Job Description P28904 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:45:17 GMT 2012 Rank 34 Aligned Residues 450 % Identity 20% Template c3m07A_ PDB info PDB header:unknown function Chain: A: PDB Molecule:putative alpha amylase; PDBTitle: 1.4 angstrom resolution crystal structure of putative alpha2 amylase from salmonella typhimurium. Resolution 1.40 Å

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		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.		.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																											.
Query SS confidence																																																											.
Query Sequence		P	H	W	W	Q	N	G	V	I	Y	Q	I	Y	P	K	S	F	Q	D	T	T	G	S	G	T	G	D	L	R	G	V	I	Q	H	L	D	Y	L	H	K	L	G	V	D	A	I	W	L	T	P	F	Y	V	S	P	Q	V	.	D	N	G	Y	D	V	A	N	Y	T	A	I	D	P	T	Y	G	T	L	D	D	F
Query Conservation																																																											.
Alig confidence																						.	.	.	.	.																																	.
Template Conservation																						.	.	.	.	.
Template Sequence		G	S	R	W	E	Q	A	V	V	Y	E	M	H	T	G	T	F	T	P	E	.	.	.	.	.	G	T	F	R	A	A	I	A	K	L	P	Y	L	A	E	L	G	V	T	V	I	E	V	M	P	V	A	Q	F	G	G	E	R	G	W	G	Y	D	G	V	L	L	Y	A	P	H	S	A	Y	G	T	P	D	D	F
Template Known Secondary structure					G	G	G												S	S	S	.	.	.	.	.		S						T	T								T													S	S	S				S	T	T									T	T	T
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.
Template SS confidence
		107	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.						.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.
		84	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	E	L	V	T	Q	A	K	S	R	G	I	R	I	I	L	D	M	V	F	N	H	T	S	T	Q	H	A	W	F	R	E	A	L	N	K	E	S	P	Y	R	Q	F	Y	I	W	R	D	G	E	P	E	T	P	P	N	N	W	R	S	K	F	G	G	S	A	W	R	W	H	A	E	S	E	Q	Y	Y	L	H	L
Query Conservation
Alig confidence																																		.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	A	F	I	D	A	A	H	G	Y	G	L	S	V	V	L	D	I	V	L	N	H	F	G	P	E	G	N	Y	L	P	L	.	.	.	.	.	.	.	L	A	P	A	F	F	H	K	E	R	M	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure											T	T										S				S	S	S						.	.	.	.	.	.	.			G	G	G								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		182	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.								.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.
		164	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190		.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.
Predicted Secondary structure																													.
Query SS confidence																													.
Query Sequence		F	A	P	E	Q	A	D	L	N	W	E	N	P	A	V	R	A	E	L	K	K	V	C	E	F	W	A	.	D	R	G	V	D	G	L	R	L	D	V	V	N	L	I	S	K	D	P	R	F	P	E	D	L	D	G	D	G	R	R	F	Y	T	D	G	P	R	A	H	E	F	L	H	E	M	N	R	D	V	F	T
Query Conservation																													.
Alig confidence		.	.																										.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	P	W	G	N	G	I	A	Y	D	V	D	A	V	R	R	Y	I	I	E	A	P	L	Y	W	L	T	E	Y	H	L	D	G	L	R	F	D	A	I	D	Q	I	E	D	S	S	A	R	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	L	V	E	I	A	Q	R	I	R	E
Template Known Secondary structure		.	.	T	T						T	T	S																		T	T		S					T	T	G	G	G					S	S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
				226	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.
					243	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.							.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.
Predicted Secondary structure		.	.	.																																																			.	.	.	.	.	.																				.	.
Query SS confidence		.	.	.																																																			.	.	.	.	.	.																				.	.
Query Sequence		.	.	.	P	R	G	L	M	T	V	G	E	M	S	S	T	S	L	E	H	C	Q	R	Y	A	A	L	T	G	S	E	L	S	M	T	F	N	F	H	H	L	K	V	D	Y	P	G	G	E	K	W	T	L	.	.	.	.	.	.	A	K	P	D	F	V	A	L	K	T	L	F	R	H	W	Q	Q	G	M	.	.
Query Conservation		.	.	.																																																			.	.	.	.	.	.																				.	.
Alig confidence		.	.	.																																																			.	.	.	.	.	.																				.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	I	T	D	R	P	I	H	L	T	T	E	D	S	R	N	I	I	S	L	H	P	R	D	Q	D	G	N	A	P	L	F	T	A	E	W	N	D	D	F	H	N	A	V	H	V	F	A	T	G	E	T	Q	A	Y	Y	N	D	F	A	D	A	P	E	K	H	L	A	R	A	L	A	E	G	F	A	Y	Q	G	E
Template Known Secondary structure					S	S									S	S				T	T	S				T	T	S			S	S		S																				S	G	G	G	G	G	G		S													S		S		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		285	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.
																	312	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.		340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	N	V	A	W	N	A	L	F	W	C	N	H	D	Q	P	R	I	V	S	R	F	G	D	E	G	E	Y	.	R	V	P	A	A	K	M	L	A	M	V	L	H	G	M	Q	G	T	P	Y	I	Y	Q	G	E	E	I	G	M	T	N	P	H	F	T	R
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.
Template Conservation
Template Sequence		I	S	P	Q	T	G	E	P	R	G	V	K	S	T	G	Q	P	P	V	A	F	V	D	F	I	Q	N	H	D	Q	V	G	N	R	A	Q	G	D	R	L	I	T	L	A	G	A	E	R	T	K	V	L	L	A	T	L	L	L	S	P	H	I	P	L	L	F	M	G	E	E	Y	G	E	S	R	P	F	L	F	F
Template Known Secondary structure		B		T	T	T	S	S	B						T	T	S		G	G	G					S								T	S	T	T																							S	S	S						T	T	G	G	G	T			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		365	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.
		376	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	T	D	Y	R	D	V	E	S	L	N	M	F	A	E	L	R	N	D	G	R	D	A	D	E	L	L	A	I	L	A	S	K	S	R	D	N	S	R	T	P	M	Q	W	S	N	G	D	N	A	G	F	T	A	G	E	P	W	I	G	L	G	D	N	Y	Q	Q	I	N	V	E	A	A	L	A	D	D	S	S	V
Query Conservation
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	D	F	H	G	D	L	A	R	A	V	R	E	G	R	A	K	E	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	D	H	A	G	E	N	V	P	D	P	N	A	P	E	T	F	Q	R	S	K	L	N	.	.	.	.	.	.	W	K	Q	Q	H	S	E	E	G	K	A	W
Template Known Secondary structure																			T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G	T	T						T	T	S						T	T	S			.	.	.	.	.	.						S
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		445	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.							.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.
		456	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.					.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.
Predicted Secondary structure																								.	.	.	.
Query SS confidence																								.	.	.	.
Query Sequence		F	Y	T	Y	Q	K	L	I	A	L	R	K	Q	E	A	I	L	T	W	G	N	Y	.	.	.	.	Q	D	L	L	P	N	S	P	V	L	W	C	Y	R	R	E	W	K	G	Q	T	L	L	V	I	A	N	L	S	R	E	I	Q	P	W	Q	A	G	Q	M	R	G	N	W	Q	L	V	M	H	N	Y	E	E	A
Query Conservation																								.	.	.	.
Alig confidence																								.	.	.	.																																							.	.	.	.
Template Conservation																																																																		.	.	.	.
Template Sequence		L	A	F	T	R	E	L	L	L	L	R	Q	K	H	I	V	P	L	L	S	A	A	R	E	S	S	G	T	V	L	Q	T	A	P	G	F	I	A	V	S	W	R	F	P	G	G	T	L	S	L	A	L	N	I	S	A	T	T	V	L	L	P	D	L	.	.	.	.	P	G	K	T	L	F	A	W	P	N	E	S
Template Known Secondary structure																T					T	T			S										T	T									T	T										S	S	S								.	.	.	.		S							S
Template Predicted Secondary structure																																																																		.	.	.	.
Template SS confidence
		499	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.					.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.
		532	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	P	Q	P	C	A	M	N	L	R	P	F	E	A	V	W	W	L	Q	K
Query Conservation
Alig confidence			.	.	.	.	.
Template Conservation			.	.	.	.	.
Template Sequence		T	.	.	.	.	.	G	S	L	S	Q	H	S	L	I	V	R	L	A	Q
Template Known Secondary structure		S	.	.	.	.	.	S				T	T
Template Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.
Template SS confidence
		575						.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.