Job Description P00363 Confidence 99.38% Date Thu Jan 5 10:56:34 GMT 2012 Rank 154 Aligned Residues 320 % Identity 17% Template c3g5rA_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:methylenetetrahydrofolate--trna-(uracil-5-)- PDBTitle: crystal structure of thermus thermophilus trmfo in complex with2 tetrahydrofolate Resolution 1.60 Å

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		7	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50						.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.	.
Query SS confidence																																														.	.	.	.	.
Query Sequence		D	L	A	I	V	G	A	G	G	A	G	L	R	A	A	I	A	A	A	Q	A	N	P	N	A	K	I	A	L	I	S	K	V	Y	P	M	R	S	H	T	V	A	A	E	.	.	.	.	.	G	G	S	A	A	V	A	Q	D	H	D	S	F	E	Y	H	F	H	D	T	V	A	G	G	D	W	L	C	E	Q	D
Query Conservation																																														.	.	.	.	.
Alig confidence																								.	.																					.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	V	N	V	V	G	A	G	L	A	G	S	E	A	A	W	T	L	L	R	L	G	.	.	V	P	V	R	L	F	E	M	R	P	K	R	M	T	P	A	H	G	T	D	R	F	A	E	I	V	C	S	N	S	L	G	G	E	G	E	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S							S													T	T	.	.									T	T	T	S			S	S			S	S		T	T				S								S	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																								.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.			.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	V	D	Y	F	V	H	H	C	P	T	E	M	T	Q	L	E	L	W	G	C	P	W	S	R	R	P	D	G	S	V	N	V	R	R	F	G	G	M	K	I	E	R	T	W	F	A	A	D	K	T	G	F	H	M	L	H	T	L	F	Q	T	S	L	Q	F	P	Q	I	Q	R	F	D	E	H	F	V	L	D	I
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.											.	.	.	.																											.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.											.	.	.	.																											.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	N	A	K	G	L	L	Q	A	E	M	R	R	A	G	S	L	V	M	E	A	A	D	.	.	.	.	.	.	L	A	R	V	P	A	G	G	A	L	.	.	.	.	A	V	D	R	E	E	F	S	G	Y	I	T	E	R	L	T	G	H	P	L	L	E	V	V	R	E	.	E	V	R	E	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.													T	T									.	.	.	.	.	.		T					S	S			.	.	.	.																	T		T	T						S	.				S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.											.	.	.	.																											.
Template SS confidence
								62	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.							.	.	.	.	.	.	90	.	.	.					.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.		120	.	.	.	.
		162	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	V	D	D	G	H	V	R	G	L	V	A	M	N	M	M	E	G	T	L	V	Q	I	R	A	N	A	V	V	M	A	T	G	G	A	G	R	V	Y	R	Y	N	T	N	G	G	I	V	T	G	D	G	M	G	M	A	L	S	H	G	V	P	L	R	D	M	E	F	V	Q	Y	H	P	T	G	L	P	G	S	G
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	P	G	I	T	V	L	A	T	G	P	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S	E	A	L	A	E	A	L	K	R	R	F	G	D	H	F	L	A	Y	Y	D	A	A	S	P	I	V	L	Y	E	S
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S	S							T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															G	G	G													G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																									125	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.														.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.
		242	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																														.	.	.	.
Query SS confidence																																																																														.	.	.	.
Query Sequence		I	L	M	T	E	G	C	R	G	E	G	G	I	L	V	N	K	N	G	Y	R	Y	L	Q	D	Y	G	M	G	P	E	T	P	L	G	E	P	K	N	K	Y	M	E	L	G	P	R	D	K	V	S	Q	A	F	W	H	E	W	R	K	G	N	T	I	S	T	P	R	G	D	V	V	Y	L	D	L	.	.	.	.
Query Conservation																																																																														.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.																																							.																							.	.	.	.
Template Conservation													.	.	.	.																																							.
Template Sequence		I	D	L	T	K	C	F	R	A	G	R	.	.	.	.	Y	G	Q	S	A	D	Y	L	N	C	P	M	T	E	E	E	Y	R	R	F	H	Q	A	L	L	E	A	C	V	P	V	E	E	L	A	R	R	G	.	Y	Q	T	L	L	F	G	P	M	K	P	V	G	L	V	D	P	R	T	G	K	E	P	F	A	V
Template Known Secondary structure		S		G	G	G							.	.	.	.	T	T	S		T	T																																	.	T	T					T	T	T			T	T			B	T	T	T	T	B			S
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.																																							.
Template SS confidence
		169	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.					180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.		.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.
																					318	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.					.	.	.	.	.	370		.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																.	.	.	.							.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																.	.	.	.							.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	H	L	G	E	K	K	L	H	E	R	L	P	F	I	C	E	L	A	K	A	Y	V	G	V	D	P	V	K	E	P	I	P	V	R	P	T	A	H	Y	T	M	G	G	I	E	T	.	.	.	.	D	Q	N	C	E	T	.	R	I	K
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																.	.	.	.							.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.							.
Template Conservation																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	Q	L	R	Q	E	D	K	A	G	R	M	W	S	L	V	G	F	Q	T	G	L	K	W	P	E	Q	K	R	L	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	M	I	P	G	L	E	N	A	E	I	V	R	Y	G	V	M	H	R	N	T	Y	L	N	A	P	R	L	L	G	E	T	L	E	F	R	E	A	E
Template Known Secondary structure								S	T	T	S						T	T															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	S	T	T		T	T																					B		T	T	S	B	B	T	T	S	T
Template Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290											.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		374	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	L	F	A	V	G	E	C	S	S	V	G	L	H	G	A	N	R	L	G	S	N	S	L	A	E	L	V	V	F	G	R	L	A	G	E	Q	A	T	E	R	A	A	T	A	G	N	G	N	E	A	A
Query Conservation
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	L	Y	A	A	G	V	L	A	G	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	G	Y	L	E	S	A	A	T	G	F	L	A	G	L	N	A	A	R	K	A	L	G	L	P	P	V	A	P	P	E
Template Known Secondary structure		T					G	G	G	G	T	B	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S																					T								T
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340											.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.