Job Description P77148 Confidence 99.58% Date Thu Jan 5 12:25:39 GMT 2012 Rank 19 Aligned Residues 283 % Identity 23% Template c1gthD_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: D: PDB Molecule:dihydropyrimidine dehydrogenase; PDBTitle: dihydropyrimidine dehydrogenase (dpd) from pig, ternary2 complex with nadph and 5-iodouracil Resolution 2.25 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.		.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80
Predicted Secondary structure																													.
Query SS confidence																													.
Query Sequence		K	K	I	A	I	V	G	A	G	P	T	G	I	Y	T	L	F	S	L	L	Q	Q	Q	T	P	L	S	.	I	S	I	F	E	Q	A	D	E	A	G	V	G	M	P	Y	S	D	E	E	N	S	K	M	M	L	A	N	I	A	S	I	E	I	P	P	I	Y	C	T	Y	L	E	W	L	Q	K	Q	E	D	S	H
Query Conservation																													.
Alig confidence																								.	.				.																	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.																					.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	K	I	A	L	L	G	A	G	P	A	S	I	S	C	A	S	F	L	A	R	L	.	.	G	Y	S	D	I	T	I	F	E	K	Q	E	Y	V	G	G	L	S	T	S	.	.	E	I	P	Q	F	R	L	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure										S														.	.	T									S	S	S	S		S	T					.	.	T	S		T	T	T	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																								.	.																					.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		188	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.			210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.			230	.	.	.	.	.	.	.
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	Q	R	Y	G	V	K	K	E	T	L	H	D	R	Q	F	L	P	R	I	L	L	G	E	Y	F	R	D	Q	F	L	R	L	V	D	Q	A	R	Q	Q	K	F	A	V	A	V	Y	E	S	C	Q	V	T	D	L	Q	I	T	N	A	G	V	M	L	A	T	N	Q	D	L	P	S	E	T	F	D	L	A	V	I
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	D	V	V	N	F	E	I	E	L	M	K	D	L	G	.	.	V	K	I	I	C	G	K	S	L	.	.	.	.	.	.	.	.	S	E	N	E	I	T	L	N	T	L	K	E	E	G	Y	K	A	A	F	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													T	T	T	.	.						S			B	.	.	.	.	.	.	.	.	S	T	T	S	B								T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.										.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																												238	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.			.	.	.	.	.	.	.	260	.									.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.
		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220
Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	T	G	H	V	W	P	D	E	E	E	A	T	R	T	Y	F	P	S	P	W	S	G	L	M	E	A	K	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	A	C	N	V	G	I	M	G	T	S	L	S	G	L	D	A	A	M	A	V	A	I	Q	H	G	S	F	I	E	D
Query Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.
Template Conservation																																																																														.	.	.	.
Template Sequence		G	I	G	L	P	E	P	K	T	D	D	I	F	Q	G	L	T	Q	D	Q	G	F	Y	T	S	K	D	F	L	P	L	V	A	K	S	S	K	A	G	M	C	A	C	H	S	P	L	P	S	I	R	G	A	V	I	V	L	G	A	G	D	T	A	F	D	C	A	T	S	A	L	R	C	G	A	R	.	.	.	.
Template Known Secondary structure												G	G	G	T	T			T	T	T	T																	T	T	T		S	S									S								S													T	T		S	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																														.	.	.	.
Template SS confidence
		282	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.
		221	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	K	Q	H	V	V	F	H	R	D	N	A	S	E	K	L	N	I	T	L	L	S	R	T	G	I	L	P	E	A	D	F	Y	C	P	I	P	Y	E	P	L	H	I	V	T	D	Q	A	L	N	A	E	I	Q	K	G	E	E	G	L	L	D	R	V	F	R	L	I	V	E	E	I	K	F	A	D	P	D	W	S
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	V	F	L	V	F	R	K	G	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							S	S		G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																		358	.	360	.	.	.	.	.	.	.
		301	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	R	I	A	L	E	S	L	N	V	D	S	F	A	Q	A	W	F	A	E	R	K	Q	R	D	P	F	D	W	A	E	K	N	L	Q	E	V	E	R	N	K	R	E	K	H	T	V	P	W	R	Y	V	I	L	R	L	H	E	A	V	Q	E	I	V	P	H	L	N	E	H	D	H	K	R	F	S	K	G	L	A
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		381	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	V	F	I	D	N	Y	A	A	I	P	S	E	S	I	R	R	L	L	A	L	R	E	A	G	I	I	H	I	L	A	L	G	E	D	Y	K	M	E	I	N	E	S	R	T	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	K	T	E	D	N	S	Y	S	F	D	V	F	I	D	A	R
Query Conservation																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																		.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	V	N	I	R	A	V	P	E	E	V	E	L	A	K	E	E	K	.	C	E	F	L	P	F	L	S	P	R	K	V	I	V	K	G	G	R	I	V	A	V	Q	F	V	R	T	E	Q	D	E	T	G	K	W	N	E	D	E	D	Q	I	V	H	L	K	A	D	V	V	I	S	A	F
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	G	G			S											T	T	.						S										S	S	S													S	S	S															S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Template SS confidence
										368	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.		.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.
		444	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470			.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.
Predicted Secondary structure																													.	.
Query SS confidence																													.	.
Query Sequence		G	Q	R	P	L	K	V	K	D	I	P	F	P	G	L	R	E	Q	L	Q	K	T	G	D	E	I	P	.	.	D	V	G	E	D	Y	T	L	Q	Q	P	E	D	I	R	G	R	V	A	F	G	A	L	P	W	L	M	H	D	Q	P	F	V	Q	G	L	T	A	C	A	E	I	G	E	A	M	A	R	A	V	V
Query Conservation																													.	.
Alig confidence						.	.						.	.	.														.	.														.	.	.	.	.
Template Conservation						.	.						.	.	.																													.	.	.	.	.
Template Sequence		G	S	V	L	.	.	R	D	P	K	V	.	.	.	K	E	A	L	S	P	I	K	F	N	R	W	D	L	P	E	V	D	P	E	T	M	Q	T	S	E	P	W	.	.	.	.	.	V	F	A	G	G	D	I	V	G	M	A	N	T	T	V	E	S	V	N	D	G	K	Q	A	S	W	Y	I	H	K	Y	I	Q
Template Known Secondary structure						.	.						.	.	.			T	T	T	T	S		B		T	T	S	S	B				T	T	T		B		S	S	T	T	.	.	.	.	.					G	G	G	G	T				S
Template Predicted Secondary structure						.	.						.	.	.																													.	.	.	.	.
Template SS confidence
		439	440	.	.			.	.	.	.	.				.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.						.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.
		522	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	P
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		A	Q
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		509	510