Job Description P28904 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:45:17 GMT 2012 Rank 56 Aligned Residues 367 % Identity 26% Template d1pama4 SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases Amylase, catalytic domain Resolution 1.80

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		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40			.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.																				.	.	.	.	.
Query SS confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.																				.	.	.	.	.
Query Sequence		P	H	W	W	Q	N	G	V	I	Y	Q	I	Y	P	K	S	F	Q	D	T	T	G	S	G	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	D	L	R	G	V	I	Q	H	L	D	.	.	Y	L	H	K	L	G	V	D	A	I	W	L	T	P	F	Y	V	S	P	.	.	.	.	.
Query Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.																				.	.	.	.	.
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.																				.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	Q	N	F	S	T	D	V	I	Y	Q	I	F	T	D	R	F	S	D	G	N	P	A	N	N	P	T	G	A	A	F	D	G	S	C	T	N	L	R	L	Y	C	G	G	D	W	Q	G	I	I	N	K	I	N	D	G	Y	L	T	G	M	G	I	T	A	I	W	I	S	Q	P	V	E	N	I	Y	S	V	I	N
Template Known Secondary structure			S			T	T								G	G	G	T			S		G	G	G				G	G	G	B		T	T			S	T	T	S	B														T	T	T	T	G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		9	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.
								60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	Q	V	D	N	G	Y	D	V	A	N	Y	T	A	I	D	P	T	Y	G	T	L	D	D	F	D	E	L	V	T	Q	A	K	S	R	G	I	R	I	I	L	D	M	V	F	N	H	T	S	T	Q	H	A	W	F	R	E	A	L	N	K	E	S	P	Y	R	Q	F	Y	I	W	R	D	G	E
Query Conservation		.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	S	G	V	N	N	T	A	Y	H	G	Y	W	A	R	D	F	K	K	T	N	P	A	Y	G	T	M	Q	D	F	K	N	L	I	D	T	A	H	A	H	N	I	K	V	I	I	D	F	A	P	N	H	T	S	P	A	S	S	D	D	P	S	F	A	E	N	G	R	L	Y	D	N	G	N	L	L	G	G	Y	T
Template Known Secondary structure			T	T						T	T	S		S									T	T	T																T	T									T	T							S	S		T	T	S	T	T	T	T					T	T						S	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		89	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.
		134	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	E	T	P	P	N	N	W	R	S	K	F	G	G	S	A	W	R	W	H	A	E	S	E	Q	Y	Y	L	H	L	F	A	P	E	Q	A	D	L	N	W	E	N	P	A	V	R	A	E	L	K	K	V	C	E	F	W	A	D	R	G	V	D	G	L	R	L	D	V	V	N	L	I	S	K	D	P	R	F	P	E
Query Conservation
Alig confidence															.	.	.	.	.	.																																																								.	.	.	.	.	.
Template Conservation															.	.	.	.	.	.																																																								.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	D	T	Q	N	L	F	H	H	Y	G	G	T	.	.	.	.	.	.	D	F	S	T	I	E	N	G	I	Y	K	N	L	Y	D	L	A	D	L	N	H	N	N	S	S	V	D	V	Y	L	K	D	A	I	K	M	W	L	D	L	G	V	D	G	I	R	V	D	A	V	K	H	M	P	F	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T		T	T			B			S		B		.	.	.	.	.	.			S	S							S	B	S	T	T				B		T	T	S																	T	T							T	T	G	G	G	S			.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.																																																								.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		169	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.							.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.
		214	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	L	D	G	D	G	R	R	F	Y	T	D	G	P	R	A	H	E	F	L	H	E	M	N	R	D	V	F	T	P	R	G	L	M	T	V	G	E	M	S	S	T	S	L	E	H	C	Q	R	Y	A	A	L	T	G	S	E	L	S	M	T	F	N	F	H	H	L	K	V	D	Y	P	G	G	E	K	W	T	L	A
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																												.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																												.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	W	Q	K	S	F	M	A	T	I	N	N	Y	K	P	V	F	T	F	G	E	W	F	L	G	V	N	E	I	S	P	E	Y	H	Q	F	A	N	E	S	G	M	S	L	L	D	F	R	F	A	Q	K	A	R	Q	V	F	R	D	.	.	.	N
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														S												T	T													S	S	S			B													T	T	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																												.	.	.
Template SS confidence
																			237	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.				.
		294	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	P	D	F	V	A	L	K	T	L	F	R	H	W	Q	Q	G	M	H	N	V	A	W	N	A	L	F	W	C	N	H	D	Q	P	R	I	V	S	R	F	G	D	E	G	E	Y	R	V	P	A	A	K	M	L	A	M	V	L	H	G	M	Q	G	T	P	Y	I	Y	Q	G	E	E	I	G	M	T	N	P	H	F
Query Conservation
Alig confidence																																												.	.	.	.	.
Template Conservation																																												.	.	.	.	.
Template Sequence		T	D	N	M	Y	G	L	K	A	M	L	E	G	S	E	V	D	Y	A	Q	V	N	D	Q	V	T	F	I	D	N	H	D	M	E	R	F	H	T	S	N	G	D	.	.	.	.	.	R	R	K	L	E	Q	A	L	A	F	T	L	T	S	R	G	V	P	A	I	Y	Y	G	S	E	Q	Y	M	S	G	G	N	D
Template Known Secondary structure		S	S																S	T	T	G	G	G					S			T	T	S			S			T	T	S		.	.	.	.	.														S	S	S						T	T	G	G	G	T					S	T
Template Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.
Template SS confidence
		297	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.						.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.
		374	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	R	I	T	D	Y	R	D	V	E	S	L	N	M	F	A	E	L	R	N	D	G	R	D	A	D	E	L	L	A	I	L	A	S	K	S	R	D	N	S	R	T	P	M	Q	W	S	N	G	D	N	A	G	F	T	A	G	E	P	W	I	G	L	G	D	N	Y	Q	Q	I	N	V	E	A	A	L	A	D	D	S
Query Conservation
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	R	A	R	L	P	S	F	S	T	T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G								S		S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		372	.																																						.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.
		454	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	V	F	Y	T	Y	Q	K	L	I	A	L	R	K	Q	E	A	I	L	T	W
Query Conservation
Alig confidence		.
Template Conservation		.
Template Sequence		.	A	Y	Q	V	I	Q	K	L	A	P	L	R	K	S	N	P	A	I	A	Y
Template Known Secondary structure		.									T	T
Template Predicted Secondary structure		.
Template SS confidence
			387	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.