Job Description P28904 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:45:17 GMT 2012 Rank 58 Aligned Residues 368 % Identity 25% Template d3bmva4 SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases Amylase, catalytic domain Resolution 1.60

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		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40			.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.																				.	.	.
Query SS confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.																				.	.	.
Query Sequence		H	L	P	H	W	W	Q	N	G	V	I	Y	Q	I	Y	P	K	S	F	Q	D	T	T	G	S	G	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	D	L	R	G	V	I	Q	H	L	D	.	.	Y	L	H	K	L	G	V	D	A	I	W	L	T	P	F	Y	V	S	P	.	.	.
Query Conservation																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.																				.	.	.
Alig confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.																				.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	N	V	V	N	Y	S	T	D	V	I	Y	Q	I	V	T	D	R	F	V	D	G	N	T	S	N	N	P	T	G	D	L	Y	D	P	T	H	T	S	L	K	K	Y	F	G	G	D	W	Q	G	I	I	N	K	I	N	D	G	Y	L	T	G	M	G	V	T	A	I	W	I	P	Q	P	V	E	N	I	Y	A	V
Template Known Secondary structure		T		T	T			T	T								G	G	G	T					G	G	G	S			G	G	G	B		T	T	S		S	T	T	S	B														T	S	T	T	G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		7	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.
											60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	V	D	N	G	Y	D	V	A	N	Y	T	A	I	D	P	T	Y	G	T	L	D	D	F	D	E	L	V	T	Q	A	K	S	R	G	I	R	I	I	L	D	M	V	F	N	H	T	S	T	Q	H	A	W	F	R	E	A	L	N	K	E	S	P	Y	R	Q	F	Y	I	W	R
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	P	D	S	T	F	G	G	S	T	S	Y	H	G	Y	W	A	R	D	F	K	R	T	N	P	Y	F	G	S	F	T	D	F	Q	N	L	I	N	T	A	H	A	H	N	I	K	V	I	I	D	F	A	P	N	H	T	S	P	A	S	E	T	D	P	T	Y	A	E	N	G	R	L	Y	D	N	G	T	L	L	G
Template Known Secondary structure					T	T	T					S	T	T	S		S									T	T	T																T	T									T	T							S	S		T	T	S	T	T	T	T					T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		87	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	G	E	P	E	T	P	P	N	N	W	R	S	K	F	G	G	S	A	W	R	W	H	A	E	S	E	Q	Y	Y	L	H	L	F	A	P	E	Q	A	D	L	N	W	E	N	P	A	V	R	A	E	L	K	K	V	C	E	F	W	A	D	R	G	V	D	G	L	R	L	D	V	V	N	L	I	S	K	D	P	R
Query Conservation
Alig confidence					.	.																						.	.	.	.																																																.	.	.
Template Conservation					.	.																						.	.	.	.																																																.	.	.
Template Sequence		G	Y	T	.	.	N	D	T	N	G	Y	F	H	H	Y	G	G	T	D	F	S	S	Y	E	D	G	.	.	.	.	I	Y	R	N	L	F	D	L	A	D	L	N	Q	Q	N	S	T	I	D	S	Y	L	K	S	A	I	K	V	W	L	D	M	G	I	D	G	I	R	L	D	A	V	K	H	M	P	F	.	.	.
Template Known Secondary structure			S	T	.	.	T		T	T			B			S		B				S	S					.	.	.	.			S	B	S	T	T				B		T	T	S																	T	T							S		G	G	G	S			.	.	.
Template Predicted Secondary structure					.	.																						.	.	.	.																																																.	.	.
Template SS confidence
		167	.	.			170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190					.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.
		211	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	P	E	D	L	D	G	D	G	R	R	F	Y	T	D	G	P	R	A	H	E	F	L	H	E	M	N	R	D	V	F	T	P	R	G	L	M	T	V	G	E	M	S	S	T	S	L	E	H	C	Q	R	Y	A	A	L	T	G	S	E	L	S	M	T	F	N	F	H	H	L	K	V	D	Y	P	G	G	E	K	W
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																												.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																												.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	W	Q	K	N	F	M	D	S	I	L	S	Y	R	P	V	F	T	F	G	E	W	F	L	G	T	N	E	I	D	V	N	N	T	Y	F	A	N	E	S	G	M	S	L	L	D	F	R	F	S	Q	K	V	R	Q	V	F	R	D	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														S												T	T													S	S	S			B													T	S	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																												.
Template SS confidence
																						238	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.
		291	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	L	A	K	P	D	F	V	A	L	K	T	L	F	R	H	W	Q	Q	G	M	H	N	V	A	W	N	A	L	F	W	C	N	H	D	Q	P	R	I	V	S	R	F	G	D	E	G	E	Y	R	V	P	A	A	K	M	L	A	M	V	L	H	G	M	Q	G	T	P	Y	I	Y	Q	G	E	E	I	G	M	T	N
Query Conservation
Alig confidence		.	.																																												.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.																																												.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	N	T	D	T	M	Y	G	L	D	S	M	I	Q	S	T	A	S	D	Y	N	F	I	N	D	M	V	T	F	I	D	N	H	D	M	D	R	F	Y	N	G	G	S	T	.	.	.	.	.	.	R	P	V	E	Q	A	L	A	F	T	L	T	S	R	G	V	P	A	I	Y	Y	G	T	E	Q	Y	M	T	G
Template Known Secondary structure		.	.		S	S																	T	T	G	G	G					S			S	S	S			S			S	S		S	.	.	.	.	.	.													S	S	S						T	T	G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure		.	.																																												.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
				297	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.							340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.
		371	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	H	F	T	R	I	T	D	Y	R	D	V	E	S	L	N	M	F	A	E	L	R	N	D	G	R	D	A	D	E	L	L	A	I	L	A	S	K	S	R	D	N	S	R	T	P	M	Q	W	S	N	G	D	N	A	G	F	T	A	G	E	P	W	I	G	L	G	D	N	Y	Q	Q	I	N	V	E	A	A	L	A
Query Conservation
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	G	D	P	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	R	A	M	M	T	S	F	N	T	S	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			S	T	T	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G								T	T	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		369	370	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.
		451	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	D	S	S	V	F	Y	T	Y	Q	K	L	I	A	L	R	K	Q	E	A	I	L	T	W
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	A	Y	N	V	I	K	K	L	A	P	L	R	K	S	N	P	A	I	A	Y
Template Known Secondary structure		.	.	.	.									T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.
Template SS confidence
						387	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.