Job Description P28904 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:45:17 GMT 2012 Rank 43 Aligned Residues 401 % Identity 23% Template d2fhfa5 SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases Amylase, catalytic domain Resolution 1.65

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.												.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.
Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	T	H	L	P	H	W	W	Q	N	G	V	I	Y	Q	I	Y	P	K	S	F	Q	D	T	T	G	S	G	T	G	D	L	R	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	I	Q	H	L	D	Y	L	H	K	L	G	V	D	A	I	W	L	T	P	F	Y	V	S	P	Q	V	D	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	Q	K	T	K	A	D	L	A	K	M	T	I	H	E	S	H	I	R	D	L	S	A	W	D	Q	T	V	P	A	E	L	R	G	K	Y	L	A	L	T	A	Q	E	S	N	M	V	Q	H	L	K	Q	L	S	A	S	G	V	T	H	I	E	L	L	P	V	F	D	L	A	T	V	N	E	F	S	D	K	V	A
Template Known Secondary structure				S	S						T													T	T		T	T	S		G	G	G	T	T	S	G	G	G	G	G		T	T	S													T							S						S	S	S				G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		414	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.
																																																																	63	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	G	Y	D	V	A	N	Y	T	A	I	D	P	T	Y	G	T
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	I	Q	Q	P	F	S	R	L	C	E	V	N	S	A	V	K	S	S	E	F	A	G	Y	C	D	S	G	S	T	V	E	E	V	L	T	Q	L	K	Q	N	D	S	K	D	N	P	Q	V	Q	A	L	N	T	L	V	A	Q	T	D	S	Y	N	W	G	Y	D	P	F	H	Y	T	V	P	E	G	S	Y	A	T
Template Known Secondary structure			T	T	S	B													T	S	T	T	G	G	G	T	T	S	S		B									S	T	T		B	T	T	B											T	T	S	S	S															S	T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		494	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.
									80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.		.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.														.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.														.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	L	D	D	F	D	E	L	V	T	Q	A	K	S	.	R	G	I	R	I	I	L	D	M	V	F	N	H	T	S	T	Q	H	A	W	F	R	E	A	L	N	K	E	S	P	Y	R	Q	F	Y	I	W	R	D	G	E	P	E	T	P	P	N	N	W	R	S	K	F	G	G	S	A	W	R
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.														.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.														.																											.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	P	E	G	T	A	R	I	K	E	F	R	T	M	I	Q	A	I	K	Q	D	L	G	M	N	V	I	M	D	V	V	Y	N	H	T	N	A	A	G	P	T	D	R	T	S	V	L	.	D	K	I	V	P	W	Y	Y	Q	R	L	N	E	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				S	T	T																T	S										T	T			S			S	S	S		T	T				.				S	T	T	T	S	B		B		T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		574	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620		.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.
		152	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190		.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230
Predicted Secondary structure																																									.
Query SS confidence																																									.
Query Sequence		W	H	A	E	S	E	Q	Y	Y	L	H	L	F	A	P	E	Q	A	D	L	N	W	E	N	P	A	V	R	A	E	L	K	K	V	C	E	F	W	A	.	D	R	G	V	D	G	L	R	L	D	V	V	N	L	I	S	K	D	P	R	F	P	E	D	L	D	G	D	G	R	R	F	Y	T	D	G	P	R	A	H
Query Conservation																																									.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																																.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	G	S	V	E	S	A	T	C	C	S	D	S	A	P	E	H	R	M	F	A	K	L	I	A	D	S	L	A	V	W	T	T	D	Y	K	I	D	G	F	R	F	D	L	M	L	Y	H	P	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.			B			T	T	S	S			B		T	T	S																										T	T	G	G	G	S	B		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
										636	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.
		231	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.		.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	F	L	H	E	M	N	R	D	V	F	T	.	P	R	G	L	M	T	V	G	E	M	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	T	S	L	E	H	C	Q	R	Y	A	A	L	T	G	S	E	L	S	M	T	F	N	F	H	H	L	K	V	D	Y
Query Conservation														.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	Q	I	L	S	A	W	E	R	I	K	A	L	N	P	D	I	Y	F	F	G	E	G	W	D	S	N	Q	S	D	R	F	E	I	A	S	Q	I	N	L	K	G	T	G	I	G	T	F	S	D	R	L	R	D	A	V	R	G	G	G	P	F	D	S	G	D	A	L	R	Q	N	Q	G	V	G	S	G	A	G	V
Template Known Secondary structure													T	T		T	T											S		T	T	T	S		B			T	T	T	T	T	T	S	S															S		T	T			T	T								G	G	G	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		685	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.
		285	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.
Query SS confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.
Query Sequence		P	G	G	E	K	W	T	L	A	K	P	D	F	V	A	L	K	T	L	F	R	H	W	Q	Q	G	M	H	N	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	W	N	A	L	F	W	C	N	H	D	Q	P	R	I	V	S	R	F	G	.
Query Conservation																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.
Alig confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.
Template Conservation
Template Sequence		L	P	N	E	L	T	T	L	S	D	D	Q	A	R	H	L	A	D	L	T	R	L	G	M	A	G	N	L	A	D	F	V	L	I	D	K	D	G	A	V	K	R	G	S	E	I	D	Y	N	G	A	P	G	G	Y	A	A	D	P	T	E	V	V	N	Y	V	S	K	H	D	N	Q	T	L	W	D	M	I	S	Y
Template Known Secondary structure		S			S	S																				T	T		B	T	T						T	T	S					G	G	G	S			T	T			S			B	S	S	G	G	G					S			S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		765	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.
							335	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	D	E	G	E	Y	R	V	P	A	A	K	M	L	A	M	V	L	H	G	M	Q	G	T	P	Y	I	Y	Q	G	E	E	I	G	M	T	N	P	H	F	T	R	I	T	D	Y	R	D	V	E	S	L	N	M	F	A	E	L	R	N	D	G	R	D	A	D	E	L	L	A	I	L	A	S	K	S
Query Conservation		.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	A	A	Q	E	A	D	L	D	T	R	V	R	M	Q	A	V	S	L	A	T	V	M	L	G	Q	G	I	A	F	D	Q	Q	G	S	E	L	L	R	S	K	S	F	T	R	D	S	Y	D	S	G	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	F	N	R
Template Known Secondary structure			S		T	T																			T	S	S	S						T	T	G	G	G	T				T	T		S			T	T	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		845	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	900
		410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	D	N	S	R	T	P	M	Q	W	S	N	G	D	N	A	G	F	T	A	G	E	P	W	I	G	L	G	D	N	Y	Q	Q	I	N	V	E	A	A	L	A	D	D	S	S	V	F	Y	T	Y	Q	K	L	I	A	L	R	K	Q	E	A	I	L	T	W	G
Query Conservation
Alig confidence																										.
Template Conservation																										.
Template Sequence		V	D	Y	S	L	Q	D	N	N	Y	N	V	G	M	P	R	S	S	D	D	G	S	N	Y	.	D	I	I	A	R	V	K	D	A	V	A	T	P	G	E	T	E	L	K	Q	M	T	A	F	Y	Q	E	L	T	A	L	R	K	S	S	P	L	F	T	L	G
Template Known Secondary structure				T	T		S			S		S	S	S								G	G	G		.							T	T	S	S																							T	S		G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																										.
Template SS confidence
		901	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.		.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.