Job Description P28904 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:45:17 GMT 2012 Rank 13 Aligned Residues 478 % Identity 25% Template c3ucqA_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:amylosucrase; PDBTitle: crystal structure of amylosucrase from deinococcus geothermalis Resolution 1.97 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		4	.	.	.	.	.			10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.			.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.																																																					.	.
Query SS confidence								.	.																																																					.	.
Query Sequence		L	P	H	W	W	Q	.	.	N	G	V	I	Y	Q	I	Y	P	K	S	F	Q	D	T	T	G	S	G	T	G	D	L	R	G	V	I	Q	H	L	D	Y	L	H	K	L	G	V	D	A	I	W	L	T	P	F	Y	V	S	P	Q	V	.	.	D	N	G	Y	D	V	A	N	Y	T	A	I	D	P	T	Y	G	T
Query Conservation								.	.																																																					.	.
Alig confidence								.	.														.	.	.	.	.	.	.																																	.	.
Template Conservation																							.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	P	D	W	L	Q	R	P	E	M	V	G	Y	V	A	Y	T	D	R	F	A	.	.	.	.	.	.	.	G	T	L	K	G	V	E	E	R	L	D	Y	L	E	G	L	G	V	K	Y	L	H	L	M	P	L	L	R	P	R	E	G	E	N	D	G	G	Y	A	V	Q	D	Y	R	A	V	R	P	D	L	G	T
Template Known Secondary structure			T	T	G	G	G	S	T	T													.	.	.	.	.	.	.	S	S						T	T							T	T														S	S			G	G	G	T	S									G	G	G
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.								.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.
		80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.						.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																								.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																								.	.	.	.	.
Query Sequence		L	D	D	F	D	E	L	V	T	Q	A	K	S	R	G	I	R	I	I	L	D	M	V	F	N	H	T	S	T	Q	H	A	W	F	R	E	A	L	N	K	E	S	P	Y	R	Q	F	Y	I	W	R	D	G	E	.	.	.	.	.	P	E	T	P	P	N	N	W	R	S	K	F	G	G	S	A	W	R	W	H	A
Query Conservation																																																								.	.	.	.	.
Alig confidence																																																								.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		M	D	D	L	S	A	L	A	R	A	L	R	G	R	G	I	S	L	V	L	D	L	V	L	N	H	V	A	R	E	H	A	W	A	Q	K	A	R	A	G	D	P	K	Y	R	A	Y	F	H	L	F	P	D	R	R	G	P	D	A	F	E	A	T	L	P	E	I	F	P	D	F	A	P	G	N	F	S	W	D	E
Template Known Secondary structure															T	T										S				T	T	S								T	T						T	T	B				S	S	S								T	T				S		T	T	T	S		S	S					T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		155	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.
		155	.	.	.					.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230
Predicted Secondary structure						.	.	.	.
Query SS confidence						.	.	.	.
Query Sequence		E	S	E	Q	.	.	.	.	Y	Y	L	H	L	F	A	P	E	Q	A	D	L	N	W	E	N	P	A	V	R	A	E	L	K	K	V	C	E	F	W	A	D	R	G	V	D	G	L	R	L	D	V	V	N	L	I	S	K	D	P	R	F	P	E	D	L	D	G	D	G	R	R	F	Y	T	D	G	P	R	A	H
Query Conservation						.	.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	I	G	E	G	E	G	G	W	V	W	T	T	F	N	S	Y	Q	W	D	L	N	W	A	N	P	D	V	F	L	E	F	V	D	I	I	L	Y	L	A	N	R	G	V	E	V	F	R	L	D	A	I	A	F	I	W	K	R	L	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	D	C	Q	N	Q	P	E	V	H
Template Known Secondary structure		T	S	S	S	S	S							S	S	S	T	T				B		T	T	S																T	T	T							T	T	G	G	G	S				T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S		S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		235	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.											.	.	.	.	.	300	.	.	.	.
		231	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.		.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.			.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.																										.	.
Query SS confidence														.																										.	.
Query Sequence		E	F	L	H	E	M	N	R	D	V	F	T	.	P	R	G	L	M	T	V	G	E	M	S	S	T	S	L	E	H	C	Q	R	Y	A	A	L	T	.	.	G	S	E	L	S	M	T	F	N	F	H	H	L	K	V	D	Y	P	G	G	E	K	W	T	L	A	K	P	D	F	V	A	L	K	T	L	F	R	H	W
Query Conservation														.																										.	.
Alig confidence														.																										.	.																					.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																														.	.	.	.	.	.
Template Sequence		H	L	T	R	A	L	R	A	A	A	R	I	V	A	P	A	V	A	F	K	A	E	A	I	V	A	P	A	D	L	I	H	Y	L	G	T	R	A	H	H	G	K	V	S	D	M	A	Y	H	N	S	L	M	V	Q	L	W	S	S	L	.	.	.	.	.	.	A	S	R	N	T	R	L	F	E	E	A	L	R	A
Template Known Secondary structure																T	T															G	G	G	T			S	S	S	S			S		S																.	.	.	.	.	.														T
Template Predicted Secondary structure																																																														.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		305	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.							.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.
		308	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	Q	G	M	H	N	V	A	W	N	A	L	F	W	C	N	H	D	Q	P	R	I	V	S	R	F	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	P	P	K	P	T	S	T	T	W	G	L	Y	V	R	C	H	D	D	I	G	W	A	I	S	D	E	D	A	A	R	A	G	L	N	G	A	A	H	R	H	F	L	S	D	F	Y	S	G	Q	F	P	G	S	F	A	R	G	L	V	F	Q	Y	N	P	V	N	G	D	R	R	I	S	G	S	A	A	S	L	A
Template Known Secondary structure							T	T							S			S	S		B												T	T															T	T		S	T	T									S			T	T	T													T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		379	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.
													335	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	E	G	E	Y	R	V	P	A	A	K	M	L	A	M	V	L	H	G	M	Q	G	T	P	Y	I	Y	Q	G	E	E	I	G	M	T	N	P	H	F	T	R	I	T	D	Y	R	D	V	E	S	L	N	M	F	A	E	L	R	N	D	G	R	D	A	D	E	L	L	A
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	L	E	A	A	L	E	T	G	D	P	G	R	I	E	D	A	V	R	R	L	L	L	L	H	T	V	I	L	G	F	G	G	V	P	L	L	Y	M	G	D	E	L	A	L	L	N	D	Y	A	F	E	D	V	P	E	H	A	P	D	N	R	W	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T																														S	S	S						T	T	G	G	G	T					G	G	G	G	G	S	T	T	T	T	T		G	G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		459	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.
		404	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.		.
Predicted Secondary structure																																																																																.
Query SS confidence																																																																																.
Query Sequence		I	L	A	S	K	S	R	D	N	S	R	T	P	M	Q	W	S	N	G	D	N	A	G	F	T	A	G	E	P	W	I	G	L	G	D	N	Y	Q	Q	I	N	V	E	A	A	L	A	D	D	S	S	V	F	Y	T	Y	Q	K	L	I	A	L	R	K	Q	E	A	I	L	T	W	G	N	Y	Q	D	L	L	.	P
Query Conservation																																																																																.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	R	P	Q	M	D	W	A	L	A	E	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	R	Q	E	P	S	S	P	A	G	R	V	N	T	G	L	R	H	L	L	R	V	R	R	D	T	P	Q	L	H	A	S	I	E	S	Q	V	L	P	S
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	G												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					T	T	S																		T		G	G	G		T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
											523	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.
		483	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.				.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																					.	.	.
Query SS confidence																																					.	.	.
Query Sequence		N	S	P	V	L	W	C	Y	R	R	E	W	K	G	Q	T	L	L	V	I	A	N	L	S	R	E	I	Q	P	W	Q	A	G	Q	M	.	.	.	R	G	N	W	Q	L	V	M	H	N	Y	E	E	A	S	P	Q	P	C	A	M	N	L	R	P	F	E	A	V	W	W
Query Conservation																																					.	.	.
Alig confidence																																					.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	D	S	R	A	L	L	L	R	R	D	H	P	L	G	G	M	V	Q	V	Y	N	F	S	E	E	T	V	M	L	P	S	H	V	L	R	D	V	L	G	D	H	V	Q	D	R	L	S	G	S	A	F	R	L	D	R	P	T	V	R	L	E	G	Y	R	A	L	W	L
Template Known Secondary structure		S	S	T	T									T	T										S	S	S						T									S					T	T	T						S	S	S	S						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		575	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.