Job Description P28904 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:45:17 GMT 2012 Rank 54 Aligned Residues 371 % Identity 25% Template d1cgta4 SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases Amylase, catalytic domain Resolution 2.00

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			30	.	.	.	.	.	.	.	.	.			40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.																				.	.
Query SS confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.																				.	.
Query Sequence		M	T	H	L	P	H	W	W	Q	N	G	V	I	Y	Q	I	Y	P	K	S	F	Q	D	T	T	G	S	G	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	D	L	R	G	V	I	Q	H	L	.	.	D	Y	L	H	K	L	G	V	D	A	I	W	L	T	P	F	Y	V	S	.	.
Query Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.																				.	.
Alig confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.																				.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	V	T	N	K	Q	S	F	S	T	D	V	I	Y	Q	V	F	T	D	R	F	L	D	G	N	P	S	N	N	P	T	G	A	A	Y	D	A	T	C	S	N	L	K	L	Y	C	G	G	D	W	Q	G	L	I	N	K	I	N	D	N	Y	F	S	D	L	G	V	T	A	L	W	I	S	Q	P	V	E	N	I	F
Template Known Secondary structure		S	T	T		T	T			T	T														S		G	G	G				G	G	G	B		T	T			S	T	T	S	B														T	T						T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.
											59	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	Q	V	D	N	G	Y	D	V	A	N	Y	T	A	I	D	P	T	Y	G	T	L	D	D	F	D	E	L	V	T	Q	A	K	S	R	G	I	R	I	I	L	D	M	V	F	N	H	T	S	T	Q	H	A	W	F	R	E	A	L	N	K	E	S	P	Y	R	Q	F	Y	I	W
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	T	I	N	Y	S	G	V	T	N	T	A	Y	H	G	Y	W	A	R	D	F	K	K	T	N	P	Y	F	G	T	M	A	D	F	Q	N	L	I	T	T	A	H	A	K	G	I	K	I	V	I	D	F	A	P	N	H	T	S	P	A	M	E	T	D	T	S	F	A	E	N	G	R	L	Y	D	N	G	T	L	V
Template Known Secondary structure		S					T	T						T	T	S		S									T	T	T																T	T									T	T							T	T		T	T	S	T	T	T	T					T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		85	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.
		130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	D	G	E	P	E	T	P	P	N	N	W	R	S	K	F	G	G	S	A	W	R	W	H	A	E	S	E	Q	Y	Y	L	H	L	F	A	P	E	Q	A	D	L	N	W	E	N	P	A	V	R	A	E	L	K	K	V	C	E	F	W	A	D	R	G	V	D	G	L	R	L	D	V	V	N	L	I	S	K	D	P
Query Conservation
Alig confidence											.	.	.	.	.	.																																																																.	.
Template Conservation											.	.	.	.	.	.																																																																.	.
Template Sequence		G	G	Y	T	N	D	T	N	G	.	.	.	.	.	.	Y	F	H	H	N	G	G	S	D	F	S	S	L	E	N	G	I	Y	K	N	L	Y	D	L	A	D	F	N	H	N	N	A	T	I	D	K	Y	F	K	D	A	I	K	L	W	L	D	M	G	V	D	G	I	R	V	D	A	V	K	H	M	P	L	.	.
Template Known Secondary structure				S	T	T		T	T		.	.	.	.	.	.		B			S		B				S	S							S	B	B	T	T				B		T	T	S																	T	T							S		G	G	G	S			.	.
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.																																																																.	.
Template SS confidence
		165	.	.	.	.	170	.	.	.							.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.
		210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	F	P	E	D	L	D	G	D	G	R	R	F	Y	T	D	G	P	R	A	H	E	F	L	H	E	M	N	R	D	V	F	T	P	R	G	L	M	T	V	G	E	M	S	S	T	S	L	E	H	C	Q	R	Y	A	A	L	T	G	S	E	L	S	M	T	F	N	F	H	H	L	K	V	D	Y	P	G	G	E	K
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	W	Q	K	S	W	M	S	S	I	Y	A	H	K	P	V	F	T	F	G	E	W	F	L	G	S	A	A	S	D	A	D	N	T	D	F	A	N	K	S	G	M	S	L	L	D	F	R	F	N	S	A	V	R	N	V	F	R	D
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														S											S	S	S	S												S	S	S			B													T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																							237	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.
		290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		W	T	L	A	K	P	D	F	V	A	L	K	T	L	F	R	H	W	Q	Q	G	M	H	N	V	A	W	N	A	L	F	W	C	N	H	D	Q	P	R	I	V	S	R	F	G	D	E	G	E	Y	R	V	P	A	A	K	M	L	A	M	V	L	H	G	M	Q	G	T	P	Y	I	Y	Q	G	E	E	I	G	M	T
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.																																											.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.																																											.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	N	T	S	N	M	Y	A	L	D	S	M	I	N	S	T	A	T	D	Y	N	Q	V	N	D	Q	V	T	F	I	D	N	H	D	M	D	R	F	K	T	S	A	V	.	.	.	.	.	N	N	R	R	L	E	Q	A	L	A	F	T	L	T	S	R	G	V	P	A	I	Y	Y	G	T	E	Q	Y	L	T
Template Known Secondary structure		.	.	.		S	S																	T	T	G	G	G	S				S			T	T	S			S			T	T	S	.	.	.	.	.															S	S	S						T	T	G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.																																											.	.	.	.	.
Template SS confidence
					296	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.						.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.
		370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	P	H	F	T	R	I	T	D	Y	R	D	V	E	S	L	N	M	F	A	E	L	R	N	D	G	R	D	A	D	E	L	L	A	I	L	A	S	K	S	R	D	N	S	R	T	P	M	Q	W	S	N	G	D	N	A	G	F	T	A	G	E	P	W	I	G	L	G	D	N	Y	Q	Q	I	N	V	E	A	A	L
Query Conservation
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	N	G	D	P	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	R	A	K	M	P	S	F	S	K	S	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				S	T	T	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G								S		S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		368	.	370	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.
		450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	D	D	S	S	V	F	Y	T	Y	Q	K	L	I	A	L	R	K	Q	E	A	I	L	T	W
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	A	F	N	V	I	S	K	L	A	P	L	R	K	S	N	P	A	I	A	Y
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.									T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.
Template SS confidence
							387	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.