Job Description P28904 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:45:17 GMT 2012 Rank 33 Aligned Residues 443 % Identity 20% Template c2vncB_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: B: PDB Molecule:glycogen operon protein glgx; PDBTitle: crystal structure of glycogen debranching enzyme trex from2 sulfolobus solfataricus Resolution 3.0 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.					30	.	.	.	.	.	.			.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.											.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.								.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.								.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	H	L	P	H	W	W	Q	N	G	V	I	Y	Q	I	Y	P	K	S	F	Q	D	T	T	G	S	G	T	.	.	.	.	G	D	L	R	G	V	I	.	.	Q	H	L	D	Y	L	H	K	L	G	V	D	A	I	W	L	T	P	F	Y	V	S	P	Q	V	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	G	Y
Query Conservation																														.	.	.	.								.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																														.	.	.	.								.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	G	K	K	V	P	L	K	D	T	V	I	Y	E	V	H	V	K	G	F	T	K	L	R	L	D	L	P	E	N	I	R	G	T	Y	E	G	L	A	S	E	Q	M	I	S	Y	L	K	D	L	G	I	T	T	V	E	L	M	P	V	F	H	F	I	D	Q	R	F	L	T	D	K	G	L	T	N	Y	W	G	Y
Template Known Secondary structure		S	S					T	T	T													S	S			S	S		T	T	T	T	T	S					T	S	S										T										B		B								T	T	S					S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		165	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.
		66	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.								80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	V	A	N	Y	T	A	I	D	P	T	Y	G	T	.	.	.	.	.	.	.	L	D	D	F	D	E	L	V	T	Q	A	K	S	R	G	I	R	I	I	L	D	M	V	F	N	H	T	S	T	Q	H	A	W	F	R	E	A	L	N	K	E	S	P	Y	R	Q	F	Y	I	W	R	D	G	E	P	E	T	P	P
Query Conservation																.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.																																																						.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																												.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	P	I	N	F	F	S	P	E	C	R	Y	S	S	T	G	C	L	G	G	Q	V	L	S	F	K	K	M	V	N	E	L	H	N	A	G	I	E	V	I	I	D	V	V	Y	N	H	T	A	E	G	N	H	L	G	P	T	L	S	F	R	G	I	D	N	T	A	Y	Y	M	L	Q	P	D	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			B	S		S	S	S	B		G	G	G		T	T		S	S	S																	T										S			T	T		S	S	S		B		S	S						S	T	T	T	B				T	T	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																												.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		245	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.
		139	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190		.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																						.
Query SS confidence																																																						.
Query Sequence		N	N	W	R	S	K	F	G	G	S	A	W	R	W	H	A	E	S	E	Q	Y	Y	L	H	L	F	A	P	E	Q	A	D	L	N	W	E	N	P	A	V	R	A	E	L	K	K	V	C	E	F	W	A	.	D	R	G	V	D	G	L	R	L	D	V	V	N	L	I	S	K	D	P	R	F	P	E	D	L	D	G
Query Conservation																																																						.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	K	R	Y	Y	L	D	F	T	G	T	G	N	T	L	N	L	S	H	P	R	V	I	Q	M	V	L	D	S	L	R	Y	W	V	T	E	M	H	V	D	G	F	R	F	D	L	A	A	A	L	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								S	S	S	S	S			B		T	T	S																	T	T								T	T						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																				319	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		218	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	G	R	R	F	Y	T	D	G	P	R	A	H	E	F	L	H	E	M	N	R	D	V	F	T	P	R	G	L	M	T	V	G	E	M	S	S	T	S	L	E	H	C	Q	R	Y	A	A	L	T	G	S	E	L	S	M	T	F	N	F	H	H	L	K	V	D	Y	P	G	G	E	K	W	T	L	A	K	P	D	F
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.																			.																															.	.	.
Template Conservation		.	.	.																			.																															.	.	.
Template Sequence		.	.	.	R	E	L	Y	S	V	N	M	L	N	T	F	F	I	A	L	Q	Q	.	D	P	I	L	S	Q	V	K	L	I	A	E	P	W	D	V	G	Q	G	G	Y	Q	V	G	N	F	P	Y	Q	W	.	.	.	A	E	W	N	G	K	Y	R	D	S	I	R	R	F	W	R	G	E	A	L	P	Y	S	E	I
Template Known Secondary structure		.	.	.					T	T	T												.	S	T	T	T	T	T	S										S	S	S	S				S				T	T		.	.	.					T	T									T	T		S				T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.																			.																															.	.	.
Template SS confidence
					370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.		.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.				.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.
		298	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.
Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	A	L	K	T	L	F	R	H	W	Q	Q	G	M	H	N	V	A	W	N	A	L	F	W	C	N	H	D	Q	P	R	I	V	S	R	F	G	D	E	G	E	Y	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	P	A	A	K	M	L	A	M	V	L
Query Conservation																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.
Template Sequence		.	.	A	N	R	L	L	G	S	P	D	I	N	N	K	T	P	F	A	S	I	N	Y	V	T	S	H	D	G	F	T	L	E	D	L	V	S	Y	N	H	N	E	A	N	G	F	N	N	Q	D	G	M	N	E	N	Y	S	W	N	C	G	D	Q	N	V	V	I	C	R	E	K	Q	K	R	N	F	M	I	T	L
Template Known Secondary structure		.	.						T		T	T					S	G	G	G					S			T	T	S		S	S	S	S	S	S	S					S	S	S	T	T	T	T			S		S											T	T	S	T	T					S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.
Template SS confidence
				443	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520
		352	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	G	M	Q	G	T	P	Y	I	Y	Q	G	E	E	I	G	M	T	N	P	H	F	T	R	I	T	D	Y	R	D	V	E	S	L	N	M	F	A	E	L	R	N	D	G	R	D	A	D	E	L	L	A	I	L	A	S	K	S	R	D	N	S	R	T	P	M	Q	W	S	N	G	D	N	A	G	F	T	A	G	E
Query Conservation
Alig confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	V	S	Q	G	T	P	M	I	L	G	G	D	E	L	S	R	T	Q	R	G	N	N	N	A	F	C	Q	D	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	I	T	W	F	D	W	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T	T	S	S	S						T	T	T	T	T	T				T	T		S			T	T			S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T	S				S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		532	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.																																.	.	.	.	.	.	.	.
		432	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.													.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	W	I	G	L	G	D	N	Y	Q	Q	I	N	V	E	A	A	L	A	D	D	S	S	V	F	Y	T	Y	Q	K	L	I	A	L	R	K	Q	E	A	I	L	T	W	G	N	Y	Q	D	L	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	N	S	P	V	L	W	C	Y	R	R	E	W	K	G	Q	T	L
Query Conservation																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																										.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	D	E	R	K	S	K	F	L	E	F	V	K	K	M	I	Q	F	Y	R	A	H	P	A	F	R	R	E	R	D	V	T	F	Y	T	L	E	G	R	E	V	D	E	K	T	W	S	S	P	T	Q	L	V	I	F	V	L	.	.	E	G	D	S	F
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S	T	T	T	T	T												T	T		G	G	G	S	S									T	T	T					S	S	T	T	S			S								.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																										.	.
Template SS confidence
																		570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.			.	.	.	630	.
		500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.				.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550
Predicted Secondary structure																																				.	.	.
Query SS confidence																																				.	.	.
Query Sequence		L	V	I	A	N	L	S	R	E	I	Q	P	W	Q	A	G	Q	M	R	G	N	W	Q	L	V	M	H	N	Y	E	E	A	S	P	.	.	.	Q	P	C	A	M	N	L	R	P	F	E	A	V	W	W	L	Q
Query Conservation																																				.	.	.
Alig confidence																		.	.																	.	.	.
Template Conservation																		.	.
Template Sequence		L	I	I	L	N	A	N	P	N	N	V	K	V	K	F	P	.	.	K	G	K	W	E	L	V	I	S	S	Y	L	R	E	I	K	P	E	E	G	E	K	E	L	E	I	E	G	R	T	A	L	V	Y	R	R
Template Known Secondary structure									S	S					B			.	.	S	S			B							S	S				S						B					S	S
Template Predicted Secondary structure																		.	.
Template SS confidence
		660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.			.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.