Job Description P07762 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:00:31 GMT 2012 Rank 52 Aligned Residues 416 % Identity 17% Template c1jd7A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:alpha-amylase; PDBTitle: crystal structure analysis of the mutant k300r of2 pseudoalteromonas haloplanctis alpha-amylase Resolution 2.25 Å

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		241	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.			.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																												.	.
Query SS confidence																																																												.	.
Query Sequence		A	P	I	S	I	Y	E	V	H	L	G	S	W	R	R	H	T	D	N	N	F	W	L	S	Y	R	E	L	A	D	Q	L	V	P	Y	A	K	W	M	G	F	T	H	L	E	L	L	P	I	N	E	H	P	F	D	G	S	W	.	.	G	Y	Q	P	T	G	L	Y	A	P	T	R	R	F	G	T	R	D	D	F
Query Conservation																																																												.	.
Alig confidence							.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.								.
Template Conservation							.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																												.
Template Sequence		T	P	T	T	F	.	.	V	H	L	F	E	W	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	Q	D	V	A	Q	E	C	E	Q	Y	L	G	P	K	G	Y	A	A	V	Q	V	S	P	P	N	E	H	I	T	G	S	Q	W	W	T	R	Y	Q	P	V	S	Y	.	E	L	Q	S	R	G	G	N	R	A	Q	F
Template Known Secondary structure							.	.				T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											T					T										S		B	B		S	S	S	G	G	G	G	G	S	B	S		S	.	S	S		B	T	T	B
Template Predicted Secondary structure							.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																												.
Template SS confidence
		1	.	.	.	.			.	.	.	.	10	.	.											.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.		.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.
		319	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.																						.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	Y	F	I	D	A	A	H	A	A	G	L	N	V	I	L	D	W	V	P	G	H	F	P	T	D	D	F	A	L	A	E	F	D	G	T	N	L	Y	E	H	S	D	P	R	E	G	Y	H	Q	D	W	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	L	I	Y	N	Y
Query Conservation																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	D	M	V	N	R	C	S	A	A	G	V	D	I	Y	V	D	T	L	I	N	H	M	A	A	G	S	G	T	G	T	A	G	N	S	F	G	N	K	S	F	P	I	Y	S	P	Q	D	F	H	E	S	C	T	I	N	N	S	D	Y	G	N	D	R	Y	R	V	Q	N	C	E	L	V	G	L	A	D	L	D	T
Template Known Secondary structure											T	T										S				S	S				B	T	T	S				B	T	T	B		S	S			G	G	G	B					B																S	B	B	T	T	B			B		T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		68	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.
		378	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	R	R	E	V	S	N	F	L	V	G	N	A	L	Y	W	I	E	R	F	G	I	D	A	L	R	V	D	A	V	A	S	M	I	Y	R	D	Y	S	R	K	E	G	E	W	I	P	N	E	F	G	G	R	E	N	L	E	A	I	E	F	L	R	N	T	N	R	I	L	G	E	Q	V	S	G	A	V	T	M	A
Query Conservation
Alig confidence																			.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.
Template Conservation																			.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.
Template Sequence		A	S	N	Y	V	Q	N	T	I	A	A	Y	I	N	D	L	Q	.	A	I	G	V	K	G	F	R	F	D	A	S	K	H	V	A	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	D	I	Q	S	L	M	A	K	V	.	.	.	N	G	S	P	V	V	F	Q
Template Known Secondary structure		T	S																.			T								T	G	G	G	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								T	T	S	.	.	.		S
Template Predicted Secondary structure																			.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.
Template SS confidence
		148	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.		.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	190	.				.	.	.	.	.	.	.	.
		458	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	E	S	T	D	F	P	G	V	S	R	P	Q	D	M	G	G	L	G	F	W	Y	K	W	N	L	G	W	M	H	D	T	L	D	Y	M	K	L	D	P	V	Y	R	Q	Y	H	H	D	K	L	T	F	G	I	L	Y	N	Y	T	E	N	F	V	L	P	L	S	H	D	E	V	V	H	G	K	K	S	I	L	D
Query Conservation
Alig confidence																				.	.																											.	.
Template Conservation																				.	.																											.	.
Template Sequence		E	V	I	D	Q	G	G	E	A	V	G	A	S	E	Y	L	S	T	.	.	G	L	V	T	E	F	K	Y	S	T	E	L	G	N	T	F	R	N	G	S	L	A	W	L	S	N	.	.	F	G	E	G	W	G	F	M	P	S	S	S	A	V	V	F	V	D	N	H	D	N	Q	R	G	H	G	G	A	G	N	V
Template Known Secondary structure							S	S		S	S		G	G	G	G	T	T	T	.	.	S																		S		G	G	G	G	G	G	.	.		S	G	G	G	T				G	G	G					S			T	T	G	G	G	T	S	S			T	T	S
Template Predicted Secondary structure																				.	.																											.	.
Template SS confidence
		200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.			.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.			.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.
		538	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.		.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.					.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.
Predicted Secondary structure																										.																								.	.	.	.
Query SS confidence																										.																								.	.	.	.
Query Sequence		R	M	P	G	D	A	W	Q	K	F	A	N	L	R	A	Y	Y	G	W	M	W	A	F	P	.	G	K	K	L	L	F	M	G	N	E	F	A	Q	G	R	E	W	N	H	D	A	S	L	.	.	.	.	D	W	H	L	L	E	G	G	D	N	W	H	H	G	V	Q	R	L	V	R	D	L	N	L	T	Y	R	H
Query Conservation																										.																								.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.															.																								.	.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.
Template Sequence		I	T	F	E	D	G	.	.	.	.	R	L	Y	D	L	A	N	V	F	M	L	A	Y	P	Y	G	Y	P	R	V	M	S	S	Y	D	F	H	G	D	T	D	A	G	G	P	N	V	P	V	H	N	N	G	N	L	E	C	F	A	S	N	W	K	C	E	H	R	W	S	Y	I	A	G	G	V	D	F	R	N	N
Template Known Secondary structure				G	G	G	T	.	.	.	.													S			S								B			T	T		T	T					S	S		S			T	T				B	S	S	S	S	B			G	G	G	S												T
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.
Template SS confidence
		276	.	.	.	280	.					.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.
		613	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.		.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.
Predicted Secondary structure																																																					.
Query SS confidence																																																					.
Query Sequence		H	K	A	M	H	E	L	D	F	D	P	Y	G	F	E	W	L	V	V	D	D	K	E	R	S	V	L	I	F	V	R	R	D	K	E	G	N	E	I	I	V	A	S	N	F	T	P	V	P	R	H	.	D	Y	R	F	G	I	N	Q	P	G	K	W	R	E	I	L	N	T	D	S	M	H	Y	H	G	S	N	A
Query Conservation																																																					.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.																	.								.
Template Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.																									.
Template Sequence		T	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	N	W	A	V	T	N	W	W	D	N	T	N	N	Q	I	S	F	G	R	.	.	.	.	G	S	S	G	H	M	A	I	N	K	E	D	S	T	L	T	A	T	V	Q	T	D	M	A	.	S	G	Q	Y	C	N	V	L	K	G	E	L	S	A	D	A	K	S	C	S
Template Known Secondary structure		T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T											S	S	S							.	.	.	.	G	G	G								S	S	S		B								S		.	S						T	T	T			B		T	T	S	S		B	S
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.																									.
Template SS confidence
		352	.										.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.					.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.		.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.
		692	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	N	G	G	T	V	H	S	D	E	I	A	S	H	G	R	Q	H	S	L	S	L	T	L	P	P	L	A	T	I	W	L	V	R	E	A
Query Conservation
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	E	V	I	T	V	N	S	.	.	.	.	.	.	.	.	D	G	T	I	N	L	N	I	G	A	W	D	A	M	A	I	H	K	N	A
Template Known Secondary structure		S							T	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S						B		T	T							T	T	S
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		418	.	420	.	.	.	.	.									.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.