Job Description P28904 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:45:17 GMT 2012 Rank 85 Aligned Residues 430 % Identity 17% Template c3bc9A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:alpha amylase, catalytic region; PDBTitle: alpha-amylase b in complex with acarbose Resolution 1.35 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.						10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.			.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.
Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.																																																	.	.															.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.	.																																																	.	.															.	.	.
Query Sequence		T	H	L	P	H	W	W	Q	.	.	.	.	.	N	G	V	I	Y	Q	I	Y	P	K	S	F	Q	D	T	T	G	S	G	T	G	D	L	R	G	V	I	Q	H	L	D	Y	L	H	K	L	G	V	D	A	I	W	L	T	P	F	Y	V	.	.	S	P	Q	V	D	N	G	Y	D	V	A	N	Y	T	.	.	.
Query Conservation										.	.	.	.	.																																																	.	.															.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.																																																	.	.															.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	Q	I	P	D	Q	E	V	N	H	T	I	L	Q	A	F	Y	W	E	M	N	T	G	E	Y	A	T	E	H	P	E	E	A	N	L	W	N	L	L	A	E	R	A	P	E	L	A	E	A	G	F	T	A	V	W	L	P	P	A	N	K	G	M	A	G	I	H	D	V	G	Y	G	T	Y	D	L	W	D	L	G
Template Known Secondary structure						G	G	G											T	T	T	T	S								G	G	G	G	G																T										S			T	T	G	G	G			S		S				T	T		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		114	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.
								72	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.			.	.	110	.	.	.	.	.	.	.		.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																																					.	.											.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.																																					.	.											.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	A	I	D	P	T	Y	G	T	L	D	D	F	D	E	L	V	T	Q	A	K	S	R	G	I	R	I	I	L	D	M	V	F	N	H	T	S	.	.	T	Q	H	A	W	F	R	E	A	L	.	N	K	E	S	P	Y	R	Q	F	Y	I	W	R	D	G	E	P	E	T	P	P	N	N	W	R
Query Conservation		.	.	.	.	.	.																																					.	.											.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																																					.	.											.
Template Conservation
Template Sequence		E	F	D	Q	K	G	T	V	R	T	K	Y	G	T	K	G	E	L	E	N	A	I	D	A	L	H	N	N	D	I	K	V	Y	F	D	A	V	L	N	H	R	M	G	A	D	Y	A	E	T	V	L	L	D	E	N	S	R	D	K	P	G	Q	Y	I	K	A	W	T	G	F	N	F	P	G	R	N	G	E	Y	S
Template Known Secondary structure			S		B	T	T	B	S	S	B	T	T	B															T	T										S				S		S							B		T	T		S	S	S	T	T									B			T	T	T	T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		194	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.
		143	.							.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.													.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190		.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.
Query SS confidence				.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.
Query Sequence		S	K	.	.	.	.	.	.	F	G	G	S	A	W	R	W	H	A	E	S	E	Q	Y	Y	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	L	F	A	P	E	Q	A	D	L	N	W	E	N	P	A	V	R	A	E	L	K	K	V	C	E	F	W	A	.	D	R	G	V	D	G	L	R	L	D	V	V	N
Query Conservation				.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.
Template Conservation
Template Sequence		N	F	T	W	N	G	Q	C	F	D	G	T	D	W	D	D	Y	S	K	E	S	G	K	Y	L	F	D	E	K	S	W	D	W	T	Y	N	W	D	E	D	Y	L	M	G	A	D	V	D	Y	E	N	E	A	V	Q	N	D	V	I	D	W	G	Q	W	I	I	N	N	I	D	F	D	G	F	R	L	D	A	V	K
Template Known Secondary structure					B		G	G	G								T	T	T	T							B	T	T							S	S	T	T		S			S	S					T	T																		T	T								T	T	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		274	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.
		204	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.			.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.
Predicted Secondary structure																																									.	.
Query SS confidence																																									.	.
Query Sequence		L	I	S	K	D	P	R	F	P	E	D	L	D	G	D	G	R	R	F	Y	T	D	G	P	R	A	H	E	F	L	H	E	M	N	R	D	V	F	T	.	.	P	R	G	L	M	T	V	G	E	M	S	S	T	S	L	E	H	C	Q	R	Y	A	A	L	T	G	S	E	L	S	M	T	F	N	F	H	H	L	K
Query Conservation																																									.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.
Template Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		H	I	D	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	F	I	D	K	W	M	S	A	V	Q	N	S	S	N	R	D	V	F	F	V	G	E	A	W	V	E	D	V	D	D	L	K	G	F	L	D	T	V	G	N	P	D	L	R	V	F	D	F	P	L	R	S
Template Known Secondary structure		G	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													T		S	S												S														T	T
Template Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		354	.	.	.																								.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410
		282	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	D	Y	P	G	G	E	K	W	T	L	A	K	P	D	F	V	A	L	K	T	L	F	R	H	W	Q	Q	G	M	H	N	V	A	W	N	A	L	F	W	C	N	H	D	Q	P	R	I	V	S	R	F	G	D	E	G	E	Y	R	V	P	A	A	K	M	L	A	M	V	L	H	G	M	Q	G	T	P	Y	I	Y
Query Conservation
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.																																								.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.	.																																								.	.
Template Sequence		F	F	V	D	M	L	N	G	A	Y	M	A	D	L	R	N	.	.	.	.	.	.	.	A	G	L	V	N	S	P	G	Y	E	N	R	A	V	T	F	V	D	N	H	D	T	D	R	D	E	G	S	Y	T	V	S	I	Y	S	R	K	Y	Q	.	.	A	Y	A	Y	I	L	T	R	A	E	G	V	P	T	V	Y
Template Known Secondary structure							T	T				G	G	G	G	G	S	.	.	.	.	.	.	.		S	G	G	G	S	T	T	T	G	G	G					S			T	T	T	S		S	S	S		S	S					S	S				.	.									S	S	S
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.																																								.	.
Template SS confidence
		411	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.								.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.			.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.
		362	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	G	E	E	I	G	M	T	N	P	H	F	T	R	I	T	D	Y	R	D	V	E	S	L	N	M	F	A	E	L	R	N	D	G	R	D	A	D	E	L	L	A	I	L	A	S	K	S	R	D	N	S	R	T	P	M	Q	W	S	N	G	D	N	A	G	F	T	A	G	E	P	W	I	G	L	G	D	N	Y	Q
Query Conservation
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		W	K	D	Y	Y	I	W	E	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure							T	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		482	.	.	.	.	.	.	.	490
		442	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.					.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.					.	.	510	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																							.	.	.	.														.	.	.	.
Query SS confidence																																																							.	.	.	.														.	.	.	.
Query Sequence		Q	I	N	V	E	A	A	L	A	D	D	S	S	V	F	Y	T	Y	Q	K	L	I	A	L	R	K	Q	E	A	I	L	T	W	G	N	Y	Q	D	L	L	P	N	S	P	V	L	W	C	Y	R	R	E	W	.	.	.	.	K	G	Q	T	L	L	V	I	A	N	L	S	R	.	.	.	.	E	I	Q	P	W	Q
Query Conservation																																																							.	.	.	.														.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.																								.	.	.	.														.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	E	G	L	D	K	L	L	T	A	R	R	Y	.	.	.	Y	A	Y	G	P	G	Y	E	V	D	N	N	D	A	D	I	Y	S	Y	V	R	S	G	F	P	D	V	A	G	D	G	L	V	L	M	I	S	D	G	T	S	G	N	V	A	G	K	W	I	N
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	T			S						S				S	S										T	T	S	T	T												S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.
Template SS confidence
																491	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.				.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.
		514	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.					530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540				.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.												.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.												.	.	.
Query Sequence		A	G	Q	M	R	G	N	W	Q	L	V	M	H	N	Y	E	.	.	.	.	E	A	S	P	Q	P	C	A	M	N	L	.	.	.	R	P	F	E	A	V	W	W	L	Q	K
Query Conservation																		.	.	.	.												.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.												.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	R	Q	P	D	T	E	F	Y	D	L	T	G	H	I	K	E	H	V	T	T	D	S	E	G	Y	G	N	F	K	V	I	K	S	E	D	K	G	W	S	I	W	V	P	V
Template Known Secondary structure			S		T	T						T	T	S		S		S						T	T	S									S	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		554	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.