Job Description P28904 Confidence 98.20% Date Thu Jan 5 11:45:17 GMT 2012 Rank 126 Aligned Residues 232 % Identity 18% Template d1tz7a1 SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases Amylase, catalytic domain Resolution 2.15

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		16	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.		.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60			.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
Predicted Secondary structure																			.																													.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.																													.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	Y	P	K	S	F	Q	D	T	T	G	S	G	T	G	D	L	.	R	G	V	I	Q	H	L	D	Y	L	H	K	L	G	V	D	A	I	W	L	T	P	F	Y	V	S	P	Q	.	.	V	D	N	G	Y	D	V	A	N	Y	T	A	I	D	P	T	Y	G	T	L	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																			.																													.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.																													.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	L	L	H	V	T	S	L	P	S	P	Y	G	I	G	D	L	G	K	E	A	Y	R	F	L	D	F	L	K	E	C	G	F	S	L	W	Q	V	L	P	L	N	P	T	S	L	E	A	G	N	S	P	Y	S	S	N	S	L	F	A	G	N	Y	V	L	I	D	P	E	E	L	L	E	E	D	L	I	K	E	R
Template Known Secondary structure						G	G	G	S			S	S	S	S			S	S														T										S				G	G	G	T	T		T	T	S		S		S	S	S			G	G	G	S		T						T	T	S	S		G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	L	K	R	F	P	L	G	E	A	L	Y	E	V	V	Y	E	Y	K	K	E	L	L	E	K	A	F	K	N	F	R	R	F	E	L	L	E	D	F	L	K	E	H	S	Y	W	L	R	D	Y	A	L	Y	M	A	I	K	E	E	E	G	K	E	W	Y	E	W	D	E	E	L	K	R	R	E	K	E	A	L	K
Template Known Secondary structure		G						S		S																				T														T																			S		G	G	G	S						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		86	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.
																								82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																			.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																			.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	F	D	E	L	V	T	Q	A	K	S	R	G	I	R	I	I	L	D	M	V	F	N	H	T	S	T	Q	H	A	W	F	R	E	A	L	N	K	E	S	P	Y	R	Q	F	Y	I	W	R	D	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																			.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.												.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																														.												.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	V	L	N	K	L	K	G	R	F	Y	F	H	V	F	V	Q	F	V	F	F	K	Q	W	E	K	L	R	R	Y	A	R	E	R	G	I	S	I	V	G	D	L	P	M	.	Y	P	S	Y	S	S	A	D	V	W	T	.	.	.	.	.	.	.	N	P	E	L	F	K	L	D	G	D	L	K	P	L	F	V	A
Template Known Secondary structure							T																												T	T									S	.	S			S	S	S						.	.	.	.	.	.	.		G	G	G	B		B		T	T	S		B	S
Template Predicted Secondary structure																																														.												.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		166	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.		210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220								.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.
		132	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	E	P	E	T	P	P	N	N	W	R	S	K	F	G	G	S	A	W	R	W	H	A	E	S	E	Q	Y	Y	L	H	L	F	A	P	E	Q	A	D	L	N	W	E	N	P	A	V	R	A	E	L	K	K	V	C	E	F	W	A	D	R	G	V	D	G	L	R	L	D	V	V	N	L	I	S	K	D	P	R	F
Query Conservation
Alig confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.
Template Conservation																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.
Template Sequence		G	V	P	P	D	F	F	S	K	T	G	Q	L	W	G	N	P	V	Y	N	W	E	E	H	E	K	E	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	R	W	W	I	R	R	V	L	H	N	L	K	L	.	F	D	F	L	R	L	D	H	F	R	G	F	E	A	Y	W	E	V
Template Known Secondary structure							S	S	S	S	S									B								T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T												T	T	.		S					T	T	G	G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.
Template SS confidence
		238	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.		280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.
		212	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	E	D	L	D	G	D	G	R	R	F	Y	T	D	G	P	R	A	H	E	F	L	H	E	M	N	R	D	V	F	T	P	R	G	L	M	T	V	G	E	M	S	S	T	S	L	E	H	C	Q	R	Y	A	A	L	T	G	S	E	L	S	M	T	F	N	F	H	H
Query Conservation
Alig confidence																		.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.
Template Sequence		P	Y	G	E	E	T	A	V	N	G	R	W	V	K	A	P	.	.	.	.	G	K	T	L	F	K	K	L	L	S	Y	F	P	K	N	P	F	I	A	E	D	L	G	F	I	T	D	E	V	R	Y	L	R	E	T	F	K	I	P	G	S	R	V	I	E	F	A	F
Template Known Secondary structure			T	T		S	S	S	T	T								.	.	.	.												S	T	T									S	S												T	T							G	G	G	T	T
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.
Template SS confidence
		298	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.					.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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