Job Description P21170 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:37:56 GMT 2012 Rank 10 Aligned Residues 387 % Identity 21% Template c2qghA_ PDB info PDB header:lyase Chain: A: PDB Molecule:diaminopimelate decarboxylase; PDBTitle: crystal structure of diaminopimelate decarboxylase from helicobacter2 pylori complexed with l-lysine Resolution 2.30 Å

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		71	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	L	A	Q	L	V	K	T	R	E	A	Q	G	Q	R	L	P	A	L	F	C	F	P	Q	I	L	Q	H	R	L	R	S	I	N	A	A	F	K	R	A	R	E	S	Y	G	Y	N	G	D	Y	F	L	V	Y	P	I	K	V	N	Q	H	R	R	V	I	E	S	L	I	H	S	G	E	P	L	G	L	E	A	G
Query Conservation
Alig confidence										.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.
Template Conservation										.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.
Template Sequence		N	Y	E	E	L	F	Q	T	.	.	.	.	.	H	K	T	P	F	Y	L	Y	D	F	D	K	I	K	Q	A	F	L	N	Y	K	E	A	F	K	.	.	.	.	.	.	.	.	G	R	K	S	L	I	C	Y	A	L	K	A	N	S	N	L	S	I	L	S	L	L	A	H	L	E	S	.	.	G	A	D	C	V
Template Known Secondary structure										.	.	.	.	.			S	S																			T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	S	S								G	G	G													T	T		.	.					S
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10						.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.									.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.			.	.	.	.	.
		151	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	K	A	E	L	M	A	V	L	A	H	A	G	M	T	R	S	V	I	V	C	N	G	Y	K	D	R	E	Y	I	R	L	A	L	I	G	E	K	M	G	H	K	V	Y	L	V	I	E	K	M	S	E	I	A	I	V	L	D	E	A	E	R	L	N	V	V	P	R	L	G	V	R	A	R	L	A	S	Q	G	S
Query Conservation
Alig confidence																																				.	.	.							.
Template Conservation																																				.	.	.							.
Template Sequence		S	I	G	E	I	Q	R	A	L	K	A	G	I	K	P	Y	R	I	V	F	S	G	V	G	K	S	A	F	E	I	E	Q	A	L	.	.	.	K	L	N	I	L	F	.	L	N	V	E	S	F	M	E	L	K	T	I	E	T	I	A	Q	S	L	G	I	K	A	R	I	S	I	R	I	N	P	N	I	D	A	K
Template Known Secondary structure		S										T	T			G	G	G						T	T											.	.	.		T	T		S		.					S															T									B
Template Predicted Secondary structure																																				.	.	.							.
Template SS confidence
		68	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.				.	.	.	.	.	.		.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.
		231	.		.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.
Query SS confidence				.
Query Sequence		G	K	.	W	Q	S	S	G	G	E	K	S	K	F	G	L	A	A	T	Q	V	L	Q	L	V	E	T	L	R	E	A	G	R	L	D	S	L	Q	L	L	H	F	H	L	G	S	Q	M	A	N	I	R	D	I	A	T	G	V	R	E	S	A	R	F	Y	V	E	L	H	K	L	G	V	N	I	Q	C	F	D	V
Query Conservation				.
Alig confidence				.																																	.
Template Conservation																																					.
Template Sequence		T	H	P	Y	I	S	T	G	L	K	E	N	K	F	G	V	G	E	K	E	A	L	E	M	F	L	W	A	K	K	S	A	F	L	E	.	P	V	S	V	H	F	H	I	G	S	Q	L	L	D	L	E	P	I	I	E	A	S	Q	K	V	A	K	I	A	K	S	L	I	A	L	G	I	D	L	R	F	F	D	V
Template Known Secondary structure		S		G	G	G	B			S	T	T	S	S	S	S	B																S	S			.									B	S	S	B																							T	T
Template Predicted Secondary structure																																					.
Template SS confidence
		144	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.		.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.
		310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	G	G	L	G	V	D	Y	E	G	T	R	S	Q	S	D	C	S	V	N	Y	G	L	N	E	Y	A	N	N	I	I	W	A	I	G	D	A	C	E	E	N	G	L	P	H	P	T	V	I	T	E	S	G	R	A	V	T	A	H	H	T	V	L	V	S	N	I	I	G	V	E	R	N	E	Y	T	V	P	T	A
Query Conservation
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.
Template Conservation										.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.
Template Sequence		G	G	G	I	G	V	S	Y	.	.	.	.	.	.	.	E	N	E	E	T	I	K	L	Y	D	Y	A	Q	G	I	L	N	A	L	Q	G	.	.	.	.	.	.	.	L	D	L	T	I	I	C	E	P	G	R	S	I	V	A	E	S	G	E	L	I	T	Q	V	L	Y	E	K	K	N	K	R	F	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					B				T	.	.	.	.	.	.	.	T	S																	T	T	T	.	.	.	.	.	.	.															T	T	T																	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.
Template SS confidence
		223	.	.	.	.	.	.	230								.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.								.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.
		390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	A	E	D	A	P	R	A	L	Q	S	M	W	E	T	W	Q	E	M	H	E	P	G	T	R	R	S	L	R	E	W	L	H	D	S	Q	M	D	L	H	D	I	H	I	G	Y	S	S	G	I	F	S	L	Q	E	R	A	W	A	E	Q	L	Y	L	S	M	C	H	E	V	Q	K	Q	L	D	P	Q	N	R	A
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	R	P	I	I	D	E	L	Q	E	R	M	A	D	K	M	Y	V	N	F	S	L	F	Q	S	M	P	D	A	W	G	I	D	Q	L	F	P	V	L	P	L	E	G	L	D	Q	V	P	E	R	R	A	V	L	L	D	I	T	C	D	S	D	G	A	I	D	H	Y	I	D	G	D	G	I	A	T	T	M	P	M
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.												.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.												.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	I	V	D	A	G	M	N	D	F	L	R	P	S	L	.	Y	H	A	K	H	A	I	R	V	I	T	.	.	.	P	S	E	I	S	P	C	D	V	V	G	P	V	C	E	S	S	D	T	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	K	D	A	H	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S			T	T	T							.											S	.	.	.												S	S	S	S	T	T				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.												.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																	287	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.		.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.				.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.										.	.	.	.	.	.
		550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	E	Y	D	P	E	N	P	P	M	L	G	F	F	M	V	G	A	Y	Q	E	I	L	G	N	M	H	N	L	F	G	D	T	E	A	V	D	V	F	V	F	P	D	G	S	V	E	V	E	L	S	D	E	G	D	T	V	A	D	M	L	Q
Query Conservation
Alig confidence									.	.																														.	.	.	.							.	.
Template Conservation									.	.																														.	.	.	.							.	.
Template Sequence		P	E	L	E	P	G	D	.	.	K	I	A	I	E	K	V	G	A	Y	G	S	S	M	A	S	Q	Y	N	S	R	P	K	L	L	E	L	A	L	.	.	.	.	E	D	K	I	R	V	.	.	I	R	K	R	E	A	L	E	D	L	W	R
Template Known Secondary structure						T	T		.	.						S		S	S	S	S	G	G	G				T	T	T										.	.	.	.							.	.							G	G	G	G	T	G
Template Predicted Secondary structure									.	.																														.	.	.	.							.	.
Template SS confidence
		342	.	.	.	.	.	.			.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.					.	.	380	.	.	.			.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.