Job Description P28904 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:45:17 GMT 2012 Rank 78 Aligned Residues 373 % Identity 21% Template d1gjwa2 SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases Amylase, catalytic domain Resolution 2.1

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		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.															30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.							.	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	P	H	W	W	Q	N	G	V	I	Y	Q	I	Y	P	K	S	F	Q	D	T	T	G	S	G	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	D	L	R	G	V	I	Q	H	L	D	Y	L	H	K	L	G	V	D	A	I	W	L	T	P	F	Y	V	S	P	Q	V	.	.	.	.	.	.	D	N
Query Conservation																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	P	D	W	I	K	R	S	V	V	Y	G	S	L	P	R	T	T	A	A	Y	N	H	K	G	S	G	Y	Y	E	E	N	D	V	L	G	F	R	E	A	G	T	F	F	K	M	M	L	L	L	P	F	V	K	S	L	G	A	D	A	I	Y	L	L	P	V	S	R	M	S	D	L	F	K	K	G	D	A	P	S
Template Known Secondary structure		S	G	G	G	G	G	G												T				T	T	S	S	S				S	B		T	T	S		B		S									T								T															S	S		S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		77	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.
		64	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.									.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.																																																								.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.	.	.	.	.																																																								.	.	.
Query Sequence		G	Y	D	V	A	N	Y	T	A	I	D	P	T	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	G	T	L	D	D	F	D	E	L	V	T	Q	A	K	S	R	G	I	R	I	I	L	D	M	V	F	N	H	T	S	T	Q	H	A	W	F	R	E	A	L	N	K	E	S	P	Y	R	Q	F	Y	I	W	R	D	G	.	.	.
Query Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.																																																								.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.											.	.	.
Template Conservation																																																														.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	Y	S	V	K	N	P	M	E	L	D	E	R	Y	H	D	P	L	L	E	P	F	K	V	D	E	E	F	K	A	F	V	E	A	C	H	I	L	G	I	R	V	I	L	D	F	I	P	R	T	A	A	R	D	S	D	L	I	R	E	.	.	.	.	.	.	.	H	P	D	W	F	Y	W	I	K	V	E	E	L
Template Known Secondary structure		T	T	S									G	G	G	S		G	G	G	T	T	S																T	T									T	T				T	T		G	G	G	T	T	.	.	.	.	.	.	.		G	G	G	S					G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure																																																														.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		157	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.								.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		133	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	P	E	T	P	P	N	N	W	R	S	K	F	G	G	S	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	D	Y	T	P	P	R	A	E	E	L	P	F	K	V	P	D	E	D	E	L	E	I	I	Y	N	K	E	N	V	K	R	H	L	K	K	F	T	L	P	P	N	L	I	D	P	Q	K	W	E	K	I	K	R	E	E	G	N	I	L	E	L	I	V	K	E	F	G	I	I	T	P	P	G	F	S	D	L	I	N
Template Known Secondary structure		T	T							T	T	S		S	B												T	S								T	T	B																	T		S	S											S						B			S	S	B	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																										150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190		.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	R	W	H	A	E	S	E	Q	Y	Y	L	H	L	F	A	P	E	Q	A	D	L	N	W	E	N	P	A	V	R	A	E	L	K	K	V	C	E	F	W	A	.	D	R	G	V	D	G	L	R	L	D	V	V	N	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.
Template Conservation
Template Sequence		D	P	Q	P	T	W	D	D	V	T	F	L	R	L	Y	L	D	H	P	E	A	S	K	R	F	L	D	P	N	Q	P	P	Y	V	L	Y	D	V	I	K	A	S	K	F	P	G	K	E	P	N	R	E	L	W	E	Y	L	A	G	V	I	P	H	Y	Q	K	K	Y	G	I	D	G	A	R	L	D	M	G	H	A
Template Known Secondary structure				S			B	T	T							B	S	S			G	G	G	G	G	G	S		T	T												T	T	T	S			S	S	B									T	T																	S	S	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		205	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.		.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.
Predicted Secondary structure																																								.
Query SS confidence																																								.
Query Sequence		I	S	K	D	P	R	F	P	E	D	L	D	G	D	G	R	R	F	Y	T	D	G	P	R	A	H	E	F	L	H	E	M	N	R	D	V	F	T	.	P	R	G	L	M	T	V	G	E	M	S	S	T	S	L	E	H	C	Q	R	Y	A	A	L	T	G	S	E	L	S	M	T	F	N	F	H	H	L	K	V	D
Query Conservation																																								.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	P	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	L	L	D	L	I	I	K	N	V	K	E	Y	D	P	A	F	V	M	I	A	E	E	L	D	M	E	K	D	K	A	S	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	A	G	Y	D	V	I	L	G	S	S	W
Template Known Secondary structure		S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															T	T										G	G	G						.	.	.	.	.	.	.	.	.			T		S
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		390	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.										.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.
		284	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	P	G	G	E	K	W	T	L	A	K	P	D	F	V	A	L	K	T	L	F	R	H	W	Q	Q	G	M	H	N	V	A	W	N	A	L	F	W	C	N	H	D	Q	P	R	I	V	S	R	F	G	D	E	G	E	Y	R	V	P	A	A	K	M	L	A	M	V	L	H	G	M	Q	G	T	P	Y	I	Y	Q	G
Query Conservation
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.
Template Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.
Template Sequence		Y	F	A	G	R	V	E	E	I	G	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	P	D	I	A	E	E	L	V	L	P	F	L	A	S	V	E	T	P	D	T	P	R	I	A	T	R	K	Y	A	.	.	.	.	S	K	M	K	K	L	A	P	F	V	T	Y	F	L	P	N	S	I	P	Y	V	N	T	G
Template Known Secondary structure					T		T	T	T	G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							T		S	S						S			T	T	S			G	G	G	S	T	T		.	.	.	.													T	S	T	T							T	T
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.
Template SS confidence
		438	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.												.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.					.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.
		364	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	E	I	G	M	T	N	P	H	F	T	R	I	T	D	Y	R	D	V	E	S	L	N	M	F	A	E	L	R	N	D	G	R	D	A	D	E	L	L	A	I	L	A	S	K	S	R	D	N	S	R	T	P	M	Q	W	S	N	G	D	N	A	G	F	T	A	G	E	P	W	I	G	L	G	D	N	Y	Q	Q	I
Query Conservation
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	E	I	G	E	K	Q	P	M	N	L	G	L	D	T	D	P	N	L	R	K	V	L	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	T	D	E	F	F	G	K	L	A	F	F	D	H	Y	V	L	H	W	D	S	P	D	R	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		G	G	G	T			S		S				S	S			G	G	G	G	G		S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	S	T	T	T	T			T	T	T	S						T	T	S					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		503	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.														.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.
		444	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	V	E	A	A	L	A	D	D	S	S	V	F	Y	T	Y	Q	K	L	I	A	L	R	K	Q	E	A	I	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	L	N	F	I	K	K	L	I	K	V	R	H	E	F	L	D	F
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
													552	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.