Job Description P07118 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:00:14 GMT 2012 Rank 15 Aligned Residues 450 % Identity 25% Template c2x1lC_ PDB info PDB header:ligase Chain: C: PDB Molecule:methionyl-trna synthetase; PDBTitle: crystal structure of mycobacterium smegmatis methionyl-trna2 synthetase in complex with methionine and adenosine Resolution 2.30 Å

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		32	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	E	S	F	C	I	M	I	P	P	P	N	V	T	G	S	L	H	M	G	H	A	F	Q	Q	T	I	M	D	T	M	I	R	Y	Q	R	M	Q	G	K	N	T	L	W	Q	V	G	T	D	H	A	G	I	A	T	Q	M	V	V	E	R	K	I	A	A	E	E	G	K	T	R	H	D	Y	G	R	E	A	F	I
Query Conservation
Alig confidence																																																															.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																															.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	E	P	F	Y	I	T	T	A	I	A	Y	P	N	G	V	P	H	I	G	H	A	Y	E	Y	I	A	T	D	A	I	A	R	F	K	R	L	D	G	Y	D	V	R	Y	L	T	G	T	D	V	H	G	Q	K	M	A	E	T	A	A	K	.	.	.	.	.	E	G	I	P	A	A	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure												B			S	S																							T	T													S										.	.	.	.	.		T					.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																															.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.						.	.	.	.	.	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	K	I	W	E	W	K	A	E	S	G	G	T	I	T	R	Q	M	R	R	L	G	N	S	V	D	W	E	R	E	R	F	T	M	D	E	G	L	S	N	A	V	K	E	V	F	V	R	L	Y	K	E	D	L	I	Y	R	G	K	R	L	V	N	W	D	P	K	L	R	T	A	I	S	D	L	E	V	E	N	R
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.																								.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.																								.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	E	L	A	R	R	N	S	D	V	F	Q	R	L	Q	E	K	L	N	I	S	F	D	R	.	.	F	I	R	T	S	D	A	D	H	Y	E	A	S	K	A	I	W	K	R	M	A	D	A	G	D	I	Y	L	D	A	Y	T	E	E	Q	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.																	T	T				S		.	.				T	T	S																	T	T													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.																								.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
						69	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.			.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.
		192	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	S	K	G	S	M	W	H	I	R	Y	P	L	A	D	G	A	K	T	A	D	G	K	D	Y	L	V	V	A	T	T	R	P	E	T	L	L	G	D	T	G	V	A	V	N	P	E	D	P	R	Y	K	D	L	I	G	K	Y	V	I	L	P	L	V	N	R	R	I	P	I	V	G	D	E	H	A	D	M	E	K
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		272	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	T	G	C	V	K	I	T	P	A	H	D	F	N	D	Y	E	V	G	K	R	H	A	L	P	M	I	N	I	L	T	F	D	G	D	I	R	E	S	A	Q	V	F	D	T	K	G	N	E	S	D	V	Y	S	S	E	I	P	A	E	F	Q	K	L	E	R	F	A	A	R	K	A	V	V	A	A	V	D	A	L
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		352	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.		.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																					.												.
Query SS confidence																																																																					.												.
Query Sequence		G	L	L	E	E	I	K	P	H	D	L	T	V	P	Y	G	D	R	G	G	V	V	I	E	P	M	L	T	D	Q	W	Y	V	R	A	D	V	L	A	K	P	A	V	E	A	V	E	N	G	D	I	Q	F	V	P	K	Q	Y	E	N	M	Y	F	S	W	M	R	.	D	I	Q	D	W	C	I	S	R	Q	L	.
Query Conservation																																																																					.												.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.												.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	F	F	R	L	S	A	Y	T	D	R	L	L	A	L	Y	E	E	H	P	E	F	I	G	P	D	A	R	R	N	E	I	V	S	F	V	S	G	G	L	K	D	L	S	I	S	R	T	T	F
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					G	G	G	S												G	G	G			S												T	T										S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																164	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.
		430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490		.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																															.
Query SS confidence																																																															.
Query Sequence		W	W	G	H	R	I	P	A	W	Y	D	E	A	G	N	V	Y	V	G	R	N	E	D	E	V	R	K	E	N	N	L	G	A	D	V	V	L	R	Q	D	E	D	V	L	D	T	W	F	S	S	A	L	W	T	F	S	T	L	G	W	P	.	E	N	T	D	A	L	R	Q	F	H	P	T	S	V	M	V	S	G
Query Conservation																																																															.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.
Template Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	W	G	V	P	V	P	D	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	D	H	V	M	Y	V	W	V	D	A	L	T	N	Y	L	T	G	V	G	F	P	D	T	E	S	E	S	F	R	R	Y	W	P	A	D	L	H	M	I	G
Template Known Secondary structure				S				T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													T					T	T	T	T	T		T	T	S								S		S
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		214	.	.	.	.	.	220	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	D	I	I	F	F	W	I	A	R	M	I	M	M	T	M	H	F	I	K	D	E	N	G	K	P	Q	V	P	F	H	T	V	Y	M	T	G	L	I	R	D	D	E	G	Q	K	M	S	K	S	K	G	N	V	I	D	P	L	D	M	V	D	G	I	S	L	P	E	L	L	E	K	R	T	G	N	M	M	Q	P
Query Conservation
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.															.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.	.	.	.															.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	D	I	I	R	F	H	T	V	Y	W	P	A	F	L	M	S	A	G	L	.	.	.	.	.	.	.	P	L	P	K	R	I	F	A	H	G	W	L	L	N	.	R	G	E	K	M	S	K	S	I	G	N	V	V	D	P	V	N	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		G	G	G						T										T		.	.	.	.	.	.	.				S											.		S		S			T	T	T			S	S						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.															.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		264	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.								.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.		.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.
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Predicted Secondary structure																																																				.	.
Query SS confidence																																																				.	.
Query Sequence		Q	L	A	D	K	I	R	K	R	T	E	K	Q	F	P	N	G	I	E	P	H	G	T	D	A	L	R	F	T	L	A	A	L	A	S	T	G	R	D	I	N	W	D	M	K	R	L	E	G	Y	.	.	R	N	F	C	N	K	L	W	N	A	S	R	F	V	L	M	N	T	E	G	Q	D	C	G	F	N	G	G
Query Conservation																																																				.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	D	T	F	G	L	D	Q	V	R	Y	F	L	L	R	E	V	P	F	G	Q	D	G	S	Y	N	E	D	A	I	I	G	R	V	N	A	D	L	A	N	E	L	G	N	L	A	Q	R	S	L	S	M	V	A	K	N	L	G	A	A	V	P	D
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	S		T	T	S																																				S	T	T	B
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																			316	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.
		667	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.						.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.
Predicted Secondary structure																																																																.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																.	.	.	.	.
Query Sequence		E	M	T	L	S	L	A	D	R	W	I	L	A	E	F	N	Q	T	I	K	A	Y	R	E	A	L	D	S	F	R	F	D	I	A	A	G	I	L	Y	E	F	T	W	N	Q	F	C	D	W	Y	L	E	L	T	K	P	V	M	N	G	G	T	.	.	.	.	.	E	A	E	L	R	G	T	R	H	T	L	V	T
Query Conservation																																																																.	.	.	.	.
Alig confidence																																												.	.																			.	.	.	.	.
Template Conservation																																												.	.
Template Sequence		P	G	E	F	T	D	E	D	T	A	L	L	A	A	A	D	A	L	L	E	R	V	R	E	H	F	D	V	P	A	M	H	L	A	L	E	A	I	W	S	V	L	.	.	G	A	A	N	R	Y	F	S	A	Q	E	P	W	V	L	R	K	S	D	A	A	E	D	Q	Q	R	F	R	T	V	L	Y	T	T	L	E
Template Known Secondary structure																		T										T	T	T														.	.																T	T
Template Predicted Secondary structure																																												.	.
Template SS confidence
		379	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420			.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.
		742	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	L	E	G	L	L	R	L	A	H	P	I	I	P	F	I	T	E	T	I	W	Q	R	V	K	V	L	C	G	I	T	A	D	T	I	M	L	Q	P	F	P
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		V	V	R	I	A	S	L	L	L	Q	P	V	M	P	E	S	T	A	K	L	L	D	L	L	G	Q	P	T	D	E	R	D	F	S	A	I	A	N	R	I	K
Template Known Secondary structure										T	T	T	T												T	T			T	T			S	G	G	G	G	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		457	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.