Job Description P21170 Confidence 98.67% Date Thu Jan 5 11:37:56 GMT 2012 Rank 52 Aligned Residues 148 % Identity 23% Template d1d7ka1 SCOP info Domain of alpha and beta subunits of F1 ATP synthase-like Alanine racemase C-terminal domain-like Eukaryotic ODC-like Resolution 2.10

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		302	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370				.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.
Query SS confidence																																																																							.	.	.
Query Sequence		V	N	I	Q	C	F	D	V	G	G	G	L	G	V	D	Y	E	G	T	R	S	Q	S	D	C	S	V	N	Y	G	L	N	E	Y	A	N	N	I	I	W	A	I	G	D	A	C	E	E	N	G	L	P	H	P	T	V	I	T	E	S	G	R	A	V	T	A	H	H	T	.	.	.	V	L	V	S	N	I	I	G
Query Conservation																																																																							.	.	.
Alig confidence									.	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.
Template Conservation									.	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	D	C	H	F	L	D	.	.	E	G	F	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	K	D	I	L	D	Q	K	I	N	E	V	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	D	D	K	D	A	F	Y	V	A	F	T	L	A	V	N	I	I	A	K	K	I	V	L
Template Known Secondary structure		S							.	.	T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										T	T		S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S
Template Predicted Secondary structure									.	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		9	10	.	.	.	.	.			.	.	.	.																		20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.													.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.
		379	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	E	R	N	E	Y	T	V	P	T	A	P	A	E	D	A	P	R	A	L	Q	S	M	W	E	T	W	Q	E	M	H	E	P	G	T	R	R	S	L	R	E	W	L	H	D	S	Q	M	D	L	H	D	I	H	I	G	Y	S	S	G	I	F	S	L	Q	E	R	A	W	A	E	Q	L	Y	L	S	M	C	H	E
Query Conservation
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	E	Q	T	E	Q	T	F	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		298	.	300	.	.	.	.	.	.
		459	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.		.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																											.
Query SS confidence																																																											.
Query Sequence		V	Q	K	Q	L	D	P	Q	N	R	A	H	R	P	I	I	D	E	L	Q	E	R	M	A	D	K	M	Y	V	N	F	S	L	F	Q	S	M	P	D	A	W	G	I	D	Q	L	F	P	V	L	P	L	E	G	L	D	Q	.	V	P	E	R	R	A	V	L	L	D	I	T	C	D	S	D	G	A	I	D	H	Y
Query Conservation																																																											.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.																				.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	Y	V	N	D	G	V	Y	G	S	F	N	C	I	L	Y	D	H	A	H	V	K	P	L	L	Q	K	R	P	K	P	D	E	R	Y	Y	S	S	S	I	W	G	P	T	C	D	G	L	D	R	I	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S			T	T	T	T	T						S										S				T	T											S	S	S		T	T				.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.	.	.
Template SS confidence
																												316	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.
		538	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	D	G	D	G	I	A	T	T	M	P	M	P	E	Y	D	P	E	N	P	P	M	L	G	F	F	M	V	G	A	Y	Q	E	I	L	G	N	M	H	N	L	F	G	D	T	E	A	V	D	V	F
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.														.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.														.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	V	E	R	C	D	L	P	E	M	H	V	G	D	.	.	W	M	L	F	E	N	M	G	A	Y	T	V	A	A	A	S	T	F	N	G	F	Q	R	P	T	I	Y	Y	V	M
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.											T	T		.	.						S			S	S	S	G	G	G				G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.														.	.
Template SS confidence
								367	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.			380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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