Job Description P07118 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:00:14 GMT 2012 Rank 21 Aligned Residues 383 % Identity 19% Template c1u0bB_ PDB info PDB header:ligase/rna Chain: B: PDB Molecule:cysteinyl trna; PDBTitle: crystal structure of cysteinyl-trna synthetase binary2 complex with trnacys Resolution 2.30 Å

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		31	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	Q	E	S	F	C	I	M	I	P	P	P	N	V	T	G	S	L	H	M	G	H	A	F	Q	Q	T	I	M	D	T	M	I	R	Y	Q	R	M	Q	G	K	N	T	L	W	Q	V	G	T	D	H	A	G	I	A	T	Q	M	V	V	E	R	K	I	A	A	E	E	G	K	T	R	H	D	Y	G	R	E	A	F
Query Conservation
Alig confidence																																																														.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																														.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		H	A	G	E	V	G	M	Y	V	C	G	I	T	V	Y	D	L	C	H	I	G	H	G	R	T	F	V	A	F	D	V	V	A	R	Y	L	R	F	L	G	Y	K	L	K	Y	V	R	N	I	T	D	I	D	D	K	I	I	K	R	A	.	.	.	.	.	N	E	N	G	E	S	F	V	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		B	T	T										B	S	S	S			B																				T	T									B	B			S								.	.	.	.	.				T	S				.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																														.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	D	K	I	W	E	W	K	A	E	S	G	G	T	I	T	R	Q	M	R	R	L	G	N	S	V	D	W	E	R	E	R	F	T	M	D	E	G	L	S	N	A	V	K	E	V	F	V	R	L	Y	K	E	D	L	I	Y	R	G	K	R	L	V	N	W	D	P	K	L	R	T	A	I	S	D	L	E	V	E	N
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.																														.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.																														.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	A	M	V	D	R	M	I	A	E	M	H	K	D	F	D	A	L	N	I	L	R	P	D	M	E	P	R	A	T	.	.	.	H	H	I	A	E	I	I	E	L	T	E	Q	L	I	A	K	G	H	A	Y	V	A	D	N	G	D	V	M	F	D	V	P	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.																	T	T					S	B			B	T	T	.	.	.	T															T	T	S					T	T	S						G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																														.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
							87	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.				.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	E	S	K	G	S	M	W	H	I	R	Y	P	L	A	D	G	A	K	T	A	D	G	K	D	Y	L	V	V	A	T	T	R	P	E	T	L	L	G	D	T	G	V	A	V	N	P	E	D	P	R	Y	K	D	L	I	G	K	Y	V	I	L	P	L	V	N	R	R	I	P	I	V	G	D	E	H	A	D	M	E
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		271	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	G	T	G	C	V	K	I	T	P	A	H	D	F	N	D	Y	E	V	G	K	R	H	A	L	P	M	I	N	I	L	T	F	D	G	D	I	R	E	S	A	Q	V	F	D	T	K	G	N	E	S	D	V	Y	S	S	E	I	P	A	E	F	Q	K	L	E	R	F	A	A	R	K	A	V	V	A	A	V	D	A
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	P	T	Y	G	V	L	S	R	Q	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	D	Q	L	Q	A	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	T	T	T	T	T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
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		351	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	G	L	L	E	E	I	K	P	H	D	L	T	V	P	Y	G	D	R	G	G	V	V	I	E	P	M	L	T	D	Q	W	Y	V	R	A	D	V	L	A	K	P	A	V	E	A	V	E	N	G	D	I	Q	F	V	P	K	Q	Y	E	N	M	Y	F	S	W	M	R	D	I	Q	D	W	C	I	S	R	Q	L	W
Query Conservation
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	R	V	D	V	V	D	D	K	R	N	P	M	D	F	V	L	W	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	S	K	E	G	E	P	S	W	P	S	P
Template Known Secondary structure						S			S		S	S	T	T							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S	S	S			B			T
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		167	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.																																																		.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		W	G	H	R	I	P	A	W	Y	D	E	A	G	N	V	Y	V	G	R	N	E	D	E	V	R	K	E	N	N	L	G	A	D	V	V	L	R	Q	D	E	D	V	L	D	T	W	F	S	S	A	L	W	T	F	S	T	L	G	W	P	E	N	T	D	A	L	R	Q	F	H	P	T	S	V	M	V	S	G	F	D
Query Conservation
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		W	G	A	G	R	P	G	W	H	I	E	C	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	M	N	C	K	Q	L	G	N	H	F	D	I	H	G	G	G	S	D
Template Known Secondary structure		T		S					T	T					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									S	S								G	G
Template Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		198	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	I	F	F	W	I	A	R	M	I	M	M	T	M	H	F	I	K	D	E	N	G	K	P	Q	V	P	F	H	T	V	Y	M	T	G	L	I	R	D	D	E	G	Q	K	M	S	K	S	K	G	N	V	I	D	P	L	D	M	V	D	G	I	S	L	P	E	L	L	E	K	R	T	G	N	M	M	Q	P	Q	L
Query Conservation
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	M	F	P	H	H	E	N	E	I	A	Q	S	T	C	A	H	D	G	.	.	.	.	.	.	.	Q	Y	V	N	Y	W	M	H	S	G	M	V	M	V	D	R	E	K	M	S	K	S	L	G	N	F	F	T	V	R	D	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		G	T	T	T													S	S	S	.	.	.	.	.	.	.															T	T					T	T	T	T				B					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.								.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	D	K	I	R	K	R	T	E	K	Q	F	P	N	G	I	E	P	H	G	T	D	A	L	R	F	T	L	A	A	L	A	S	T	G	R	D	I	N	W	D	M	K	R	L	E	G	Y	R	N	F	C	N	K	L	W	N	A	S	R	F	V	L	M	N	T	E	G	Q	D	C	G	F	N	G	G	E	M	T	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	K	Y	Y	D	A	E	T	V	R	Y	F	L	M	S	.	G	H	Y	R	S	Q	L	N	Y	S	E	E	N	L	K	Q	A	R	A	A	L	E	R	L	Y	T	A	L	R	G	T	D	K	T	V	A	P	A	G	G	E	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T	S										T	S	.	S		T	T	S																								T	T			T	T	S				S			.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																	281	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.		.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.
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Predicted Secondary structure																								.
Query SS confidence																								.
Query Sequence		S	L	A	D	R	W	I	L	A	E	F	N	Q	T	I	K	A	Y	R	E	A	L	.	D	S	F	R	F	D	I	A	A	G	I	L	Y	E	F	T	W	N	Q	F	C	D	W	Y	L	E	L	T	K	P	V	M	N	G	G	T	E	A	E	L	R	G	T	R	H	T	L	V	T	V	L	E	G	L	L	R	L
Query Conservation																								.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.																			.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	F	E	A	R	F	I	E	A	M	D	D	D	F	N	T	P	E	A	Y	S	V	L	F	D	M	A	R	E	.	.	V	N	R	L	K	A	E	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	A	A	A	N	A	M	A	S	H	L	R	K	L	S	A	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												B	T																	.	.						T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
														337	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.			.	.	.	.	370	.	.	.													.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390
		750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	H	P	I	I	P	F	I	T	E	T	I
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		L	G	L	L	E	Q	E	P	E	A	F	L
Template Known Secondary structure		T	T		S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		391	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.