Job Description P21170 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:37:56 GMT 2012 Rank 13 Aligned Residues 353 % Identity 25% Template c2pljA_ PDB info PDB header:lyase Chain: A: PDB Molecule:lysine/ornithine decarboxylase; PDBTitle: crystal structure of lysine/ornithine decarboxylase complexed with2 putrescine from vibrio vulnificus Resolution 1.70 Å

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		72	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	A	Q	L	V	K	T	R	E	A	Q	G	Q	R	L	P	A	L	F	C	F	P	Q	I	L	Q	H	R	L	R	S	I	N	A	A	F	K	R	A	R	E	S	Y	G	Y	N	G	D	Y	F	L	V	Y	P	I	K	V	N	Q	H	R	R	V	I	E	S	L	I	H	S	G	E	P	L	G	L	E	A	G	S
Query Conservation
Alig confidence									.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.
Template Conservation									.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.
Template Sequence		I	E	A	S	V	E	Q	.	.	.	.	.	F	G	A	P	L	L	L	L	D	C	D	V	I	R	Q	Q	Y	R	A	L	K	N	A	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	N	V	T	L	H	Y	A	L	K	P	L	P	H	P	V	V	V	R	T	L	L	A	E	G	A	.	.	S	F	D	L	A	T
Template Known Secondary structure									.	.	.	.	.			S	S																				S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T							S	T	T														T		.	.						S
Template Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.
Template SS confidence
		26	.	.	.	30	.	.						.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.											.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.			.	.	.	.	.	.
		152	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	A	E	L	M	A	V	L	A	H	A	G	M	T	R	S	V	I	V	C	N	G	Y	K	D	R	E	Y	I	R	L	A	L	I	G	E	K	M	G	H	K	V	Y	L	V	I	E	K	M	S	E	I	A	I	V	L	D	E	A	E	R	L	N	V	V	P	R	L	G	V	R	A	R	L	A	S	Q	G	S	G
Query Conservation
Alig confidence																																			.	.	.							.																			.	.	.	.											.	.	.	.	.
Template Conservation																																			.	.	.							.																			.	.	.	.											.	.	.	.	.
Template Sequence		T	G	E	V	E	L	V	A	S	E	G	V	P	A	D	L	T	I	H	T	H	P	I	K	R	D	A	D	I	R	D	A	L	.	.	.	A	Y	G	C	N	V	.	F	V	V	D	N	L	N	E	L	E	K	F	K	A	Y	R	D	D	.	.	.	.	V	E	L	L	V	R	L	S	F	S	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure											T	T			G	G	G						S	S											.	.	.			T				.					S						T	T	G	G	G	T	T	T	.	.	.	.							B				.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																			.	.	.							.																			.	.	.	.											.	.	.	.	.
Template SS confidence
		89	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.				.	.	.	.	.	.		.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.					.	.	.	.	150	.	.	.	.	.
		232	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.		300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310
Predicted Secondary structure																																																																						.
Query SS confidence																																																																						.
Query Sequence		K	W	Q	S	S	G	G	E	K	S	K	F	G	L	A	A	T	Q	V	L	Q	L	V	E	T	L	R	E	A	G	R	L	D	S	L	Q	L	L	H	F	H	L	G	S	Q	M	A	N	I	R	D	I	A	T	G	V	R	E	S	A	R	F	Y	V	E	L	H	K	.	L	G	V	N	I	Q	C	F	D	V	G
Query Conservation																																																																						.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.																																				.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	K	F	G	C	S	P	E	Q	A	L	V	I	I	E	T	A	K	E	W	N	I	.	.	R	I	K	G	L	S	F	H	V	G	S	Q	T	T	N	P	N	K	Y	V	E	A	I	H	T	C	R	H	V	M	E	Q	V	V	E	R	G	L	P	A	L	S	T	L	D	I	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.			S		B															T	T		.	.											T	T				T																				T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.
Template SS confidence
											165	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.			.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.
		311	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	G	L	G	V	D	Y	E	G	T	R	S	Q	S	D	C	S	V	N	Y	G	L	N	E	Y	A	N	N	I	I	W	A	I	G	D	A	C	E	E	N	G	L	P	H	P	T	V	I	T	E	S	G	R	A	V	T	A	H	H	T	V	L	V	S	N	I	I	G	V	E	R	N	E	Y	T	V	P	T	A	P
Query Conservation
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.																																					.	.	.
Template Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.																																					.	.	.
Template Sequence		G	G	F	P	V	N	Y	T	Q	Q	V	.	.	.	.	.	.	.	.	M	P	I	D	Q	F	C	A	P	I	N	E	A	L	S	L	L	.	.	.	.	.	P	E	T	V	H	V	L	A	E	P	G	R	F	I	C	A	P	A	V	T	S	V	A	S	V	M	G	Q	A	E	R	E	G	Q	I	W	.	.	.
Template Known Secondary structure								S	S	S			.	.	.	.	.	.	.	.															T	T	S	.	.	.	.	.		T	T													G	G	G														T	T				.	.	.
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.																																					.	.	.
Template SS confidence
		234	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.									.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.						.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.
		391	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	E	D	A	P	R	A	L	Q	S	M	W	E	T	W	Q	E	M	H	E	P	G	T	R	R	S	L	R	E	W	L	H	D	S	Q	M	D	L	H	D	I	H	I	G	Y	S	S	G	I	F	S	L	Q	E	R	A	W	A	E	Q	L	Y	L	S	M	C	H	E	V	Q	K	Q	L	D	P	Q	N	R	A	H
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		471	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	P	I	I	D	E	L	Q	E	R	M	A	D	K	M	Y	V	N	F	S	L	F	Q	S	M	P	D	A	W	G	I	D	Q	L	F	P	V	L	P	L	E	G	L	D	Q	V	P	E	R	R	A	V	L	L	D	I	T	C	D	S	D	G	A	I	D	H	Y	I	D	G	D	G	I	A	T	T	M	P	M	P
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	Y	L	D	D	G	I	Y	G	S	F	S	G	L	M	F	D	D	A	R	Y	P	L	T	T	I	K	Q	.	.	G	G	E	L	I	P	S	V	L	S	G	P	T	C	D	S	V	D	V	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	E	N	I	L	L	P
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S			T	T	T	G	G	G					S									S			.	.	S	S										S	S	S		T	T				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																298	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.			.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.										.	.	.	.	350	.	.
		551	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	Y	D	P	E	N	P	P	M	L	G	F	F	M	V	G	A	Y	Q	E	I	L	G	N	M	H	N	L	F	G	D	T	E	A	V	D	V	F
Query Conservation
Alig confidence								.	.
Template Conservation								.	.
Template Sequence		K	L	N	N	G	D	.	.	L	V	I	G	R	T	M	G	A	Y	T	S	A	T	A	T	D	F	N	F	F	K	R	A	Q	T	I	A	L	N
Template Known Secondary structure					T	T		.	.					S	S		S	S	S	S	G	G	G				G	G	G
Template Predicted Secondary structure								.	.
Template SS confidence
		353	.	.	.	.	.			.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.