Job Description P28904 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:45:17 GMT 2012 Rank 67 Aligned Residues 378 % Identity 29% Template d1ji1a3 SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases Amylase, catalytic domain Resolution 1.60

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.		.
Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.
Query SS confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.
Query Sequence		H	L	P	H	W	W	Q	N	G	V	I	Y	Q	I	Y	P	K	S	F	Q	D	T	T	G	S	G	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	D	L	R	G	V	I	Q	H	L	D	Y	L	H	K	.	L
Query Conservation																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.
Alig confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.
Template Conservation
Template Sequence		K	T	P	D	W	L	K	N	G	V	M	Y	Q	I	F	P	D	R	F	Y	N	G	D	S	S	N	D	V	Q	T	G	S	Y	T	Y	N	G	T	P	T	E	K	K	A	W	G	S	S	V	Y	A	D	P	G	Y	D	N	S	L	V	F	F	G	G	D	L	A	G	I	D	Q	K	L	G	Y	I	K	K	T	L
Template Known Secondary structure																	G	G	G	T			S		G	G	G				T	T	S				T	T								T	T	S			S			T	T	S		G	G	G													T						T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		125	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.
		46	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.					.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.
Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.
Query SS confidence																																																		.	.	.	.
Query Sequence		G	V	D	A	I	W	L	T	P	F	Y	V	S	P	Q	V	D	N	G	Y	D	V	A	N	Y	T	A	I	D	P	T	Y	G	T	L	D	D	F	D	E	L	V	T	Q	A	K	S	R	.	.	.	.	G	I	R	I	I	L	D	M	V	F	N	H	T	S	T	Q	H	A	W	F	R	E	A	L	N	K	E	S
Query Conservation																																																		.	.	.	.
Alig confidence															.																																			.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.
Template Conservation															.																																																													.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	A	N	I	L	Y	L	N	P	I	F	K	A	.	P	T	N	H	K	Y	D	T	Q	D	Y	M	A	V	D	P	A	F	G	D	N	S	T	L	Q	T	L	I	N	D	I	H	S	T	A	N	G	P	K	G	Y	L	I	L	D	G	V	F	N	H	T	G	D	S	H	P	W	F	D	K	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure									S						.	S	S	S	S			S		S							T	T	T																S	S	S	S	S											S	B			T	T	S	T	T	T		T	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure															.																																																													.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		205	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.		.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.
		122	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.			.	.	.	.	180	.	.	.	.					.	.	.	.	.	190			.	.	.
Predicted Secondary structure																																																								.	.										.	.	.	.							.	.
Query SS confidence																																																								.	.										.	.	.	.							.	.
Query Sequence		P	Y	R	Q	F	Y	I	W	R	D	G	E	P	E	T	P	P	N	N	W	R	S	K	F	G	G	S	A	W	R	W	H	A	E	S	E	Q	Y	Y	L	H	L	F	A	P	E	Q	A	D	L	N	W	E	N	.	.	P	A	V	R	A	E	L	K	K	.	.	.	.	V	C	E	F	W	A	.	.	D	R	G
Query Conservation																																																								.	.										.	.	.	.							.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.										.	.	.	.							.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	Y	N	N	F	S	S	Q	G	A	Y	E	S	Q	S	S	P	W	Y	N	Y	Y	T	F	Y	T	W	P	D	S	Y	A	S	F	L	G	F	N	S	L	P	K	L	N	Y	G	N	S	G	S	A	V	R	G	V	I	Y	N	N	S	N	S	V	A	K	T	Y	L	N	P	P	Y	S
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	T			S	S	S			T	T	T		T	T		T	T	G	G	G	B					T	T	T						T	T						B	B	B			S	T	T								T	T	S	T	T	S							S	T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
										278	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		194	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.		.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.
Predicted Secondary structure																																																			.
Query SS confidence																																																			.
Query Sequence		V	D	G	L	R	L	D	V	V	N	L	I	S	K	D	P	R	F	P	E	D	L	D	G	D	G	R	R	F	Y	T	D	G	P	R	A	H	E	F	L	H	E	M	N	R	D	V	F	T	.	P	R	G	L	M	T	V	G	E	M	S	S	T	S	L	E	H	C	Q	R	Y	A	A	L	T	G	S	E	L	S
Query Conservation																																																			.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	D	G	W	R	L	D	A	A	Q	Y	V	D	A	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	N	N	G	S	D	V	T	N	H	Q	I	W	S	E	F	R	N	A	V	K	G	V	N	S	N	A	A	I	I	G	E	Y	W	G	N	A	N	P	W	T	A	Q	G	N	Q	W	D	A	A	T	N	F
Template Known Secondary structure								T	T	G	G	G		B	S	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T				S	S																			T	T								S	S			G	G	G	T	T	T	S	S	S		S			B		T
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.													.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.
		273	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.			.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350
Predicted Secondary structure																																												.	.
Query SS confidence																																												.	.
Query Sequence		M	T	F	N	F	H	H	L	K	V	D	Y	P	G	G	E	K	W	T	L	A	K	P	D	F	V	A	L	K	T	L	F	R	H	W	Q	Q	G	M	H	N	V	.	.	A	W	N	A	L	F	W	C	N	H	D	Q	P	R	I	V	S	R	F	G	D	E	G	E	Y	R	V	P	A	A	K	M	L	A	M	V
Query Conservation																																												.	.
Alig confidence																																												.	.																						.	.	.	.
Template Conservation																																																																			.	.	.	.
Template Sequence		D	G	F	T	Q	P	V	S	E	W	I	T	G	K	D	Y	Q	N	N	S	A	S	I	S	T	T	Q	F	D	S	W	L	R	G	T	R	A	N	Y	P	T	N	V	Q	Q	S	M	M	N	F	L	S	N	H	D	I	T	R	F	A	T	R	S	G	G	.	.	.	.	D	L	W	K	T	Y	L	A	L	I	F
Template Known Secondary structure		T	T	T									T	S	B		T	T	S		B																	T	T	S						T	T					S			T	T	S							T	T	T	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																			.	.	.	.
Template SS confidence
		418	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.					.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.
		351	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	H	G	M	Q	G	T	P	Y	I	Y	Q	G	E	E	I	G	M	T	N	P	H	F	T	R	I	T	D	Y	R	D	V	E	S	L	N	M	F	A	E	L	R	N	D	G	R	D	A	D	E	L	L	A	I	L	A	S	K	S	R	D	N	S	R	T	P	M	Q	W	S	N	G	D	N	A	G	F	T	A	G
Query Conservation
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	M	T	Y	V	G	T	P	T	I	Y	Y	G	D	E	Y	G	M	Q	G	G	A	D	P	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	R	R	S	F	D	W	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			T	T	S	S	S						T	T	G	G	G	T					S	T	T	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G					T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		494	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	520	.	.	.	.	.	.
		431	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	P	W	I	G	L	G	D	N	Y	Q	Q	I	N	V	E	A	A	L	A	D	D	S	S	V	F	Y	T	Y	Q	K	L	I	A	L	R	K	Q	E	A	I	L	T	W	G
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	A	T	P	S	N	S	A	V	A	L	T	Q	K	L	I	T	I	R	N	Q	Y	P	A	L	R	T	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S	T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																			527	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.