Job Description P07762 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:00:31 GMT 2012 Rank 6 Aligned Residues 585 % Identity 20% Template c1bf2A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:isoamylase; PDBTitle: structure of pseudomonas isoamylase Resolution 2.00 Å

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		125	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.				.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180								.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																															.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																															.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	G	A	H	A	D	T	M	D	G	V	T	G	T	R	F	S	V	W	A	P	N	A	R	R	V	S	V	V	.	.	.	G	Q	F	N	Y	W	D	G	R	R	H	P	M	R	L	R	K	E	S	G	I	W	E	L	F	I	P	.	.	.	.	.	.	.	G	A	H	N	G	Q	L	Y	K	Y	E	M	I	D
Query Conservation																															.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.																			.	.	.																			.									.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.																																								.
Template Sequence		L	G	A	S	Y	D	A	Q	Q	.	.	A	N	I	T	F	R	V	Y	S	S	Q	A	T	R	I	V	L	Y	L	Y	S	A	G	Y	G	V	Q	E	S	A	T	Y	T	L	S	P	A	G	S	.	G	V	W	A	V	T	V	P	V	S	S	I	K	A	A	G	I	T	G	A	V	Y	Y	G	Y	R	A	W	G
Template Known Secondary structure								T	T	S	.	.	S									S	S		S								S	S	S	S	S				S									S	T	.	T														T	T			S										B
Template Predicted Secondary structure											.	.																																								.
Template SS confidence
		7	.	.	10	.	.	.	.	.			.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.		.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.
		195	.	.	.																											.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.																							.	.	.
Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	N	G	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	R	L	K	S	D	P	Y	A	F	E	A	Q	M	R	P	E	T	A	S	L	I	C	G	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	E	K
Query Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	N	W	P	Y	A	S	N	W	G	K	G	S	Q	A	G	F	V	S	D	V	D	A	N	G	D	R	F	N	P	N	K	L	L	L	D	P	Y	A	Q	E	V	S	Q	D	P	L	N	P	S	N	Q	N	G	N	V	F	A	S	G	A	S	Y	R	T	T	D	S	G	I	Y	A	P	K	G	V	V	L	V	P
Template Known Secondary structure		T	T	B				T	T			T	T			T	T				S	S		T	T						T	T	S		B			T	T		S		B	S			S	S		S	S				G	G	G	G	B		S	T	T	T	T	T				T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		84	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.
		227	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260				.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																				.	.	.																																						.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																				.	.	.																																						.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	V	Q	T	E	E	R	K	K	A	N	Q	F	D	A	P	I	S	I	Y	E	V	H	L	G	S	W	R	R	H	T	D	N	N	.	.	.	F	W	L	S	Y	R	E	L	A	D	Q	L	V	P	Y	A	K	W	M	G	F	T	H	L	E	L	L	P	I	N	E	H	P	F	D	G	S	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																				.	.	.																																						.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.																			.	.	.													.																									.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.																																		.
Template Sequence		S	T	Q	S	T	G	T	K	P	T	R	A	Q	K	D	.	D	V	I	Y	E	V	H	V	R	G	F	T	E	Q	D	T	S	I	P	A	Q	Y	R	G	T	Y	Y	G	A	G	L	K	A	.	S	Y	L	A	S	L	G	V	T	A	V	E	F	L	P	V	Q	E	T	Q	N	D	A	N	D	V	V	P	N	S
Template Known Secondary structure														G	G	G	.													T	T		T	T	S		G	G	G	T	T	S							T		.							T							S			B		B	S		T	T	T	T	S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure																	.																																		.
Template SS confidence
		164	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.		.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.		.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.
								298	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.								.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	W	G	Y	Q	P	T	G	L	Y	A	P	T	R	R	F	G	T	.	.	.	.	.	.	.	R	D	D	F	R	Y	F	I	D	A	A	H	A	A	G	L	N	V	I	L	D	W	V	P	G	H	F	P	T	D	D	F	A	L	A	E	F	D	G	T	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	A	N	Q	N	Y	W	G	Y	M	T	E	N	Y	F	S	P	D	R	R	Y	A	Y	N	K	A	A	G	G	P	T	A	E	F	Q	A	M	V	Q	A	F	H	N	A	G	I	K	V	Y	M	D	V	V	Y	N	H	T	A	E	G	G	T	W	T	S	S	D	P	T	T	A	T	I	Y	S	W	R	G	L	D
Template Known Secondary structure			T	T				S				B	S		S	S		B		G	G	G		S			S	T	T																T	T										S	S		T	T		S	B	S	S	S	S		S	S		B	B		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		242	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.
					356	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.		.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.
Predicted Secondary structure		.	.	.																		.
Query SS confidence		.	.	.																		.
Query Sequence		.	.	.	L	Y	E	H	S	D	P	R	E	G	Y	H	Q	D	W	N	T	.	L	I	Y	N	Y	G	R	R	E	V	S	N	F	L	V	G	N	A	L	Y	W	I	E	R	F	G	I	D	A	L	R	V	D	A	V	A	S	M	I	Y	R	D	Y	S	R	K	E	G	E	W	I	P	N	E	F	G	G	R	E
Query Conservation		.	.	.																		.
Alig confidence		.	.	.																		.
Template Conservation
Template Sequence		N	A	T	Y	Y	E	L	T	S	G	N	Q	Y	F	Y	D	N	T	G	I	G	A	N	F	N	T	Y	N	T	V	A	Q	N	L	I	V	D	S	L	A	Y	W	A	N	T	M	G	V	D	G	F	R	F	D	L	A	S	V	L	G	N	S	C	L	N	G	A	Y	T	A	S	A	P	N	C	P	N	G	G	Y
Template Known Secondary structure						B		B		T	T	S	S	S	B			S	S	S	S	S			B		T	T	S																	T	S								T	T	G	G	G	G	G	B			S	S	S	S			T	T	S	T	T		T	T		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		322	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.
		432	.	.	.	.								.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence							.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	L	E	A	I	.	.	.	.	.	.	.	E	F	L	R	N	T	N	R	I	L	G	E	Q	V	S	G	A	V	T	M	A	E	E	S	T	D	F	P	G	V	S	R	P	Q	D	M	G	G	L	G	F	W	Y	K	W	N	L	G	W	M	H	D	T	L	D	Y	M	K	L	D	P	V	Y	R	Q	Y	H	H
Query Conservation							.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.																																								.	.
Template Conservation																																																					.	.
Template Sequence		N	F	D	A	A	D	S	N	V	A	I	N	R	I	L	R	E	F	T	V	R	P	A	A	G	G	S	G	L	D	L	F	A	E	P	W	A	I	G	G	N	S	Y	Q	L	G	G	F	P	Q	G	.	.	W	S	E	W	N	G	L	F	R	D	S	L	R	Q	A	Q	N	E	L	G	S	M	T	I	Y	V	T
Template Known Secondary structure			B		T	T		T	T	S									S		B			T	T			S	S	B									S	S	T	T				T	T		S		T	T	.	.																			B	T	T	B
Template Predicted Secondary structure																																																					.	.
Template SS confidence
		402	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.			.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		505	.	.	.										.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	K	L	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	G	I	L	Y	N	Y	T	E	N	F	V	L	P	L	S	H	D	E	V	V	H	G	K	K	S	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	D	R	M	P	G	D	A	W	Q	K	F
Query Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	D	A	N	D	F	S	G	S	S	N	L	F	Q	S	S	G	R	S	P	W	N	S	I	N	F	I	D	V	H	D	G	M	T	L	K	D	V	Y	S	C	N	G	A	N	N	S	Q	A	W	P	Y	G	P	S	D	G	G	T	S	T	N	Y	S	W	D	Q	G	M	S	A	G	T	G	A	A	V	D	Q	R
Template Known Secondary structure								T	T						G	G	G	T			G	G	G					S			S	S	S							T	T		S	S							T	T	S								S							T	T	T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		548	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.									.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																				.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	N	L	R	A	Y	Y	G	W	M	W	A	F	P	G	K	K	L	L	F	M	G	N	E	F	A	Q	G	R	E	W	N	H	D	.	.	.	.	.	.	.	.	A	S	L	D	W	H	L	L	E	G	G	D	N	W	H	H	G	V	Q	R	L	V	R	D	L	N	L	T	Y	R	H	H	K	A	M	H	E	L
Query Conservation																																				.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																				.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.
Template Conservation																																																		.	.	.	.
Template Sequence		R	A	A	R	T	G	M	A	F	E	M	L	S	A	G	T	P	L	M	Q	G	G	D	E	Y	L	R	T	L	Q	C	N	N	N	A	Y	N	L	D	S	S	A	N	W	L	T	Y	S	.	.	.	.	W	T	T	D	Q	S	N	F	Y	T	F	A	Q	R	L	I	A	F	R	K	A	H	P	A	L	R	P	S
Template Known Secondary structure														S	S	S						T	T	G	G	G	T				T	T		S			T	T			S	T	T	T	S					.	.	.	.																							G	G	G	S		S
Template Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.
Template SS confidence
		560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.					.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.
		620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.												.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.				.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.
Query Sequence		D	F	D	P	Y	G	F	E	W	L	V	V	D	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	E	R	S	V	L	I	F	V	R	R	D	.	.	.	K	E	G	N	E	I	I	V	A	S	N	F	T	P	V	P	R	H	D	Y	R	F	G	I	N	Q	P	G	K	W	R	E	I	L	N	T	D	S	M	H
Query Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	W	Y	S	G	S	Q	L	T	W	Y	Q	P	S	G	A	V	A	D	S	N	Y	W	N	N	T	S	N	Y	A	I	A	Y	A	I	N	G	P	S	L	G	D	S	N	S	I	Y	V	A	Y	N	G	W	S	S	S	V	T	F	T	L	P	A	P	P	S	G	T	Q	W	Y	R	V	T	D	T	C	D	W	N
Template Known Secondary structure		S				T	T	T						T	T	S	S	B							T		T	T										G	G	G	G	T		S	S									S	S	S										S	S	S	S									S	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		636	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.
		686	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	H	G	S	N	A	G	N	G	G	T	V	H	S	D	E	I	A	S	H	G	R	Q	H	S	L	S	L	T	L	P	P	L	A	T	I	W	L	V	R	E
Query Conservation
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	G	A	S	T	F	V	A	P	G	S	E	T	L	I	G	G	A	G	T	.	.	.	.	.	.	T	Y	G	Q	C	G	Q	S	L	L	L	L	I	S	K
Template Known Secondary structure			S	T	T	S	B			T	T							S	T	T		.	.	.	.	.	.						S	S
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		716	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.							.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750