template Predicted Secondary structure																						.	.																																																										.
Template SS confidence
		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.			240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.
		535	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	L	D	R	M	P	G	D	A	W	Q	K	F	A	N	L	R	A	Y	Y	G	W	M	W	A	F	P	G	K	K	L	L	F	M	G	N	E	F	A	Q	G	R	E	W	N	H	D	A	S	L	D	W	H	L	L	E	G	G	D	N	W	H	H	G	V	Q	R	L	V	R	D	L	N	L	T	Y	R	H	H	K
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	P	A	Y	A	F	I	L	T	Y	E	G	Q	P	V	I	F	Y	R	D	F	E	E	W	L	N	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	K	L	I	N	L	I	W	I	H	D	H	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										S	S	S											T	T	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.
Template SS confidence
																		297	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.
		615	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.		.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.		.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.
Predicted Secondary structure																																.																					.
Query SS confidence																																.																					.
Query Sequence		A	M	H	E	L	D	F	D	P	Y	G	F	E	W	L	V	V	D	D	K	E	R	S	V	L	I	F	V	R	R	.	D	K	E	G	N	E	I	I	V	A	S	N	F	T	P	V	P	R	H	D	.	Y	R	F	G	I	N	Q	P	G	K	W	R	E	I	L	N	T	D	S	M	H	Y	H	G	S	N	A	G
Query Conservation																																.																					.
Alig confidence		.						.	.	.	.	.	.	.	.																	.																					.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.						.	.	.	.	.	.	.	.																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	L	A	G	G	S	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	I	V	Y	Y	D	N	D	E	L	I	F	V	R	N	G	D	S	R	R	P	G	L	I	T	Y	I	N	L	S	P	N	W	V	G	R	W	V	Y	V	P	K	F	A	G	A	C	I	H	E	Y	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G
Template Known Secondary structure		.	T			S		.	.	.	.	.	.	.	.								S	S										S	S											S	S	S									G	G	G	T	T						S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.						.	.	.	.	.	.	.	.																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
			336	.	.	.	340									.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.													.
		693	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	G	G	T	V	H	S	D	E	I	A	S	H	G	R	Q	H	S	L	S	L	T	L	P	P	L	A
Query Conservation
Alig confidence																	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.
Template Sequence		N	L	G	G	W	V	D	K	R	V	D	S	S	G	W	.	.	.	V	Y	L	E	A	P	P	H	D
Template Known Secondary structure		T	T	S	S								T	T			.	.	.
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.
Template SS confidence
		395	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.				410	.	.	.	.	.	.	.	.