Job Description P21170 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:37:56 GMT 2012 Rank 15 Aligned Residues 380 % Identity 22% Template c2yxxA_ PDB info PDB header:lyase Chain: A: PDB Molecule:diaminopimelate decarboxylase; PDBTitle: crystal structure analysis of diaminopimelate decarboxylate (lysa) Resolution 1.70 Å

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		74	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	L	V	K	T	R	E	A	Q	G	Q	R	L	P	A	L	F	C	F	P	Q	I	L	Q	H	R	L	R	S	I	N	A	A	F	K	R	A	R	E	S	Y	G	Y	N	G	D	Y	F	L	V	Y	P	I	K	V	N	Q	H	R	R	V	I	E	S	L	I	H	S	G	E	P	L	G	L	E	A	G	S	K	A
Query Conservation
Alig confidence											.																												.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.
Template Conservation											.																												.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.
Template Sequence		D	I	L	R	K	V	A	E	I	.	H	G	T	P	T	Y	V	Y	F	E	E	T	L	R	K	R	S	R	L	V	K	E	V	F	E	G	V	.	.	.	.	.	.	.	.	N	L	L	P	T	F	A	V	K	A	N	N	N	P	V	L	L	K	I	L	R	E	E	G	F	.	.	G	X	D	V	V	T	K	G
Template Known Secondary structure											.			S	S																				T	T	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.								G	G	G													T	T		.	.						S
Template Predicted Secondary structure											.																												.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.
Template SS confidence
		2	.	.	.	.	.	.	.	10		.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.									.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.			.	.	.	.	.	.	.	70
		154	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.
Predicted Secondary structure																																																																																	.
Query SS confidence																																																																																	.
Query Sequence		E	L	M	A	V	L	A	H	A	G	M	T	R	S	V	I	V	C	N	G	Y	K	D	R	E	Y	I	R	L	A	L	I	G	E	K	M	G	H	K	V	Y	L	V	I	E	K	M	S	E	I	A	I	V	L	D	E	A	E	R	L	N	V	V	P	R	L	G	V	R	A	R	L	A	S	Q	G	S	G	K	.
Query Conservation																																																																																	.
Alig confidence																																						.	.	.	.																					.	.	.																	.
Template Conservation																																						.	.	.	.																					.	.	.
Template Sequence		E	L	L	A	A	K	L	A	G	V	P	S	H	T	V	V	W	N	G	N	G	K	S	R	D	Q	X	E	H	F	L	R	E	D	V	R	.	.	.	.	I	V	N	V	D	S	F	E	E	X	E	I	W	R	E	L	N	P	E	G	.	.	.	V	E	Y	F	I	R	V	N	P	E	V	D	A	K	T	H	P
Template Known Secondary structure									T	T			G	G	G						S													T	T			.	.	.	.																			T	T	.	.	.													T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.																					.	.	.
Template SS confidence
		71	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.					.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.				.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.
		233	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		W	Q	S	S	G	G	E	K	S	K	F	G	L	A	A	T	Q	V	L	Q	L	V	E	T	L	R	E	A	G	R	L	D	S	L	Q	L	L	H	F	H	L	G	S	Q	M	A	N	I	R	D	I	A	T	G	V	R	E	S	A	R	F	Y	V	E	L	H	K	L	G	V	N	I	Q	C	F	D	V	G	G	G
Query Conservation
Alig confidence																															.	.	.	.																																	.	.	.	.	.
Template Conservation																															.	.	.	.																																	.	.	.	.	.
Template Sequence		H	I	S	T	G	L	K	K	H	K	F	G	I	P	L	E	D	L	D	S	F	X	E	R	F	R	S	X	N	.	.	.	.	I	R	G	L	H	V	H	I	G	S	Q	I	T	R	V	E	P	F	V	E	A	F	S	K	V	V	R	A	S	E	R	Y	.	.	.	.	.	G	F	E	E	I	N	I	G	G	G
Template Known Secondary structure										S	S	S	S			G	G	G									T	T	S		.	.	.	.										S	S	B			S																		.	.	.	.	.	T		S
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.	.																																	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		144	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.					.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.						.	.	.	.	.	210	.	.	.	.
		313	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	G	V	D	Y	E	G	T	R	S	Q	S	D	C	S	V	N	Y	G	L	N	E	Y	A	N	N	I	I	W	A	I	G	D	A	C	E	E	N	G	L	P	H	P	T	V	I	T	E	S	G	R	A	V	T	A	H	H	T	V	L	V	S	N	I	I	G	V	E	R	N	E	Y	T	V	P	T	A	P	A	E
Query Conservation
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.
Template Sequence		W	G	I	N	Y	S	G	E	E	.	.	.	.	.	.	.	.	L	D	L	S	S	Y	R	E	K	V	V	P	D	L	K	.	.	.	.	.	.	.	.	R	F	K	R	V	I	V	E	I	G	R	Y	I	V	A	P	S	G	Y	L	L	L	R	V	V	L	V	K	R	R	H	N	K	A	F	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		B				S	S	S			.	.	.	.	.	.	.	.										T	G	G	G	G	T	.	.	.	.	.	.	.	.	T		S												G	G	G														T	T				.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.
Template SS confidence
		215	.	.	.	.	220	.	.	.									.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.									.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.
		393	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	A	P	R	A	L	Q	S	M	W	E	T	W	Q	E	M	H	E	P	G	T	R	R	S	L	R	E	W	L	H	D	S	Q	M	D	L	H	D	I	H	I	G	Y	S	S	G	I	F	S	L	Q	E	R	A	W	A	E	Q	L	Y	L	S	M	C	H	E	V	Q	K	Q	L	D	P	Q	N	R	A	H	R	P
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		473	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	I	D	E	L	Q	E	R	M	A	D	K	M	Y	V	N	F	S	L	F	Q	S	M	P	D	A	W	G	I	D	Q	L	F	P	V	L	P	L	E	G	L	D	Q	V	P	E	R	R	A	V	L	L	D	I	T	C	D	S	D	G	A	I	D	H	Y	I	D	G	D	G	I	A	T	T	M	P	M	P	E	Y
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.												.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.												.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	V	V	D	G	G	X	N	V	L	I	R	P	A	L	Y	.	S	A	Y	H	R	I	F	V	L	G	K	.	.	Q	G	K	E	X	R	A	D	V	V	G	P	L	C	E	S	G	D	V	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	Y	D	R	E	L	P	E	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S			T	T	T							T	.									T	T		.	.				S								S	S	S	S	T	T				.	.	.	.	.	.	.	.	.							S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.												.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
														274	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.		290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300			.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320										.	.	.	.	.	.	.	.	.
		553	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	P	E	N	P	P	M	L	G	F	F	M	V	G	A	Y	Q	E	I	L	G	N	M	H	N	L	F	G	D	T	E	A	V	D	V	F	V	F	P	D	G	S	V	E	V	E	L	S	D	E	G	D	T	V	A	D	M	L	Q
Query Conservation
Alig confidence						.	.																														.	.									.	.
Template Conservation						.	.																														.	.									.	.
Template Sequence		E	P	G	D	.	.	I	I	A	V	E	N	A	G	A	Y	G	Y	T	X	S	N	N	Y	N	S	T	T	R	P	A	E	V	L	V	.	.	R	E	N	G	R	I	S	L	.	.	I	R	R	R	E	T	E	X	D	I	F	K
Template Known Secondary structure			T	T		.	.					S	S		S	S	S	S	G	G	G				T	T	T										.	.		T	T	S					.	.											T	T
Template Predicted Secondary structure						.	.																														.	.									.	.
Template SS confidence
		330	.	.	.			.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.			.	.	.	.	.	.	.	370			.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.