Job Description P77148 Confidence 99.37% Date Thu Jan 5 12:25:39 GMT 2012 Rank 47 Aligned Residues 323 % Identity 16% Template c2a8xA_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:dihydrolipoyl dehydrogenase; PDBTitle: crystal structure of lipoamide dehydrogenase from2 mycobacterium tuberculosis Resolution 2.40 Å

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		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	A	I	V	G	A	G	P	T	G	I	Y	T	L	F	S	L	L	Q	Q	Q	T	P	L	S	I	S	I	F	E	Q	A	D	E	A	G	V	G	M	P	Y	S	D	E	E	N	S	K	M	M	L	A	N	I	A	S	I	E	I	P	P	I	Y	C	T	Y	L	E	W	L	Q	K	Q	E	D	S	H	L	Q	R
Query Conservation
Alig confidence																						.	.												.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.	.												.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	V	V	L	G	A	G	P	G	G	Y	V	A	A	I	R	A	A	Q	L	.	.	G	L	S	T	A	I	V	E	P	K	Y	.	W	G	G	V	C	L	N	V	G	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	P	S	K	A	L	L	R	N	A	E	L	V	H	I	F	T
Template Known Secondary structure								S													T	.	.	T								S	S		.	T	T							S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																						.	.												.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.			.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.		.	.	.	40	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.
		84	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	G	V	K	K	E	T	L	H	D	R	Q	F	L	P	R	I	L	L	G	E	Y	F	R	D	Q	F	L	R	L	V	D	Q	A	R	Q	Q	K	F	A	V	A	V	Y	E	S	C	Q	V	T	D	L	Q	I	T	N	A	G	V	M	L	A	T	N	Q	D	L	P	S	E	T	F	D	L	A	V	I	A	T	G
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		K	D	A	K	A	F	G	I	S	G	E	V	T	F	D	Y	G	I	A	Y	D	R	S	R	K	V	A	E	G	R	V	A	G	V	H	F	L	X	K	K	N	K	I	T	E	I	H	G	Y	G	T	F	A	D	A	N	T	L	L	V	D	L	N	D	G	G	T	E	S	V	T	F	D	N	A	I	I	A	T	G
Template Known Secondary structure				T	T	T	T	T			S																															T	T											S	S	S	S							T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		64	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.
		164	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	V	W	P	D	E	E	E	A	T	R	T	Y	F	P	S	P	W	S	G	L	M	E	A	K	V	D	A	C	N	V	G	I	M	G	T	S	L	S	G	L	D	A	A	M	A	V	A	I	Q	H	G	S	F	I	E	D	D	K	Q	H	V	V	F	H	R	D	N	A	S	E	K	L	N	I	T	L	L	S	R
Query Conservation
Alig confidence																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	S	T	R	L	V	P	G	T	S	L	S	A	N	V	V	T	Y	E	E	Q	I	L	S	R	E	L	P	K	S	I	I	I	A	G	A	G	A	I	G	X	E	F	G	Y	V	L	K	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	G	V	D	V	T	I	V	E	F
Template Known Secondary structure								T	T				B	T	T									T		S	S			S								S													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T								S
Template Predicted Secondary structure																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		144	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	200	.	.
		244	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	G	I	L	P	E	A	D	F	Y	C	P	I	P	Y	E	P	L	H	I	V	T	D	Q	A	L	N	A	E	I	Q	K	G	E	E	G	L	L	D	R	V	F	R	L	I	V	E	E	I	K	F	A	D	P	D	W	S	Q	R	I	A	L	E	S	L	N	V	D	S	F	A	Q	A	W	F	A	E	R	K	Q
Query Conservation
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	P	R	A	L	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S	S	S	S	S	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		203	.	.	.	.	.
		324	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	D	P	F	D	W	A	E	K	N	L	Q	E	V	E	R	N	K	R	E	K	H	T	V	P	W	R	Y	V	I	L	R	L	H	E	A	V	Q	E	I	V	P	H	L	N	E	H	D	H	K	R	F	S	K	G	L	A	R	V	F	I	D	N	Y	A	A	I	P	S	E	S	I	R	R	L	L	A	L	R	E
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	E	D	A	D	V	S	K	E	I	E	K	Q	F	K
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																																			209	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.
		404	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.					.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.	.
Query SS confidence																											.	.	.	.
Query Sequence		A	G	I	I	H	I	L	A	L	G	E	D	Y	K	M	E	I	N	E	S	R	T	V	L	K	.	.	.	.	T	E	D	N	S	Y	S	F	D	V	F	I	D	A	R	G	Q	R	P	L	K	V	K	D	I	P	F	P	G	L	R	E	Q	L	Q	K	T	G	D	E	I	P	D	V	G	E	D	Y	T	L	Q
Query Conservation																											.	.	.	.
Alig confidence																											.	.	.	.																				.	.						.	.	.
Template Conservation																																																		.	.						.	.	.
Template Sequence		K	L	G	V	T	I	L	T	A	T	K	V	E	S	I	A	D	G	G	S	Q	V	T	V	T	V	T	K	D	G	V	A	Q	E	L	K	A	E	K	V	L	Q	A	I	G	F	A	P	.	.	N	V	E	G	Y	.	.	.	G	L	D	K	A	G	V	A	L	T	D	R	K	A	I	G	V	D	D	Y	X	R
Template Known Secondary structure				T						S										S	S								S	S	S								S						S					.	.			S	S	S	.	.	.						T			B		T	T	S	S	B				T	T	S	B
Template Predicted Secondary structure																																																		.	.						.	.	.
Template SS confidence
		224	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.			.	.	.	.	.				.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.
		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	P	E	D	I	R	G	R	V	A	F	G	A	L	P	W	L	M	H	D	Q	P	F	V	Q	G	L	T	A	C	A	E	I	G	E	A	M	A	R	A	V	V
Query Conservation
Alig confidence		.	.										.	.	.	.											.	.
Template Conservation		.	.										.	.	.	.											.	.
Template Sequence		.	.	T	N	V	G	H	I	Y	A	I	.	.	.	.	G	D	V	N	G	L	L	Q	L	A	.	.	H	V	A	E	A	Q	G	V	V	A	A	E	T	I	A
Template Known Secondary structure		.	.		S	S	T	T					.	.	.	.	G	G	G	G		S	S		S		.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.										.	.	.	.											.	.
Template SS confidence
				299	300	.	.	.	.	.	.	.					.	.	310	.	.	.	.	.	.	.			.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.