Job Description P00363 Confidence 99.28% Date Thu Jan 5 10:56:34 GMT 2012 Rank 169 Aligned Residues 362 % Identity 17% Template c2v1dA_ PDB info PDB header:oxidoreductase/repressor Chain: A: PDB Molecule:lysine-specific histone demethylase 1; PDBTitle: structural basis of lsd1-corest selectivity in histone h32 recognition Resolution 3.10 Å

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		7	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.									50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70
Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																													.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	L	A	I	V	G	A	G	G	A	G	L	R	A	A	I	A	A	A	Q	A	N	P	N	A	K	I	A	L	I	S	K	V	Y	P	M	R	S	H	T	V	A	A	.	.	.	.	.	.	.	.	E	G	G	S	A	A	V	A	Q	D	H	D	S	F	E	Y	H	F	H	D	T	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																													.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																								.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.
Template Sequence		K	V	I	I	I	G	S	G	V	S	G	L	A	A	A	R	Q	L	Q	S	F	G	.	.	M	D	V	T	L	L	E	A	R	D	R	V	G	G	R	V	A	T	F	R	K	G	N	Y	V	A	D	L	G	A	M	V	V	T	G	L	G	G	N	P	M	A	V	V	S	K	Q	V	N	M	E	L	A	K	I	K
Template Known Secondary structure									S													T	T	.	.								S	S	S	S	S		T	T							T	T					S	S							S	B	T										T	T
Template Predicted Secondary structure																								.	.
Template SS confidence
		280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.			.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.
							71	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	V	A	G	G	D	W	L	C	E	Q	D	V	V	D	Y	F	V	H	H	C	P	T	E	M	T	Q	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	K	C	P	L	Y	E	A	N	G	Q	A	V	P	K	E	K	D	E	M	V	E	Q	E	F	N	R	L	L	E	A	T	S	Y	L	S	H	Q	L	D	F	N	V	L	N	N	K	P	V	S	L	G	Q	A	L	E	V	V	I	Q	L	Q	E	K	H	V	K	D	E	Q	I	E	H	W	K	K	I	V	K	T
Template Known Secondary structure							B		T	T	S	S	B																										T	S						T	T				B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		358	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	E	E	L	K	E	L	L	N	K	M	V	N	L	K	E	K	I	K	E	L	H	Q	Q	Y	K	E	A	S	E	V	K	P	P	R	D	I	T	A	E	F	L	V	K	S	K	H	R	D	L	T	A	L	C	K	E	Y	D	E	L	A	E	T	Q	G	K	L	E	E	K	L	Q	E	L	E	A	N	P	P	S
Template Known Secondary structure																																S		S	S																																									T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		438	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.
																						98	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	L	W	G	C	P	W	S	R	R	P	D	G	S	V	N	V	R	R	F	G	G	M	K	I	E	R	T	W	F	A	A	D	K	T	G	F	H	M	L	H	T	L	F	Q	T	S	L	Q	F	P	Q	I	Q	R	F	D	E	H	F
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.										.	.
Template Conservation																																																								.	.	.	.	.	.										.	.
Template Sequence		D	V	Y	L	S	S	R	D	R	Q	I	L	D	W	H	F	A	N	L	E	F	A	N	A	T	P	L	S	T	L	S	L	K	H	W	D	Q	D	D	D	F	E	F	T	G	S	H	L	T	V	R	N	G	Y	.	.	.	.	.	.	S	C	V	P	V	A	L	A	E	.	.	G	L	D	I	K	L	N	T	A
Template Known Secondary structure		S		S	S																			T	T	S		T	T	T	B	B	T	T	T	T	T	T	T	G	G	G			B	S						T	T		T	.	.	.	.	.	.	T								T	.	.	T						S
Template Predicted Secondary structure																																																								.	.	.	.	.	.										.	.
Template SS confidence
		518	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.							.	.	.	.	.	.	.	.	580			.	.	.	.	.	.	.	.	.
		158	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	L	D	I	L	V	D	D	G	H	V	R	G	L	V	A	M	N	M	M	E	G	T	L	V	Q	I	R	A	N	A	V	V	M	A	T	G	G	A	G	R	V	Y	R	Y	N	T	N	G	G	I	V	T	G	D	G	M	G	M	A	L	S	H	G	V	P	L	R	D	M	E	F	V	Q	Y	H	P	T	G	L
Query Conservation
Alig confidence																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	R	Q	V	R	Y	T	A	S	G	C	E	V	I	A	V	N	T	R	S	T	S	Q	T	F	I	Y	K	C	D	A	V	L	C	T	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	L	G	V	L	K	Q	Q	P	P	A	V	Q	F	V	P	P	L	P
Template Known Secondary structure									T	T									S	S	S	T	T								S							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								S	S		S	S				S
Template Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.
		238	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	G	S	G	I	L	M	T	E	G	C	R	G	E	G	G	I	L	V	N	K	N	G	Y	R	Y	L	Q	D	Y	G	M	G	P	E	T	P	L	G	E	P	K	N	K	Y	M	E	L	G	P	R	D	K	V	S	Q	A	F	W	H	E	W	R	K	G	N	T	I	S	T	P	R	G	D	V	V	Y	L	D	L
Query Conservation
Alig confidence																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	W	K	T	S	A	V	Q	R	M	G	F	G	N	L	N	K	V	V	L	C	F	D	R	V	F	W	D	P	S	V	N	L	F	G	H	V	G	S	T	T	A	S	R	G	E	L	F	L	F	W	N	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	K	A	P	I	L	L	A	L	V	A	G	E	A	A	G	I	M
Template Known Secondary structure											S													S	S			S		T	T									S	S	S	T	T	T	T	T	T							.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		645	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.										.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.
		318	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.		.	.	.	.	.	.	.	360	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																					.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																					.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	H	L	G	E	K	K	L	H	E	R	L	P	F	I	C	E	L	A	K	A	Y	V	G	V	D	P	V	K	E	P	I	P	V	R	.	P	T	A	H	Y	T	M	G	G	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	T	D	Q	N	C	E	T	R	I	K	G
Query Conservation																																					.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																					.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	N	I	S	D	D	V	I	V	G	R	C	L	A	I	L	K	G	I	F	G	S	S	A	V	P	Q	P	K	E	T	V	V	S	R	W	R	A	D	P	W	A	R	G	S	Y	S	Y	V	A	A	G	S	S	G	N	D	Y	D	L	M	A	Q	P	I	T	P	G	P	S	I	P	G	A	P	Q	P	I	P	R
Template Known Secondary structure		T	T	S																			T	T	T	S				S							T	T	T		T	T	T	S	S	S					B	T	T											S		B					S	S	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		716	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.
		375	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	F	A	V	G	E	C	S	S	V	G	L	H	G	A	N	R	L	G	S	N	S	L	A	E	L	V	V	F	G	R	L	A	G	E	Q	A	T	E	R	A	A	T	A	G
Query Conservation
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	F	F	A	G	E	H	T	I	R	N	.	.	.	.	.	.	.	Y	P	A	T	V	H	G	A	L	L	S	G	L	R	E	A	G	R	I	A	D	Q	F	L	G	A	M
Template Known Secondary structure						S	G	G	G		T	T	.	.	.	.	.	.	.	S	T	T	S																				S			G
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		796	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.								.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.