Job Description P28904 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:45:17 GMT 2012 Rank 61 Aligned Residues 407 % Identity 22% Template c3dhuC_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: C: PDB Molecule:alpha-amylase; PDBTitle: crystal structure of an alpha-amylase from lactobacillus2 plantarum Resolution 2.00 Å

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		8	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.							.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																									.	.	.	.	.	.
Query Sequence		W	Q	N	G	V	I	Y	Q	I	Y	P	K	S	F	Q	D	T	T	G	S	G	T	G	D	L	R	G	V	I	Q	H	L	D	Y	L	H	K	L	G	V	D	A	I	W	L	T	P	F	Y	V	S	P	Q	V	D	.	.	.	.	.	.	N	G	Y	D	V	A	N	Y	T	A	I	D	P	T	Y	G	T	L	D
Query Conservation																																																									.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.
Template Conservation																			.	.	.	.	.
Template Sequence		L	R	N	E	M	I	Y	S	V	F	V	R	N	Y	S	E	A	.	.	.	.	.	G	N	F	A	G	V	T	A	D	L	Q	R	I	K	D	L	G	T	D	I	L	W	L	L	P	I	N	P	I	G	E	V	N	R	K	G	T	L	G	S	P	Y	A	I	K	D	Y	R	G	I	N	P	E	Y	G	T	L	A
Template Known Secondary structure		G	G	G												S	S	S	.	.	.	.	.		S						T	T								T		S								S		B			T	T			T	T	T			T	T	S	B	S		T	T	S			G	G	G
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.
Template SS confidence
		9	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.						.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	F	D	E	L	V	T	Q	A	K	S	R	G	I	R	I	I	L	D	M	V	F	N	H	T	S	T	Q	H	A	W	F	R	E	A	L	N	K	E	S	P	Y	R	Q	F	Y	I	W	R	D	G	E	P	E	T	P	P	N	N	W	R	S	K	F	G	G	S	A	W	R	W	H	A	E	S	E	Q	Y	Y	L
Query Conservation
Alig confidence																																				.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																				.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	F	K	A	L	T	D	R	A	H	E	L	G	M	K	V	M	L	D	I	V	Y	N	H	T	S	P	D	S	V	L	A	T	E	.	.	.	.	.	.	.	H	P	E	W	F	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	D	A	D	G	Q	L	T	N	K
Template Known Secondary structure													T	T										S				T	T	S						.	.	.	.	.	.	.		G	G	G	B		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B		T	T	S		B			S
Template Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		84	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.								.	.	120	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	130	.	.	.
		162	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	L	F	A	P	E	Q	A	D	L	N	W	E	N	P	A	V	R	A	E	L	K	K	V	C	E	F	W	A	D	R	G	V	D	G	L	R	L	D	V	V	N	L	I	S	K	D	P	R	F	P	E	D	L	D	G	D	G	R	R	F	Y	T	D	G	P	R	A	H	E	F	L	H	E	M	N	R	D	V	F
Query Conservation
Alig confidence																																.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	G	D	W	S	D	V	K	D	L	D	Y	G	H	H	E	L	W	Q	Y	Q	I	D	T	L	L	Y	W	S	Q	.	F	V	D	G	Y	R	C	D	V	A	P	L	V	P	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	F	W	L	E	A	R	K	Q	V	N
Template Known Secondary structure			T	T		T	T				B		T	T		T														T	T	.	T		S					T	T	G	G	G	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		134	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.		.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		242		.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270				.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.																													.	.	.
Query SS confidence			.																													.	.	.
Query Sequence		T	.	P	R	G	L	M	T	V	G	E	M	S	S	T	S	L	E	H	C	Q	R	Y	A	A	L	T	G	S	E	.	.	.	L	S	M	T	F	N	F	H	H	L	K	V	D	Y	P	G	G	E	K	W	T	L	A	K	P	D	F	V	A	L	K	T	L	F	R	H	W	Q	Q	G	M	H	N	V	A	W	N
Query Conservation			.																													.	.	.
Alig confidence			.																													.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	K	Y	P	E	T	L	W	L	A	E	S	A	G	S	G	F	I	E	E	L	R	S	Q	G	Y	T	G	L	S	D	S	E	L	Y	Q	A	F	D	M	T	Y	D	Y	D	V	F	G	D	F	K	D	Y	W	Q	G	R	S	T	V	E	R	Y	V	D	L	L	Q	R	Q	D	A	T	F	P	G	N	Y	V	K
Template Known Secondary structure					T	T																			T	T										T	T	T		S				G	G	G	T									T	T	S	S																S		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		318	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	L	F	W	C	N	H	D	Q	P	R	I	V	S	R	F	G	D	E	G	E	Y	R	V	P	A	A	K	M	L	A	M	V	L	H	G	M	Q	G	T	P	Y	I	Y	Q	G	E	E	I	G	M	T	N	P	H	F	T	R	I	T	D	Y	R	D	V	E	S	L	N	M	F	A	E	L	R	N	D	G	R	D
Query Conservation
Alig confidence																				.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																				.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	R	F	L	E	N	H	D	N	A	R	M	M	S	L	M	H	S	.	.	.	.	.	K	A	E	A	V	N	N	L	T	W	I	F	M	Q	R	G	I	P	L	I	Y	N	G	Q	E	F	L	A	E	H	Q	P	S	L	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					S			T	T	S									S	.	.	.	.	.														S	S	S						T	T	G	G	G	T			S				S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.						.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.
		398	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	D	E	L	L	A	I	L	A	S	K	S	R	D	N	S	R	T	P	M	Q	W	S	N	G	D	N	A	G	F	T	A	G	E	P	W	I	G	L	G	D	N	Y	Q	Q	I	N	V	E	A	A	L	A	D	D	S	S	V	F	Y	T	Y	Q	K	L	I	A	L	R	K	Q	E	A	I	L	T	W	G	N	Y
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	R	D	T	M	V	A	D	R	H	G	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	T	P	L	I	Q	K	L	V	T	I	K	Q	.	L	P	L	L	R	A	A	D	Y
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S					T	T						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													T	.	S	G	G	G	G		S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Template SS confidence
																	323	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.		.	.	350	.	.	.	.	.	.
		478	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	D	L	L	P	N	S	P	V	L	W	C	Y	R	R	E	W	K	G	Q	T	L	L	V	I	A	N	L	S	R	E	I	Q	P	W	Q	A	G	Q	M	R	G	N	W	Q	L	V	M	H	N	Y	E	E	A	S	P	Q	P	C	A	M	N	L	R	P	F	E	A	V	W	W
Query Conservation
Alig confidence									.																																													.
Template Conservation									.																																													.
Template Sequence		Q	L	A	V	V	E	E	.	G	I	V	K	I	T	Y	R	A	A	G	E	A	L	T	A	W	I	P	L	K	G	Q	V	T	A	V	A	T	K	L	A	A	G	S	Y	Q	N	L	L	T	D	G	P	.	T	E	V	V	D	G	K	L	T	V	D	G	Q	P	V	L	I	K
Template Known Secondary structure							G	G	.	G									T	T									T	T												S						T	T	T	T			.					T	T						S	S
Template Predicted Secondary structure									.																																													.
Template SS confidence
		357	.	.	360	.	.	.		.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.		.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.