Job Description P28904 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:45:17 GMT 2012 Rank 21 Aligned Residues 473 % Identity 20% Template c2ya1A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:putative alkaline amylopullulanase; PDBTitle: product complex of a multi-modular glycogen-degrading2 pneumococcal virulence factor spua Resolution 2.25 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.							30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	H	L	P	H	W	W	Q	N	G	V	I	Y	Q	I	Y	P	K	S	F	Q	D	T	T	G	S	G	T	.	.	.	.	.	.	G	D	L	R	G	V	I	Q	H	L	D	Y	L	H	K	L	G	V	D	A	I	W	L	T	P	F	Y	V	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																														.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																														.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	H	N	F	K	T	R	E	D	A	V	I	Y	E	A	H	V	R	D	F	T	S	D	P	A	I	A	K	D	L	T	K	P	F	G	T	F	E	A	F	I	E	K	L	D	Y	L	K	D	L	G	V	T	H	I	Q	L	L	P	V	L	S	Y	Y	F	V	N	E	L	K	N	H	E	R	L	S	D	Y	A	S
Template Known Secondary structure			T	T		S	S	G	G	G															G	G	G	T	T	T		S	S		T	T	S						T	T								T		S					S			B		B	S	S		B	G	G	G	T	T	S				S			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		579	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.
				59	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.									80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	P	Q	V	D	N	G	Y	D	V	A	N	Y	T	A	I	D	P	T	Y	G	T	.	.	.	.	.	.	.	.	L	D	D	F	D	E	L	V	T	Q	A	K	S	R	G	I	R	I	I	L	D	M	V	F	N	H	T	S	T	Q	H	A	W	F	R	E	A	L	N	K	E	S	P	Y	R	Q	F	Y	I
Query Conservation		.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																					.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	N	S	N	Y	N	W	G	Y	D	P	Q	N	Y	F	S	L	T	G	M	Y	S	S	D	P	K	N	P	E	K	R	I	A	E	F	K	N	L	I	N	E	I	H	K	R	G	M	G	A	I	L	D	V	V	Y	N	H	T	A	K	V	D	L	F	E	D	L	.	.	.	.	.	.	.	E	P	N	Y	Y	H
Template Known Secondary structure		S	S		S				S		S	B	S		S	S	S	B		S	T	T		S		T	T		T	T															T	T	T									T	T			S							T	T	.	.	.	.	.	.	.	S	T	T	T	S	B
Template Predicted Secondary structure																																																																					.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		659	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.								.	.	.	.	730	.
		129	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190		.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																.
Query SS confidence																																																																.
Query Sequence		W	R	D	G	E	P	E	T	P	P	N	N	W	R	S	K	F	G	G	S	A	W	R	W	H	A	E	S	E	Q	Y	Y	L	H	L	F	A	P	E	Q	A	D	L	N	W	E	N	P	A	V	R	A	E	L	K	K	V	C	E	F	W	A	.	D	R	G	V	D	G	L	R	L	D	V	V	N	L	I	S	K
Query Conservation																																																																.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	M	D	A	D	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	P	R	T	S	F	G	G	G	R	L	G	T	T	H	H	M	T	K	R	L	L	I	D	S	I	K	Y	L	V	D	T	Y	K	V	D	G	F	R	F	D	M	M	G	D	H	D	A
Template Known Secondary structure			B		T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		B				T	T				B		T	T	S																										T	T	G	G	G	S	B
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		732	.	.	.	.	.																											.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.
		208	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.		.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.							.	.	.	.	.	280
Predicted Secondary structure																																					.																																	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																					.																																	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	P	R	F	P	E	D	L	D	G	D	G	R	R	F	Y	T	D	G	P	R	A	H	E	F	L	H	E	M	N	R	D	V	F	T	.	P	R	G	L	M	T	V	G	E	M	S	S	T	S	L	E	H	C	Q	R	Y	A	A	L	T	G	S	E	L	S	M	T	.	.	.	.	.	.	F	N	F	H	H	L
Query Conservation																																					.																																	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.																																	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	S	I	E	E	A	Y	K	A	A	R	A	L	N	P	N	L	I	M	L	G	E	G	W	R	T	Y	A	G	D	E	N	M	P	T	K	A	A	D	Q	D	W	M	K	H	T	D	T	V	A	V	F	S	D	D	I	R
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															T	T									S					S	T	T					B	S	S	G	G	G	G	G	G		S	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																									786	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.
		281	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.							.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.			.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.											.	.	.	.	.	.	340	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.																	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																	.	.	.	.	.	.																	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	V	D	Y	P	G	G	E	K	W	T	L	A	K	P	.	.	.	.	.	.	D	F	V	A	L	K	T	L	F	R	H	W	Q	Q	G	M	.	.	H	N	V	A	W	N	A	L	F	W	C	N	H	D	Q	P	R	I	V	S	R	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	D	E	G	E	Y	R	V	P
Query Conservation																	.	.	.	.	.	.																	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.																	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	N	L	K	S	G	Y	P	N	E	G	Q	P	A	F	I	T	G	G	K	R	D	V	N	T	I	F	K	N	L	I	A	Q	P	T	N	F	E	A	D	S	P	G	D	V	I	Q	Y	I	A	A	H	D	N	L	T	L	F	D	I	I	A	Q	S	I	K	K	D	P	S	K	A	E	N	Y	A	E	I	H	R
Template Known Secondary structure					S			T	T	S	T	T				T	T	T	T													T	T			S	S	S			S	S	G	G	G					S			S	S	S	S											T			T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		843	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.
		343	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	A	K	M	L	A	M	V	L	H	G	M	Q	G	T	P	Y	I	Y	Q	G	E	E	I	G	M	T	N	P	H	F	T	R	I	T	D	Y	R	D	V	E	S	L	N	M	F	A	E	L	R	N	D	G	R	D	A	D	E	L	L	A	I	L	A	S	K	S	R	D	N	S	R	T	P	M	Q	W	S	N	G
Query Conservation
Alig confidence																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	L	R	L	G	N	L	M	V	L	T	A	Q	G	T	P	F	I	H	S	G	Q	E	Y	G	R	T	K	Q	F	R	N	P	A	Y	R	T	P	V	A	E	D	K	V	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	K	S	H	L	L	R	D	K	D	G	N	P	F	D	Y	P	Y	F
Template Known Secondary structure												T	S	S	S						T	T	T	T	T	T				B				G	G	G	S	S				T	T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T							T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		923	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.
		423	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480															.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	N	A	G	F	T	A	G	E	P	W	I	G	L	G	D	N	Y	Q	Q	I	N	V	E	A	A	L	A	D	D	S	S	V	F	Y	T	Y	Q	K	L	I	A	L	R	K	Q	E	A	I	L	T	W	G	N	Y	Q	D	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	P	N	S	P	V	L	W
Query Conservation																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation									.	.
Template Sequence		I	H	D	S	Y	D	S	.	.	S	D	A	V	N	K	F	D	W	T	K	A	T	D	G	K	A	Y	P	E	N	V	K	S	R	D	Y	M	K	G	L	I	A	L	R	Q	S	T	D	A	F	R	L	K	S	L	Q	D	I	K	D	R	V	H	L	I	T	V	P	G	Q	N	G	V	E	K	E	D	V	V	I
Template Known Secondary structure			S			T	T		.	.															T	T	T																						G	G	G	S		S												S	S		T	T	S	T	T			S			S
Template Predicted Secondary structure									.	.
Template SS confidence
		987	.	.	990	.	.	.			.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.
		489	490	.	.	.	.	.	.		.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.				.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.											.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.																						.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.																						.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		C	Y	R	R	E	W	K	G	.	Q	T	L	L	V	I	A	N	L	S	R	E	I	Q	P	W	Q	A	G	Q	M	.	.	.	R	G	N	W	Q	L	V	M	H	N	Y	E	E	A	S	P	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	C	A	M	N	L	R	P	F	E	A	V	W	W
Query Conservation										.																						.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.																						.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	Y	Q	I	T	A	P	N	G	D	I	Y	A	V	F	V	N	A	D	E	K	A	R	E	F	N	L	G	T	A	F	A	H	L	R	N	A	E	V	L	A	D	E	N	Q	A	G	P	V	G	I	A	N	P	K	G	L	E	W	T	E	K	G	L	K	L	N	A	L	T	A	T	V	L
Template Known Secondary structure								T	T	S										S	S	S							T	T	T	T	G	G	G	G	G							S	S		B		S	S			S	S		S	S					S	S						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1065	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.